接上一篇。经过5年的奋斗，新选组从无到有，并最终发展到了完备阶段。1868年就要到了。山雨欲来，大战将至，新选组将何去何从？
（下篇）
戊辰战火：新选组覆亡
（一）旧幕府军举兵
（二）鸟羽伏见之战
（三）甲州胜沼之战
（四）宇都宫城之战
北上抗战：孤独的征途
（一）东北战争
（二）平定虾夷
（三）官军上陆
（四）决战箱馆
明治以后：队士的晚年
落日余晖：后世的争议
（一）是封建统治的卫道者吗？
（二）是最后的武士们吗？
（三）是军国主义的化身吗？
（四）家禛大御所的十字总评
戊辰战火：新选组覆亡
（一）旧幕府军举兵
1868年1月3日（庆应三年十二月九日），尊王攘夷派公卿岩仓具视发动政变，前夜在自家宅邸集合了萨摩、土佐、安艺藩的重臣，表示坚决实行“王政复古”，请求协助。越前、尾张、土佐藩作为支持德川家的公议政体派则希望从内部协助德川庆喜而也参加了政变。于是以此5藩为主的政变开始实行，但也因此在新政府是否排除德川家的问题上没有确定下来。随后岩仓又召开了“小御所会议”，试图通过迫使德川庆喜辞官纳地的决议。由于会议上的公武合体派势力强大，山内容堂、松平庆永据理力争，最终使失去耐心的尊王攘夷派采纳了萨摩藩士西乡隆盛的非正规方式，以威逼利诱通过了决议，通过了令德川庆喜辞官纳地（剥夺官职、交出土地）的决定。此事导致了幕府上下的极度不满，也使全国的公武合体派与尊王攘夷派的冲突激化到无可调和的地步。萨长两藩开始将军队驻扎在京都，旧幕府方军队遭到驱逐。在土佐、越前侯的建议下，德川庆喜率旧幕府军暂时撤往大坂以避风头。忿忿不平的旧幕府方将士认为这是萨长的政变阴谋，幕府联军也开始集结，并寄希望于德川庆喜发动清君侧。作者：德川家禛。
王政复古发生后，新选组接到命令，在将军不在时保卫二条城。后来又随旧幕府军前往大阪，不久后又因为形势变化，受命重新返回京都守备伏见地区。驻扎于伏见奉行所，这里便是新选组在京都的最后一个屯所了。在近藤的安排下，做好了临战的准备。然而在十二月十八日，近藤因公务从伏见的阵地前往二条城，根据筱原泰之进的日记，御陵卫士残党铃木三树三郎、筱原等8人在竹田街道墨染的一户民居内伏击近藤，近藤一出现立刻用铁炮射击。致使近藤肩膀受伤，近藤为接受松本良顺的治疗，和冲田总司一起在大阪城疗养。因而在鸟羽伏见之战爆发前未能赶得及参战，新选组改由副长土方岁三指挥。土方以美酒招待队士，号召他们尽力。
由于几个月前的大政奉还，倒幕派一方了失去合理讨幕的借口，纵使已经宣布了王政复古，大名们也仍在观望，没有举兵的理由；德川庆喜则想就这样和对方耗下去，将与倒幕派的对抗拖入到他熟悉的政治领域上，摇摆不定的朝廷终会迎回庆喜，这样德川家便能依靠其巨大的体量入主新政府，维新变革将会由旧幕府来领导，幕政改革的夙愿得以实现。因此在这个关头上，谁先沉不住气贸然动武，就会失去正义性，未战先输。
西乡隆盛便思考如何激怒德川家使之举兵，他命令萨摩藩士益满休之助和伊牟田尚平潜入江户，由萨摩藩出资，浪人出力，洗劫豪商和民房、纵火行凶。负责警卫江户的各藩士兵感到愤慨，查明浪人的确是经常出入江户三田地区的萨摩藩邸，忍无可忍的勘定奉行小栗忠顺违背了德川庆喜“继续忍耐”的指示，与法国炮兵大尉布吕内制定了攻打萨摩藩邸的计划。最终，以庄内藩为首的6藩士兵、新征组，共计200多名江户城的警卫捣毁了萨摩藩邸。三田萨摩藩邸被攻陷后，出逃的浪人、萨摩藩士果不其然乘上了停泊在品川的萨摩运输舰翔凰丸，坐实了萨摩是主谋的推测，榎本武扬果断下令幕府军舰对其炮击，敌舰仓皇逃走。这便是“江户*乱”。
当萨摩的暴行、江户的还击传到大坂后，大坂的幕府军将领也按奈不住了，亦决定讨伐萨摩藩。这时德川庆喜依旧要部下保持克制、自己前往皇宫与倒幕派当面对质，以便从政治上扳回一局的计策已经做不到了——愤慨的旧幕府老中大河内正质、陆军总裁松平乘谟、大目付泷川具举、京都守护职会津藩主松平容保、京都所司代桑名藩主松平定敬等觐见德川庆喜，说：现在关东（留守在江户的幕阁）都指责大坂方（驻扎大坂的幕阁）面对萨摩藩的暴行无动于衷是懦弱无能的表现，因此决定率先开战做个示范，因此大坂方再也不能继续忍耐了。如果将军孤身一人上洛，在萨长把持下的朝廷中被扣为人质，幕府还怎么办？必须先“清君侧”，把天皇从萨长的控制下解脱出来才能再议上洛的事。作者：德川家禛。庆喜不想步当年长州藩禁门之变大逆的后辙，然而激愤的将士表示：如果将军是要与朝廷沟通，那就请让幕府军代为谈判。最终面对失控的将帅，德川庆喜一气之下说出“不管怎么做都随便”的话，于是战争就真的由旧幕府方“挑起”了，萨摩的阴谋得逞了！
（二）鸟羽伏见之战
1868年1月27日（庆应四年一月三日）新政府在京都近郊的鸟羽、伏见两个地区部署重兵，准备阻击上洛的旧幕府军。旧幕府军则以老中大河内正质为总督，若年寄并冢原昌义为副总督、由陆军奉行竹中重固为战场总指挥，幕府陆军、桑名藩军和京都见回组的战士们列队、军容整齐的前往皇宫，希望拦路的萨长军队见到旧幕府军的阵势会自行让道，从而和平上洛。面对旧幕府军的通行要求，驻守鸟羽地区的萨摩藩兵反复阻拦，他们知道如果真的让旧幕府的将领们进入了皇宫，那么萨长诱骗年幼的睦仁天皇的阴谋就会被揭穿，倒幕派的努力将功亏一篑。于是在双方对峙中，萨摩藩炮兵率先开火，鸟羽的战斗打响了。
面对萨摩方的突袭，尚未装弹的幕府军步兵队惊慌失措，队列杂沓。泷川具举的马受惊，他骑着马从前线逃走。旧幕府军先锋溃败，见回组留下抗战，在后方进行的桑名藩炮兵队等抵达后开始反击。伏见方面的长州军总大将毛利亲信、诸队长三浦梧楼、炮队长大山岩听到鸟羽的枪声后便也开始了战斗。土方岁三命令新选组队士突入敌阵，发挥新选组擅长的近身战，然而在萨摩军队的火力压制下收效甚微。同时萨摩藩在北侧山上的御香宫神社制高点布设炮兵阵地，居高临下的俯射旧幕府方的伏见奉行所阵地，最初新选组在奉行所内架设一门大炮还击，但遭到敌方更猛烈的炮火打击。于是土方岁三联手会津藩别选组队长佐川官兵卫，看准西侧街道敌军布防薄弱，命永仓新八、岛田魁、伊藤铁五郎率队迅速突击，击退了沿途的长州藩守军，以很快的速度绕过了伏见奉行所正前方的敌军，从敌后由北向南直插御香宫炮阵。新选组、会津藩兵突破数道防线绕道敌后，这时御香宫炮阵还毫不知情，新选组的突然出现使萨长军队大为震惊，遂抽调兵力坚守战略意义极大的御香宫，并将向南射击奉行所的部分炮口调转向北方防御。但是参与突击的队伍轻装简行而缺乏火力，在萨摩藩的阻击下变成了拉锯战，最终未能拿下御香宫。
晚上20点左右，新政府军炮兵命中伏见奉行所内的弹药库，产生了剧烈的爆炸，旧幕府军士气备受打击，新选组也不得不离开此地与会津军汇合。为了夜间照明，萨长军队还向周围的民房纵火，在火光照耀下瞄准射击。旧幕府军死伤人数不断增加，主力开始向下鸟羽地区撤退了。残存的会津藩兵、新选组决定趁夜在黑暗中最后一搏，向萨长阵地发动了冲锋。或许是他们的战术奏效了，也或许是他们的勇气震慑了敌军，萨长军队也向后撤离。由于兵力不足，会津藩兵、新选组队士们便也不再冒险追击，回头跟上幕府军主力。
第二天旧幕府军精锐传习队登场，拥有比萨长军队前装步枪更先进的夏塞波后装线膛步枪，以徐进射击、筑造工事等新式战术阻止了萨长军队的前进。萨长军队被吸引到了富之森南部由传习队所构筑的酒樽阵地，传习队在掩体中向暴露在空地上的萨长军队猛烈开火。萨长方伤亡不断增加，斗志减半，此时埋伏在道路东侧的会津军队突然从树丛里*出，在敌军中展开了白刃战。新政府军被一举击溃。旧幕府军控制了富之森地区。
但就在旧幕府军拿下第二日的陆上战果时，步兵奉行并佐久间信久被萨摩军狙击送往后方，不久死于纪三井寺。失去战场临时总指挥旧幕府军无人下达下一步的作战指令，便停止了追击，错过追*逃敌的绝佳时机。晚间，得胜的旧幕府军上层认为胜券在握，不屑于偷袭，拒绝了将士们发动夜袭的提议，也寄希望于以小胜迫使萨长方停战。于是战场主动权就这样白白拱手让人。获得喘息时机的新政府方担心生变，于是任命仁和寺宫嘉彰亲王（小松宫彰仁亲王）为征讨大将军，授予锦旗和节刀，宣布新政府军为官军。又向萨摩藩下达了控制黑谷会津藩邸的命令。不仅会津军士气受到打击，还引得京都一阵*动。
第三天，新政府派“征讨大将军”携带岩仓具视私下制作的伪锦旗随军出征。在西乡隆盛授意下萨摩藩兵一边举起锦旗，一边高喊“这是朝廷的标志，我们是官军”，幕府联军顿时心生疑惑。锦旗的出现象征着天皇已经站在了对立面，天皇竟然不支持己方？士气遭受打击。况且昔日幕府的武士们不怕战死，认为光荣战死可以成为被供奉入神社的神灵。然而现在自己是“朝敌”，不仅失去了战死的光荣，而且死去也无法进入神社享受供奉成为孤魂野鬼。众将士战意全无，许多观望的大名也倒向了萨长一方。在小说/电影《壬生义士传》里对这一段有着非常生动的描写，像吉村贯一郎那样无畏的武士毕竟还是少数，无法挽回溃散的局面。
最终，伴随着大炮的火力支援，新政府军攻下鸟羽方面旧幕府军在富之森地区的阵地。伏见方面的旧幕府军、会津军、新选组在淀千两松布阵迎击官军。但由于火力差距而惨遭失败，包括六番队长井上源三郎在内的7名老队士战死。旧幕府军撤入现任老中稻叶正邦的淀藩领地，希望进入淀城重整战况。但是藩主正邦当时留在江户，而朝廷的使者此前已到达淀城，说服了藩内留守的城代家老田边权太夫。家老们决定排除在外的藩主，宣布停止与新政府军敌对，关闭城门，用枪炮对着城下的旧幕府军。这里本是战略要地，亦是幕府联军的作战大本营，淀藩的倒戈对旧幕府军士气影响巨大。被拒绝入城的旧幕府军极度缺乏补给和休息，却也只能在困顿中绕行撤退到靠近大坂的男山、桥本方面。
但战争还没有结束。这天下午旧幕府军收拢队伍，前往石清水八幡宫所在的男山，沿东西方向布阵，以此拒敌。由土方岁三所率领的新选组也与幕府陆军合流，希望占据优势地形伏击乘胜追击的新政府军。
次日萨长军队趁着天色未亮，渡过河流，于六点左右向旧幕府军防线进攻，战斗打响。激战了约4个小时后，原本作为幕府联军的一员，在西侧为旧幕府军把守河岸的津藩军队此时收到了藩主藤堂采女的指示——倒向新政府。于是立刻从旧幕府军的盟友变成了敌人，从对岸的高滨炮台向旧幕府方的腹地，桥本方向展开了猛烈炮击。受到来自西方意想不到的炮击的旧幕府军斗志顿失。小滨藩的楠叶台场则向西岸进行了反击炮击，试图压制津藩，然而淀川东岸也出现了增援的新政府军。在陆路攻势下防卫力量薄弱的楠叶台场也只好被放弃，旧幕府军退出淀川向大坂撤离。在这场战斗中，4名新选组队士长眠于此。京都见回组的佐佐木只三郎也身负重伤，几天后离世。
正在大坂养伤的近藤勇得知撤兵的消息捶胸顿足，想要率领新选组继续战斗。他向幕阁表示，“只要给我三百名士兵，我就还能再坚持抵抗一个月。如果我不能胜任的话，甘愿一死。”大坂城内听闻萨长军队扬起锦旗的庆喜更加吃惊地说道：“可悲可叹，我明明没有对抗朝廷的意思，却背上了贼名。最初就算是当时严厉斥责要求会桑回国，哪怕被他们家臣砍*，事情也就不会发展到这一步了。当时部下不听我的命令，我一气之下说‘不管怎么做都随你的便吧’，真是我一生的失败！”会津藩士神保修理进谏：“事到如今已经毫无办法，大人应速速东归，冷静采取善后对策。”若年寄永井尚志也赞同，便接受了神保的建议，决定回到德川居城江户向天皇诚恳表示恭顺。
德川庆喜把诸将领召集到大坂城询问想法，而他们异口同声表示要继续作战，要求庆喜出马亲征。有人谏言道：“请大人出阵，携带东照宫的御马标，定能克敌。”德川庆喜表面同意答应亲征，实则早已做好决定，在深夜带着板仓胜静、松平容保、松平定敬等人躲过将士们悄悄溜出，登上开阳丸，强令副舰长泽太郎左卫门起航东归。得知领导层集体失踪的消息使旧幕府军停止了行动，静静地等待着未知的命运，在军事上占据京都的新政府军与控制大坂的旧幕府军持续对峙，而萨长的胜利已经到来了。作者：德川家禛。
最终撤至大阪城的幕府联军，或当了逃兵；或东归在江户集结；或返回本藩等候指示，新选组则乘坐军舰富士山丸返回江户。在回归途中，会津藩的林安定、新选组的山崎烝等人因重伤而死。养伤中的近藤听闻山崎死讯，忍着伤痛换上正装，为他追悼。最后山崎的遗骨在纪州海上投海水葬了（另有一说认为山崎在陆地上就已重伤而死，葬在了大阪，有待考证）。
再说回德川庆喜。他在东归的途中，才向众人透露了真实想法——回江户不是为了备战，而是实行恭顺，此前一直保密是害怕主战派将领们失控。舰船靠岸后，德川庆喜立即与法国公使罗修斯展开了会谈，会谈上，他说道：“如果一些大名武士出于传统、同情德川家加入旧幕府方，就会导致全国各地的战争，回到300年前战火纷飞的战国乱世，到那时所有人的命运也就只能等待上天的裁决。因此在回到东日本后，予的心就已经定下了，没有丝毫动摇和不安……德川家自中兴之祖至今已有260多年，作为朝廷的代官、作为武士庶民的父母，治理国家的功绩，为什么要随着一朝的愤怒而化为乌有呢？如果有人违背予的本意（恭顺），还要固执地以予的名义出兵，在我们家世世代代的灵位前来说就已经不再是忠臣了。还会成为皇国的逆贼。”从而向外国也表露了他的心生，自然而然的就拒绝了法国提供武器向新政府再战的建议。
这是一个令人非常难以接受的事实！不论是忠于德川庆喜本人的臣子，还是忠于幕府大名，亦或是像新选组这样在幕末时代兢兢业业镇守京都的浪士团体，此后都要按照末代将军最后的指示行事：恭顺新政府，接受他们的敌人的领导。结束内战，信任萨长去建设日本。萨长治下的新政府能否带给日本一个美好的未来？幕末时代的*们谁都无法做出准确的预测，因此这里我们不展开来谈，暂且只需要知道的是——战争并没有结束。
（三）甲州胜沼之战
撤退到江户后，近藤以大久保刚、土方以内藤隼人的假名自称，继续为作战而活动着。
而在鸟羽伏见得胜的新政府发布了《德川庆喜追讨令》，组织军队向东征讨。由土佐藩勤王党组成的“迅冲队”在乾退助的率领下响应号召，从土佐藩前往京都领命。他上洛后，岩仓具视等人建议：恢复祖姓板垣氏，以期得到甲斐国民众的支持。于是乾退助改称板垣退助，向甲州前进。当时甲斐国作为幕府的直辖地，而兵力却几近于无。江户的幕阁此时正就恭顺与抗战而争论，并没有多余心思关照甲府城。在胜海舟的命令下，化名为大久保大和的近藤勇于3月24日，将70名新选组队士和由秽多头弹左卫门提供的200名秽多以及后来收编的春日队40人，编成“甲阳镇抚队”从江户前往甲斐布防。也有说法认为是胜海舟为恭顺做准备，故意以出战为名支开抗战派，防止他们在城内兵变。
出征后，有说法认为出身底层的近藤勇想要公费体验一把高级武士的感觉，也有观点认为他是为了提高部队的士气，但不论如何他花费了幕府拨付的5000两军费将部下打扮成豪华的大名队列，并在沿途设宴，耽误了不少时间。又遇到了恶劣的大雨天气，6门大炮在泥泞的道路上被弃置了4门。近藤出发时迅冲队刚刚在大垣地区与鸟取藩兵汇合，距离甲府的路程比近藤所在的江户远。为了赶在德川军增兵前控制甲府城，于是板垣退助命令部队急行军。迅冲队约100人和鸟取藩兵约300人在3月28日率先抵达，无血进入了甲府城。等到甲阳镇抚队抵达甲府城下时才发现晚了一步，近藤只好命土方岁三返回江户请援。而他准备在附近的要地柏尾的大善寺布阵时，却遭到寺院以避免古迹毁于战火为由的拒绝，于是只好将本阵移至西侧。更糟糕的是队员们听闻对方是“官军”，竟逃走了一大半，近藤原有的310名甲阳镇抚队，此时只剩下了121人。
1868年3月29日（庆应四年三月六日）甲州胜沼之战爆发。这天中午甲阳镇抚队在柏尾向敌军率先开火，但是由于不习惯近代战斗方式，炮兵操作失误、步兵装弹慢准头差，使精通西式作战的迅冲队很快在对射中取得上风，镇抚队只得尝试发动白刃战，但面对敌方凶猛的火力致使士气更加低落。即使近藤带头奋战，并以“会津援军将要抵达”来望梅止渴，哪怕原田左之助、永仓新八呵斥逃兵，也无法阻止部队溃散，士气低落的秽多兵纷纷逃跑。战斗仅持续2小时左右就分出胜负，近藤败出甲州。甲阳镇抚队退却到八王子地区解散。
回到江户后，永仓新八、原田左之等老队士由于与近藤、土方意见不和，三月十二日组织了“靖兵队”，从此与新选组分道扬镳，接受旧幕阁委任防卫江户城的任务。靖兵队由新选组、幕府陆军、旗本、各藩士兵组成，在江户城内与其他队伍一同接受法式训练。
1868年5月3日（庆应四年四月十一日），江户无血开城，超100万人口的古老城市得以免遭战火侵害。百姓欢呼鼓舞，恭顺派幕臣松了一口气，新政府也如释重负。然而对于准备继续抗战的旧幕府将领来说，这无疑是晴天霹雳。在前几天，得知江户城将要开城、旧幕府全军要服从德川庆喜下达的“日后接受新政府领导”的命令时，许多部队纷纷抗命出走，靖兵队也于四月十日离开江户。在行军中，原田左之助在途中的山崎宿因挂念在江户的妻儿而离队，据说等到折返时发现道路被新政府军封锁，未能回归靖兵队的他转而向上野地区的彰义队合流。靖兵队的其他成员则向会津方向前进，沿途击破敌军小股部队，不久抵达宇都宫地区。
近藤、土方这边为了重整旗鼓到会津再战，在江户附近地区招募兵士。四月近藤率队前往下总国流山，一边招募兵士，一边筹划突袭抵达此处的新政府军。而新政府军获悉了新选组在流山集，反过来设伏抓捕了近藤。近藤被带到新政府东山道总督府所在的板桥宿，最初坚持“大久保”的化名，故未即使连夜审讯也被识破。但后来原新选组队士的加纳鹫雄、清原清等御陵卫士残党到达此处，识破了大久保大和就是近藤，于是正式被捕。被捕后东山道总督府的军监香川敬三试图劝降，但是近藤断然回绝了。对新选组恨之入骨的萨长兵士见劝降不成，便只好要他的命了。
5月17日（四月二十五日），近藤在板桥被新政府判处斩首。据说他本来想要像武士一样切腹，但未得到许可。不过，他留下了脍炙人口的辞世诗：
孤軍援絶作囚俘 顧念君恩涙更流
一片丹衷能殉節 睢陽千古是吾儔
靡他今日復何言 取義捨生吾所尊
快受電光三尺劔 只將一死報君恩
而后慷慨赴死，贯彻了他一生正如其名的豪勇。首级砍下后示众于京都三条河原。后来头颅失去踪影，不知去向。
（四）宇都宫城之战
在近藤被捕的期间，土方岁三正随大鸟圭介率领旧幕府军主力北上前往宇都宫，随军担任军参谋。宇都宫城位于今栃木县宇都宫市，是宇都宫藩的藩厅。第6代藩主户田忠恕因笃信尊王论违背幕命而在1864年被罚隐居，将藩主之位让给同岁的养子户田忠友，成为幕末时代最后一任宇都宫藩藩主。户田忠友是佐幕派，在鸟羽伏见之战后为了帮助德川庆喜洗脱“朝敌”的罪名而尝试上洛，但不仅未能入京，反倒被朝廷命令在大津地区谨慎，这导致了严重的后果——藩国失去了管制，不仅前任藩主忠恕出来作怪，而且持尊攘论的藩士们也排斥了在外的现任藩主忠友，最终将藩论统一为倒向新政府。同时，由于藩内爆发了农民起义，家老决定向新政府请援，东山道总督府随之派兵，4月29日入城。5月8日，大鸟队遭遇了新政府增援宇都宫的小股部队，并将其击溃。败退后的新政府军撤回宇都宫城，旧幕府军则准备攻城。
1868年5月11日（庆应四年四月十九日），第一次宇都宫城之战爆发。土方岁三率队，趁着夜色，在凌晨率兵一千绕开敌军主要布防阵地，突袭了在城外驻防准备增援宇都宫城的新政府军彦根藩兵，迅速取胜，并追赶着逃窜的敌军到了城下。到了中午，传习队和回天队从城东北侧，桑名藩兵和新撰组从城南东侧发起进攻，突破了敌军的防御。并救出了被软禁在库房里的江户幕府原老中板仓胜静，之后板仓随旧幕府军一同作战。由于下河原门附近的战斗激烈，双方不仅对射，还发生了白刃战。作者：德川家禛。有一名旧幕府军的士兵企图在阵前逃命，被土方岁三发现。土方毫不犹豫地亲手斩*了这名士兵，并喝道：“退却的人都是这个下场！”士兵们又惊又怕，只得拼命作战，最终拿下了战果。
下午幕府军用大炮轰击城池，最终迫使新政府东山道总督府参谋有马藤太决定向军监香川敬三提议撤离。不久后他们在城内纵火，随后带上前任藩主户田忠恕，领着残兵败将向南逃离。旧幕府军也随之收兵，第一次宇都宫城之战结束。
那一天宇都宫城和城下町因炮火、纵火而彻夜燃烧。城内除了藩校修道馆等个别建筑，几乎全部被烧毁了。地标建筑二荒山神社也几乎全被烧毁了。入城后旧幕府军从烧剩的米仓库中发现了3000俵大米，以及本丸中的3万两黄金。旧幕府军将金钱收为军费，把一部分粮食分给了房屋被烧毁的平民，并命令士兵们不要对平民做出粗暴的行动。
第二天新政府军所派的河田佐久马带援兵赶到，进入宇都宫城南方的壬生城，并在周边的安塚地区布阵。多日以来连战连胜的旧幕府军势头迅猛，于两日后的5月14日与新选组、会津藩兵等夜袭了新政府军，对其士气进一步打击，并击退了增援防线的河田队。然而，当听闻东山道总督府增派的援军接近了壬生城的消息，旧幕府军不得已撤回宇都宫城。攻城失败，拉开了第二次宇都宫之战的序幕。
5月15日（四月二十三日）凌晨，东山道总督府决心攻城，即使在士兵十分疲惫的状态下也下令急行前往宇都宫城。上午九点双方交战，第二次宇都宫城之战打响。新政府军以大炮轰击城外布防的旧幕府军阵地，使之接连败退，不断靠近宇都宫城西侧。不过驻守在城池西之丸的传习队猛烈反击，新政府军被推回到刚刚占据的泷尾神社一带。其中，萨摩藩兵队长井上猪右卫门被击毙，藩士有马藤太、野津七次被击伤。这时大鸟圭介领兵绕制敌军后方包围了城下的新政府军，打乱了敌军的队伍，并趁势夺取了敌军辎重队的粮草和弹药。直到下午三点，战况发生了逆转：来自萨摩藩的新政府军参谋伊地知正治刚刚结束了上一场战斗，疾行至此开始从南侧攻打宇都宫城，敌军来势汹汹，土方岁三亲自上阵*敌。然而河田所率领的鸟取藩兵也从后方壬生城增援过来，使旧幕府军陷入兵力劣势；加之新政府军将炮兵布设在城西的寺院，炮击之下对守军形势极为不利。不得已，旧幕府军只得放弃好不容易夺下的城池，从八幡山方向撤退。在这场战斗中，防守城门的土方岁三在激战中腿部中弹，无奈下离开了战场。后来旧幕府军经过日光、今市地区的战斗后开始向会津转移，永仓新八及和靖兵队也基本同行。
由于江户开城后旧幕府军的抗战派纷纷前往会津地区寻求合作，作为幕末时期的京都守护职、鸟羽伏见战场上的盟友，会津藩自然愿意接纳他们；不过会津藩也并不打算与朝廷为敌，和奥羽地区的其他藩国一同向新政府递交了恭顺的正式文书，也表示日后愿意接受新政府的领导与处罚。然而新政府一来不信任会津藩的恭顺是真诚的，二来对会津藩包庇旧幕府军感到不满，三来还夹杂着一些激进的尊攘派分子想要报复当年在京都被松平容保压制的心思，以及新政府将领未能在江户与旧幕府军对决，想要向东北雄藩求之一战。诸条原因累加，使新政府最终决定——不接受会津藩的恭顺，准备发起战争。既然你要战争，我就给你战争。会津将士积极备战，购置枪支弹药、采纳了法式操练，整装待发。
于是在宇都宫城之战结束约一个月后，会津藩命部队占领了旧幕府要地白河城，这一天是1868年6月10日（庆应四年闰四月二十），被视为会津战争的开端。由于土方负伤，新选组在斋藤一的指挥下参与了行动。闰四月二十五日白河口之战中会津军与新选组与新政府军激烈交战。总体来看初期会津藩占有兵力优势，但新政府军在装备上更胜一筹。在战争期间，奥羽地区的藩国出于对萨长行为的厌恶、对新政府的不信任、对旧幕府与会津的同情而相继支援会津藩作战，在仙台藩的倡议下缔结了《白石盟约书》，1868年6月22日（庆应四年五月六日）北越地区5藩加入奥羽同盟，共计31藩的奥羽越列藩同盟正式成立。然而在长达两个半月的拉锯战中，尽管会津藩与同盟不断进攻白河城，却依然未能取得战果，最终败退。此后新选组在土方和斋藤的带领下进入了会津领内作战，土方在会津藩得到了珍贵3个月疗养时间。
去年热播的大河剧《势冲青天》以日本企业之父涩泽荣一为主角。他在幕末时代为幕臣，受德川庆喜委托，陪同德川昭武前往法国学习考察；他的兄长涩泽成一郎则参加了鸟羽伏见之战，回到江户后主张继续抗战，为保卫德川庆喜而联合幕臣，集结武士、农民、手工业者组成彰义队，就任頭取（总负责人）。不过，江户开城时彰义队驻扎在宽永寺，涩泽成一郎建议随之退往日光地区布阵，遭到队内实权派人物副頭取天野八郎一派的反对。于是成一郎另外组织了振武军单独行动，而一些脱离了近藤的原新选组队士加入了进来。1868年7月4日（五月十五日），上*争爆发。自发集结的彰义队在人数庞大、火力优势、士气高昂的新政府诸藩军队的军队进攻下惨败，一部分彰义队残军前往会津继续抗战，还有一部分与轮王寺宫（后来的东武天皇）一起乘坐榎本武扬的舰队逃离，从此新政府军掌握了江户以西的日本。
一般认为，原田左之助在这场战斗中负伤，两日后死去。对于他的死还颇有异说，相传他在上野没有死，战斗结束后经过新泻、下关、釜山，远渡大陆成为活跃于中国满洲地区的马贼头目。不过这种说法缺少证明，就当做有趣的传说好了。
末代将军德川庆喜在江户开城后移到水户蛰居，回到了阔别二十多年的故乡。曾经的他就是从这里走向日本政治舞台的中央，如今又从权力巅峰回到了原点，不知作何感想。后来又受命转移到了骏府，在这个先祖家康开启了“大御所政治”之地，不知会思考什么。总归是自上野之战结束，之后的幕末史就几乎与他没有直接关联了。
话说回新选组的成员们。即使是医术高明的松本良顺用心照顾，可是由于时代的局限性，他最终也无能为力了。1868年7月19日（庆应四年五月三十日）冲田总司因痼疾肺结核在江户病逝。
可怜一代乐观开朗的天才剑士，无惧京都凶残的浪士，却终被病魔打败。年仅26岁（一说24岁）。他在临终前，或许还不知道他亦师亦友的近藤局长在两个多月前已被斩首，早早的在那边等着他了吧。
到这时候新选组的老干部成员们死的死，散的散。一些感到战局不利、前途渺茫，意志不坚定的平队士相继脱队逃跑，队伍减员严重，战斗力明显下降。不过新选组的故事并没有结束，还有很多队士愿意随土方副长前往北方作战，贯彻心中的“士道”。“誠”之旗也正因他们而更加光耀。
北上抗战：孤独的征途
（一）东北战争
8月31日（七月十四日）同盟军队从白河口撤离，宣告白河口（白河城）之战失败。紧接着9月15日（7月29日）布防空虚的二本松城陷落，二本松少年队几乎全员牺牲。至此新政府军直接从东面威胁到会津藩领。
按照萨摩藩参谋伊地知正治速战速决的意见，新政府军决定从石筵口直取会津，于是双方在沿途的母成峠交战。参与这场战斗的新政府军由萨摩藩、长州藩、佐土原藩、大垣藩、大村藩6个藩国组成，共计7000余士兵气势汹汹的扑来。而当时会津藩并不知道敌军会从哪里进攻，将有限的兵力分散到漫长的藩境上布防，当新政府军来袭母成峠时根本来不及回援，只有200名会津藩兵，400名大鸟率领的传习队、100名仙台藩兵、100名二本松藩兵，土方岁三也率领新选组参加了战斗，总共约800人设防，面对数倍的敌军后果可想而知。上午九点双方互相炮击，由于敌军的大炮数量更多且更先进，很快会津的炮台被炸毁。诸藩军队很快败走，大鸟圭介指挥下的传习队顽强抵抗，可最终在下午4点左右还是分出了胜负，新政府军攀上了山岭，旧幕府军也不得不赶紧撤退。
旧幕府军撤退到若松城下，斋藤一也与土方在撤退途中的猪苗代地区汇合，不过二人的分歧逐渐明显。随着长冈藩失守、新潟港被包围，导致输送往会津的武器供应不足；秋田藩、三春藩等藩的倒戈，使会津藩的局势日益严峻；仙台藩、米泽藩也被新政府军包围，九月四日米泽藩向新政府恭顺，接着在十二日东北第一大藩仙台也投降了。奥羽越列藩同盟的成员被逐个策反和击破后，只剩下会津藩、庄内藩等仍在作战，自从新政府军计划冬季之前拿下会津，攻击之势愈发猛烈，尽管山川大藏等一众会津猛将曾多次成功阻击敌军，但此时会津极度缺乏补给、兵员匮乏，又几乎与全日本为敌，无力回天，城破之日就在可预见的将来。
之后，斋藤一选择与池田七三郎等13名新选组队士留在若松城，他短暂的成为了临时的“会津新选组局长”，与会津藩兵一起在城外继续作战；剩下的队士则选择跟随土方岁三前往庄内藩方向整备，大鸟圭介则率领旧幕府军转战仙台。11月6日（九月二十二日）会津藩投降后，斋藤还在坚持战斗，直到在容保派遣的使者的说服下才放下来武器。投降后，他与被俘的会津藩士混在了一起，从而躲过被追*的命运。开始了蛰居，后面则在会津藩废藩后又跟随山川大藏前往更北之地建立“斗南藩”。这些是后话，我们看回继续北上的队伍这边。
作为海军副总裁的榎本武扬对新政府处分德川家的诸项决定十分不满，为了实现救助失去地位与生计的幕臣，并为国家开拓虾夷地区，于是他也在江户开城时抗命，率领旧幕府军舰开阳、回天、蟠龙、千代田形、神速、长鲸、美贺保、咸临8艘队出走，作为和新政府谈判的资本。得知奥羽地区诸藩正在面临战事，榎本舰队便北上支援关东、东北地区的抵抗新政府的作战。此时东北地区的战斗局势已经分明，他深知留在东北凶多吉少，便收拢了旧幕府军和不愿投降的奥羽武士、原幕府老中的松山藩主板仓胜静和唐津藩主小笠原长行，一同集结在仙台的海岸边，准备启程前往北方津轻海峡的另一侧，在不毛之地的虾夷继续抗战。听说榎本武扬还要继续战斗，不满于仙台屈辱投降的藩士星恂太郎毅然率领藩军“额兵队”脱藩加入了榎本的行列。星恂太郎乃豪勇之士，麾下的额兵队亦是采用英式训练法、身着仿英式的红色呢绒军服、手持英式装备的精锐之师，他们的加入使旧幕府军又燃起了一丝希望之火。土方岁三前往庄内藩请援失败，也闻讯率领新选组加入登上了榎本的军舰。
旧幕府陆军、海军、诸藩兵将、彰义队、冲锋队、见国队、新选组等势力重新整合，怀着恨意，迎着寒冷的海风，搭乘军舰踏上了九死一生的征程。
（二）平定虾夷
虾夷的箱馆（今函馆）曾经是幕府与美国签订条约，最早一批向西方通商的港口，也是海防要地。戊辰战争开始后被新政府接管，设立箱馆府，组织了箱馆府军，五稜郭变成阻拦旧幕府军的坚垒。榎本武扬做好了成立新政权的计划，为此需要得到其他国家的支持。为了不惊扰到停驻在港口内的外国使者、商人，他命舰队停靠在箱馆以北山脉另一边侧的鹫之木地区，步兵登陆后徒步前往五棱郭。兵力不多且缺乏训练的箱馆府军自知不敌，便提前向新政府请援，福山藩、大野藩、松前藩的援军陆续抵达。
箱馆地处北纬41度，这时是1868年12月4日（十月二十一日）。天空中飘着雪花，大地冻得坚硬。严冬时节登陆的旧幕府军面临着身心上的残酷考验，急于出兵容易蒙受损失，等待时机却又耐不住持续降温的天气。由于缺乏御寒的衣物，留给旧幕府军的时间不多，必须立即进占市镇获取补给。将士们已身经百战，留在阵列中的皆是勇敢又善战的精英，胜负早已在战斗开始前决定。榎本深知缺乏经验的箱馆府军不是对手，为避免无谓的伤亡，一边行军一边派出以人见胜太郎为首的30人使者团携带请愿书先行前往五稜郭，希望箱馆府方能交出城池，作为交换可以保证他们的人身安全，以此避免战斗。作者：德川家禛。然而错误估计了自己实力的箱馆府竟然派遣军队在二十二日夜间袭击了宿营休息的使者团，挑衅行为引爆了武士们的怒火，战争爆发。
三千旧幕府军徒步翻越积雪山区，兵分多路进发。大鸟圭介率领的军队与人见胜太郎的使者团汇合后击溃了多支来犯的敌军；土方岁三则身先士卒*入敌阵，击破沿途重重设防阻击的新政府军，势不可挡。听闻旧幕府军已经逼近，连连败绩的守将箱馆府知事清水谷公考认为五稜郭不足以抵挡旧幕府军，于是慌忙出逃，携兵将乘外国船只逃到本州岛青森地区，旧幕府军得以无血进占五稜郭。这一天是十月二十六日，距离登陆仅5天而已。次日榎本舰队驶入箱馆港，背叛了奥羽越列藩同盟的秋田藩士兵还未听闻旧幕府军逼近的消息，停泊在港内的秋田的军舰“高雄丸”被捕获，舰长田岛圭藏和一众水兵糊里糊涂的就做了俘虏。旧幕府军把秋田藩购买自美国的“高雄丸”改名为“第二回天”，后来该舰还参与了宫古湾奇袭战。
占据了五稜郭和箱馆港后，旧幕府军决定乘胜追击，彻底平定虾夷。于是沿海岸线推进，击败了福山、大野两藩士兵。和进军五稜郭前一样，将领们依旧在战前向虾夷地区唯一的藩国松前派遣了劝降使者，说明己方并无战意，只与对待德川家不公的萨长新政府为敌。要求让出城池避免战端，保全士兵性命。然而松前藩竟然更加狂妄的将使者斩*。无需再谈，直接进兵。
十月二十七日由土方岁三率领七百将士讨伐松前藩，藩主松前德广闻讯出逃，待土方到达时他已经前往馆村新城（馆城）避难，留下了城内五百名士兵。松前城内的藩兵在十一月一日出城突击榎本军队失败，而后一改作战策略：拒不迎战，据城困守。坚固的正门不利于武士们正面进攻，于是旧幕府军正面围城辅之以军舰炮击，并由土方率领一支小队则悄悄绕至松前城南边的后门。发现土方队后，松前藩兵紧急应战，调来一门大炮打开后门向外射击，随后撤回关闭城门装填，然后再次开门开炮，反复多次。城墙守军以火力阻拦试图接近后门的武士们。一度给进攻后门的兵力匮乏的将士们造成不小的麻烦。不过没过多久，旧幕府军的神枪手就位，看准开门时机，射*了负责开关城门和移动大炮的松前士兵。敌军慌乱，土方岁三趁势拔刀，一马当先*入城中展开白刃战，斩*多人，士气大振。此时北侧的城门也已被攻破，形成前后夹击之势，几个小时内就攻入本丸，占领了整个松前城。1868年12月18日（十一月五日）松前城落，藩兵纷纷向北方的馆城和江差方向逃窜，临走不忘在城下町纵火，町民苦不堪言。
旧幕府军稍作休整便再度发兵，一路追击逃亡江差海岸的残军，一路夺取馆城。松前德广闻讯大惊失色，十一月十二日时再度率亲属出逃，躲入熊石村。十五日清晨旧幕府军队到达馆城，双方激战了一个小时后，旧幕府军攻破正门，突入城中展开了残酷的白刃战，中午时分馆城陷落。江差方向也传来了捷报，海岸由榎本舰队完成封锁，陆上则由额兵队控制。
但不幸的是这一日夜晚突然刮起异常的风暴，开阳丸在狂风巨浪中触礁，赶来救援的神速丸也一同沉没了。据说榎本和土方见状依靠着一棵松树捶打叹息。那棵树被称之为“嘆きの松（叹息之松）”如今已是江差的景点。事已至此，叹息和哀伤毫无意义，勇敢地接受才是真豪杰。将领们重振斗志，决定追击逃走的松前德广及其随行。旧幕府军二十二日到达了熊石村，此地尚有约300名松前士兵，足以一战。但出乎意料的是几乎没有遭到反抗，士气低落的松前士兵便向旧幕府军缴械投降了。询问下才知道藩主又一次抛弃了部下，不知道什么时候就乘船出逃了，只携带了家属和亲信，旧幕府军将士们哭笑不得。后来德广等人于二十四日逃到弘前藩领内，由于受惊过度、长途奔波，他终于再也跑不动了，咯血倒下，二十九日逝世。
至此，虾夷地区的抵抗势力被彻底消灭，用时一个月完成平定。稳固了落脚点，准备迎接春季到来时新政府军的总攻击。乐观的武士们并没有因为艰苦的环境而绝望，反而在十二月十五日（1869年1月27日）这天宣告建立虾夷政权（也称箱馆政权等），通过先进的普选投票制，建立了亚洲第一个由选举产生的共和政权，具有了国家的雏形。经投票选举，总裁由榎本武扬担任，松平太郎为副总裁，荒井郁之助担任海军奉行，大鸟圭介担任陆军奉行，竹中重固、今井信郎共同担任陆海裁判官、永井尚志担任箱馆奉行，土方岁三担任陆军奉行并。
这三千武士中不仅有身经百战的老兵，更有翻译、工程师和技术人员，还有自发留下支援旧幕府军的法国军官，构成了建设乐土的必要条件。当选为总裁的榎本武扬是留学过欧洲的新式人才，在殖民、垦荒、贸易、外交、化学等方面颇有建树；陆军奉行大鸟圭介也是接受西方思想，会讲英语的著名医师、工学者、兰学家、发明家。还有土方岁三这样在血雨腥风中历练、以出生入死为家常便饭的勇士做后盾，坚实可靠。
在旧幕府军武士们的努力下，加固了防御设施，还利用冬季的宝贵时间改进并生产了新式穿甲弹。他们规划未来要种植经济作物、建设工厂、建立近代化公司、与各国通商贸易，不仅强兵，还要求富。为解决人手匮乏，武士们向城下居民招募军士，并计划向更北方的阿伊努人取得联系。而且还不时有武士乘船加入了虾夷政权。只要能守住这里，就还有希望！于是，一个由精英武士建立的迷你共和国便在这荒芜之地绽放了昙花一现的光芒。
原本由旧幕府订购的新锐军舰“甲铁丸”此时已经被美国移交给了新政府，这使得已经失去主力军舰开阳丸的旧幕府海军陷入被动局面。面对即将登岛来袭的新政府军，为了增强己方的实力，由法国海军士官候补生尼科尔提案，海军奉行荒井郁之助、回天舰长甲贺源吾等人制订了夺取停泊在宫古湾的甲铁丸的作战计划，获得法国军事顾问团的布吕讷和总裁榎本武扬批准。旧幕府军将搭乘“回天丸”、“高雄丸”、分别悬挂美国、俄国国旗突入港口，“蟠龙丸”在外接应，3艘军舰夺取新政府手中的王牌。
这是一个异常大胆、难以预料的计划。而且当时新政府对旧幕府海军掉以轻心，总体来看形势十分有利。1869年5月2日（明治二年三月二十一日）旧幕府三艘舰船按照计划出发。然而航行途中高雄丸因故障而速度缓慢，最终只有舰长甲贺源吾、土方岁三率兵的回天丸于5月6日（三月二十五日）抵达预定位置，闯入敌方港口，直奔敌舰。但撞上去接舷后才发现甲铁丸低矮，回天丸的甲板到甲铁丸甲板竟有3米的高度差。但旧幕府武士们还是毅然跳下去以无畏的气概*向前方，土方岁三也闯入敌阵。只可惜登船士兵有限，而且甲铁舰上装备了加特林机枪，对发起白刃战的武士们极为不利，几名队员战死，突击遭到拦截。在周围的其他新政府军舰将要包围回天支援甲铁、且舰长甲贺源吾中弹战死的情况下，海军奉行荒井郁之助当机立断命令撤退，及时止损，亲自掌舵返航。最终从新政府数艘军舰的追击下艰难返航。这场奇袭战就这样十分可惜的失败了。
（三）官军上陆
第二年春季，新政府集结兵力有虾夷政权3倍之多，并租用了英美船只增加投运量。海陆并进，决心攻破武士们最后的防卫。
四月九日早晨在五棱郭西北方向、松前城正北的乙部海岸登陆。旧幕府军从江差地区出兵阻击登陆，却因兵力不足遭受失败，不久后在新政府军舰的炮击下连江差也丢失了。
四月十日，土方岁三带领由冲锋队、传习队组成的三百人队伍到达二股口，并在旁边的台场山上花了两天时间在构筑了坚实的阵地。二股口位于山道之中，五棱郭的西南、泉泽地区和矢不来地区的北方，道路两侧则是陡峭的山脉。
十一日这天伊庭八郎、春日左卫门率旧幕府军主动出击尝试夺回江差。击退驱散新政府军的侦察兵后驻扎在进入茂草地区，准备继续向北进军。但得知新政府军正在逼近后方的木古内，只得停止前进撤退到松前。
十二日，新政府军夺取江差后，由陆军参谋黑田清隆率领2800名勇士兵分四路，分别沿着海岸向松前方向、越过山岭向木古内口前、从乙部途径鶉向二股口、从乙部向安野吕口，向箱馆进军。同一天，旧幕府军这边大鸟圭介指挥传习队、额兵队赶来支援驻防木古内的彰义队，布防阻击新政府军。
十三日午后，700多名新政府军士兵在军监驹井政五郎的指挥下开始攻击二股口，土方队倚靠着胸墙不断射击。那天下着雨，土方队连夜激战了16个小时，以猛烈的火力击退了敌军一轮又一轮进攻。到第二天早晨新政府军败退。事后统计，那天的战斗中旧幕府军射出的子弹多达3万5千发，实不多见。
十四日，仙台藩脱藩藩士二关源治率领的400名见国队乘坐英国船到达鹫之木附近的沙原，投入室兰及箱馆地区的驻防。作者：德川家禛。
十七日，新政府军海陆军同时攻打松前城，战斗使损失严重的旧幕府军向东撤到知内地区，松前城再度回到新政府手中。而这一支旧幕府军的队伍此时前有木古内的敌军，后有来自松前的追兵，处境十分危险。
二十日凌晨，新政府军对木古内口发动总攻击，激战一直持续到中午。尽管大鸟队拼死奋战，终究不敌武器精良、兵力更多的敌军，退向泉泽地区。但是等到本多幸七郎率领的传习队等援军到来后，为了解救被困在知内的队伍，他们再度前往木古内。被困住的队伍也尝试突围，最终逼退了害怕遭受夹击的新政府军，重新占领木古内口。但这里不易防守，旧幕府军也放弃了此地，退到地形上有利的矢不来地区，构筑炮台和胸墙进行防御。
二十二日，新政府军再次攻击二股口，再度被土方军击退了。
二十三日下午，新政府军放弃了正面攻击土方布防的阵地，爬上侧面陡峭的山，向下不断开枪。土方队与之彻夜激战。
二十四日凌晨，泷川充太郎率领传习队拔刀冲向敌地阵，猛烈的冲锋震慑了敌军，陷入混乱的新政府军溃退，军监长州藩士驹井政五郎被击毙。尽管如此，新政府军还是没有放弃进攻此地，依然不断投入兵力，土方队时时刻刻处于战斗中，以至于需要用将过热的枪管放入水桶中冷却。
二十五日凌晨，新政府军终于撤退，土方队大胜，战果显赫。此后，新政府军不得不尝试在山中开辟道路绕过二股口，不过由于地形的阻挡使其几乎没有成效。
二十九日，得知二股口南方的矢不来地区被突破后，土方队担心敌军会切断身到箱馆、五棱郭的退路，不得不放弃这个易守难攻的阵地，向箱馆方向撤军。至此已经拦截了新政府军两周时间；当时驻防矢不来的是大鸟队，集中了兵力后的新政府军不仅从道路、山上进攻，甚至在海上也派出了甲铁丸进行了炮击，造成了严重的后果。数倍于己的敌军使旧幕府军无力抵挡，不断后退。即使大鸟圭介在富川重整部队、榎本武扬也亲临有川指挥，却依旧无法阻止士气低落的队伍不断溃散，最终大鸟队也退回了箱馆。
四月三十日，千代田形被新政府俘获，虾夷政权的军舰只剩下回天丸和蟠龙丸。由于中弹导致的损毁，便主动搁浅在弁天台场附近当做炮台使用。
五月五日，市村铁之助离开箱馆。想必铁之助对于新选组爱好者、看过《新撰组异闻录》的人而言并不陌生，作品中的铁之助在历史上确有其人。他1867年（庆应三年）与哥哥市村哥哥辰之助一起应征加入新选组，入队时仅有14。参加了鸟羽伏见之战、甲州胜沼之战等多次战斗。铁之助作为小姓（近侍）陪伴土方左右，土方评价他“颇具胜心，性情伶俐”。据说在五月份时由于局势对虾夷政权一方已经非常不明朗，于是土方将照片、头发、书信等遗物委托给他，让他逃出。两个月后铁之助躲过官军的包围，到达了土方的亲戚佐藤彦五郎家，将土方的经历传达给了家人们。
五月八日榎本率兵夜袭大川地区的新政府军，但以失败告终。
五月十一日（6月20日），新政府军从海陆两方面逼近箱馆，箱馆总攻击开始。
（四）决战箱馆
凌晨4000多名新政府军从西北方向大举进攻，这个兵力已经超过虾夷政权顶峰时期的总和，更何况现在。率传习步兵队、游击队、陆军队在外作战的大鸟亲自举枪奋战，但晚上撤退到了五棱郭。于五棱郭北侧构筑的四稜郭阵地中的旧幕府军由于担心后路被切断，于是只得放弃阵地也退往五棱郭。这时旧幕府军的主要阵地就只剩下北方内陆的五棱郭、中部的千代岱阵屋和南方沿海的弁天台场。
另一边，新政府陆军参谋黑田清隆率领700名新政府军趁着夜色乘船登陆了箱馆山的背面。直接威胁到了弁天台场的背后，但此时驻守在山的另一侧的弁天台内的旧幕府军还毫不知情。黑田队攀登峭壁到达箱馆山的山顶，黎明前占领了箱馆山。
对于新政府军的突袭登陆，箱馆奉行永井尚志带队进入弁天台场巩固防守，泷川充太郎则率领新选组、传习队出击试图夺回箱馆山。但是来自山顶的攻击是压倒性的，敌军还有舰炮支援，不得已退向五棱郭方向，到了一本木关门附近。上午11点左右箱馆市街道被敌军控制，随后新政府军向一本木关门方向进军，岛田魁等人防守的弁天台场被新政府军包围而彻底孤立。救援心切的土方岁三率领为数不多的部下前往弁天台场救援，在一本木关门附近收拢了之前溃散的旧幕府军队伍。看到己方的蟠龙丸击沉了新政府军舰朝阳丸，大喝“机不可失”，想在此处指挥反击。命令陆军奉行添役大野右仲将军中的逃兵押出来，站在一本木关门宣告“我将在此栅栏，斩*退者”。就这样，土方在马上指挥防守关口，抵挡从七重滨进攻的新政府军，形势稍有好转。
然而在战斗中土方突然中弹，被击中腹部造成致命伤，不久死去。卒于明治二年五月十一日（1869年6月20日），享年35岁。事发突然，很多将士甚至没有注意到土方的倒下，等在前方作战的大野问询赶来时土方已经气绝，旧幕府军的士气也瞬间崩溃，阵地失守。据说他的遗体被武士们运回五棱郭内埋葬，不过至今也没能找到具体的地点。
他在此之前早早地就留下了辞世句，以示决死之心：
よしや身は蝦夷が島辺に朽ちぬとも魂は東（あずま）の君やまもらむ
たとひ身は蝦夷の島根に朽ちるとも魂は東の君やまもらん
在国内一般被翻译为“孤臣身殉虾夷岛，忠魂永卫东方君”，十分有名，许多不通晓幕末史、不了解新选组的人也听说过这句话，并从这里认识到了土方岁三。
据说这里的“東の君”是指末代幕府将军德川庆喜，正和虾夷政权的其他武士们一样，将庆喜视为精神领袖，并为恢复他的名誉、洗脱“朝敌”污名而战。
再补充一个不太出名的：鉾とりて月見るごとにおもふ哉あすはかばねの上に照かと
“每当我手持长枪望月时，常会思考明天月光会照在我的遗体上吗？”
关于土方的死，一直众说纷纭，有说法认为土方的致命枪伤来自身后的自己人。这是因为有“鬼副长”之称的土方作战凶狠，对待逃兵和降兵也是绝不手软。一些想要放弃战斗的士兵害怕被土方处斩，于是开枪将他射*。可不论如何，一代豪杰如果死于自己人之手就太遗憾了。
为了配合箱馆总攻击，新政府数艘军舰抵近箱馆。蟠龙丸命中向新政府军朝阳丸的弹药库，朝阳丸爆炸后沉没。虾夷军的士气大振。但最终蟠龙丸弹药用尽，船员只得弃舰上陆，新政府军彻底掌握制海权，不断在相关周围的海面上向陆地发炮，破坏陆上要塞，支援部队陆上交战。五月十二日甲铁丸从箱馆湾直接炮击五棱郭，加之猛将陆军奉行并土方岁三战死，旧幕府军的境遇愈发险恶了，许多士兵逃跑。新政府军参谋黑田清隆劝降旧幕府军，榎本两度拒绝。不过榎本心疼当年留学国外得到的来之不易的书籍，唯恐这些对日本发展极为重要的知识毁于战火，便将《海律全书》等书籍送给了黑田，此事令黑田十分感动。后来在戊辰战争结束后黑田清隆拼命奔走只为榎本不受死刑，甚至剃了光头以示决心，最终如愿保全榎本的性命。作者：德川家禛。
说回正题，此时榎本也预感到未来无望，便向新政府要求救治伤兵。十四日当天便将城中的二百多名伤兵送到城外的汤之川地区，第二天，又把城中的11名新政府军俘虏送还出去。这时弁天台场由于已经孤立无援，弹药和粮食都耗尽，还时刻受到炮击，为了避免无谓的伤亡，不得不投降了。而此时榎本武扬和他所在的五稜郭仍然以武士的傲骨坚持着战斗。
十五日那天，弁天台场的新选组队士以相马主计为代表写下了恭顺的文书，新选组的战斗结束了。相马为常陆国笠间藩藩士之子，1865年脱藩应征成为幕府步兵，后来在戊辰战争前加入了新选组。参与了鸟羽伏见、甲州胜沼等一系列战斗。近藤被捕后，他曾带着幕府陆军军事方松涛权之丞的书信来到板桥为搭救近藤请愿。但相马也被新政府视为近藤的同党而逮捕，原计划与近藤一起被处死，但由于近藤的请愿，与一同被逮捕的另一名新选组队士野村利三郎免于处刑，被关押到了笠间藩。但相马不久逃跑并参加了彰义队的抗战，彰义队瓦解后与旧幕臣转战磐城方向，在仙台与土方岁三再会，一同征服了虾夷地。土方战死后，短暂的接替领导了新选组，视为箱馆新选组局长。新选组最终由他宣布降伏，组织随之解散，队士们不用再过每日都在刀口舔血的生活了。
不过，战争尚未停息。新政府也派遣了使者到千代岱阵屋劝降，箱馆奉行并·中岛三郎助拒绝了这一要求。五月十六日，中岛和不愿投降的士兵们拼尽一切最后一战，最终与他的两个儿子一起战死。箱馆战争的最后一场战斗告终。这天五棱郭派出使者向新政府方要求休战，期间榎本武扬原本决定以切腹为将士们负责，换取新政府对投降士兵的宽典。却被大塚霍之丞劝下，最终由榎本出席降伏仪式。度过煎熬的两日后，1869年6月27日（明治二年五月十八日），榎本武扬提交了投降书，城内仅存的一千多名旧幕府军将士解除了武装。虾夷政权灭亡，戊辰战争这才正式结束。
但是，新选组的故事还没有结束。
明治以后：队士的晚年
在明治时代，新选组被视为“贼军”的代表，得胜的尊攘派大加宣扬新选组*害“志士”的行为，维护京都治安的劳苦日常被抹*，新政府还禁止队士的遗属保留遗物。新选组的评价也长期不佳，在作品中常以反面形象出现；到了大正时代，新选组虽然仍然是反派，不过人气逐渐提高，近藤勇开始被称之为豪杰；到了昭和时代新选组才逐渐平反，尤其是战后新选组作为主角和正面形象的作品越来越多；在平成时代和当今的令和时代，关于新选组的研究越发成熟，评价更加多样化，在文学创作方面他们也成为了幕末史上十分受到人们欢迎的形象之一。
这里再介绍一些活到了明治时代的队士们。
●市村铁之助离开箱馆、潜回东京后，在佐藤家逗留了约两年左右，之后回到美浓大垣老家与哥哥再会。对于他的死有两种说法，一说认为是1873年（明治六年）病死，另外一说认为在1877年的西南战争中加入了反明治政府的西乡军，后战死。证据不明，可能性不是很大。
●岛田魁在弁天台场受降后被处罚蛰居半年，解除禁闭后在京都开设了剑术道场。1886年（明治十九年），担任了西本愿寺的警卫员，回到了梦开始的地方。1900年（明治三十三年）3月20日，在西本愿寺去世。享年73岁。永仓参加了他的葬礼。
●斋藤一在戊辰战争结束后，随同旧会津藩士前往北方的三户县（今青森县）建立斗南藩。表高三万石，由于天气寒冷、土地不佳、森林密布，实际只有七千三百石。收成极差、物资奇缺、食不果腹。是为严苛的责罚。在斗南藩的这段时间里与会津名门篠田家的女子结婚，改名为藤田五郎。不久后的1871年斗南藩废藩置县。1874年（明治七年）移居东京，被警视厅录用。1877年的西南战争中加入了政府军警视征募队，与曾经的敌人萨摩藩再次战斗，后被授予勋七等青色桐叶章。战争结束后继续警察的工作直到1892年（明治二十五年）才离职。后来又在学校里历任数职，直到1909年（明治四十二年）才正式退休，安享晚年。1915年9月28日（大正四年）因饮酒所致的胃溃疡去世，葬在了福岛县会津若松市的阿弥陀寺，与昔日的战友在地下重新团聚了。
●永仓新八在东北战争中，率靖兵队于一场战斗的胜利结束后想要进入会津作战，但因为路线被新政府军封锁转而前往米泽藩。但未能参战便听闻了会津降伏的消息，只得作罢，前往江户。战事结束后永仓觉得自己以浪人的身份很难再隐藏下去，请求重回松前藩。明治二年二月，通过松前藩家老下国东七郎供职于松前，教授藩兵法式操练法，获得了 150石的俸禄。明治三年处于身份、安危的考量，成为了福山藩藩医杉村松柏的养子，并于明治八年继承了家名。更名为杉村（治备）义卫。明治三十二年，永仓回到小樽，渡过了平静的余生。他写下了《浪士文久报国记事》等作品、又接受记者吉岛力的采访留下了《新选组颠末记》，这些作品成为后来重新评价新选组的契机和重要材料（也是本文的重要参考资料之一）。1915年（大正四年）1月5日去世，墓地在小樽市、札幌市、东京共有三处。
●相马主计在1872年（明治五年）被赦免，与妻子移居到东京。短暂的出仕新政府后被免职。1875年（明治八年）在屋中独自切腹了。当妻子从外出地回来的时候，相马已经死去多时。至于他为什么要这样做难以确定，至今也是一个谜。
●池田七三郎本名稗田利八。和斋藤一留在会津作战，会津战争结束后被送到东京蛰居。1年后被释放，回到了位于日本桥材木町重新继承了家业，作为商人生活了下来。1929年接受子母泽宽的采访，口述了回忆录《新选组闻书（稗田利八翁回忆录）》。1938年（昭和十三年）1月16日去世，享年88岁，葬在了东京都港区。是活到最后的新选组队士。
（还有许多，限于篇幅在此省略。他们共同在敌人建立的时代继续书写着新选组的故事。）
落日余晖：后世的争议
有人指责新选组敲诈商人，却没有看到他们的目标主要是与萨长勾结的商人；有人说新选组暴力执法，却忽视了他们保护了京都免于数次长州攘夷派的纵火；有人说新选组目无法纪，却略过了多次以加强管理为目的的内部肃清；有人指责新选组站在旧的一方，却没有看到幕府的维新变革以及新选组也在学习西方制度的变化性；有人指责队士大多出自没文化的浪人群体，却没有认识到新选组是幕末史上罕见的集纪律性与能力于一体的浪人组织，极大的克服了浪人自身局限性的一面；有人说新选组的存在没有改变历史的意义，然而新选组励志的奋斗史就是鼓舞后人最大的意义……历史不是非黑即白的，正邪也非二元对立，抛开任何一面审视新选组都是不够客观的，
当然，新选组也必定存在一些局限，例如一部分队士出身贫寒加入新选组是为了谋求功名，甚至一些高层成员也受到此种心理的摆布、局中法度没能在威严与实效上取得平衡点，过于严苛的法度反倒造成了一些成员的逃亡、权力斗争及内部暗*等不光明的活动长期存在、队士招募时主要考察武艺，对思想方面关注较少，使一些尊王派异己分子也能轻易加入新选组、长期处于社会下层，很难说清多数队士对于路线和未来有没有认真思考过，等等。
但瑕不掩瑜，新选组的成就不因过失而被否定。至今新选组题材的影视文学作品层出不穷，在异国他乡仍有人能够怀念他们，就是对其艺术价值的充分肯定，标志着他们的光彩一面得到了世人的认可。那么接下来我就具体谈一谈新选组所面对的那些争议吧：
（一）是封建统治的卫道者吗？
新选组在当今面临的最大争议：他们隶属于德川幕府的阵营，是封建统治的卫道者（吗？）。
我主要研究的领域就是幕末政治史，并偏重探索幕府和佐幕派的思想、成就。关于幕末时代德川幕府是什么样的？具体的论述很复杂在此省略，有兴趣的可以看看我以往的正作《幕政改革的前景》、《何为佐幕史观？为何提出佐幕史观？为何倡导佐幕史观？》、《德川幕府的维新政权构想》等文章。在这里简要概括，但很负责任的把结论告诉读者：
幕末时代德川幕府早早地进行了维新，甚至在一些方面远早于萨长新政府，并取得了更高的成就，绝非保守势力的代表。这种说法乍一听起来很反直觉，但并不是信口开河，具体来说：政治上尝试建设近代化政府，庆应年间的改革设想达到完备：赤松小三郎提出内阁制两院制、津田真道的“日本国总制度”实施两院制并赋予全体国民选举权、松平乘谟倡导收拢藩权，建立包含公卿、藩士在内的中央政府、西周助提出结合美式三权分立和英式两院制的《议题草案》等；经济上小栗忠顺成立国营的株式会社“兵库商社”，投入了100万两启动资金，并学习法国的管理经验、致力于关税率修正谈判，有利于三都商人联合掌握日本的商品流通，开办了日本第一家酒店“筑地酒店”；军事上到鸟羽伏见之战前，幕府陆军拥有9个步兵连队以及核心力量的4个传习步兵大队，共计约1万人。并实现了全军的西洋化，成为日本最大的西式军事组织；工业上开办日本国内规模数一数二的横须贺制铁所，还从法国引进了职务分工、雇佣规则、加班补贴、公司内部教育、西式簿记、月薪制度等用以提高效率；为推进枪炮弹药等装备的国产化，建成第一家西洋式火药工厂。可以看到在方方面面均成就斐然。德川幕府固然是旧时代的产物，这不能否认；幕末时代它又孕育了新的生机，同样不能否认。
大阪经济大学教授家近良树编著的《幕政改革》、日本历史宗教研究所所长武田镜村的《萨长史观的真面目，揭开历史的伪装，还原真实》、北海道大学名誉教授井上胜生的《幕末·维新 日本近现代史》、北海道大学教授田中彰的《岩波日本史卷七：明治维新》等众多历史学家的海量作品中均有论述幕府维新，并肯定了其中卓越的先进性，反对“幕府保守论”的陈词滥调。还对照列出了许多萨长新政府在维新前后的恶劣行径，批评其落后的一面。而且持此观点的历史学家大多反对日本军国主义侵略扩张、抵制靖国神社，不可谓不开明进步。
近年来在华人学者吴军的著作《文明之光》（由中国新闻出版广电总局出版）中也有相似的阐述，书中提到：当时日本的社会下，主流冲突不是“维新与否”，而是幕府与萨长的“谁来领导”，正因为社会共识高度一致所以我们熟知的明治维新能成功几乎是历史的必然。从侧面指出，对明治维新不要过高吹捧、不应把幕府当做闭关自守的反面角色，幕府也在维新。
在这样的时代背景下新选组选择了佐幕：他们支持维新，不过是“幕府维新”、他们亦是志士，当然是“佐幕志士”。绝不能一棒子打成什么“历史余孽”、“封建卫道者”。他们只是站在佐幕的立场上，并将信念贯彻到底，践行着队旗上的大字，这是多么值得赞扬的忠诚！进一步来说“萨长=官军=开明派”、“旧幕府=贼军=守旧派”，这种单纯的图式是明治以来日本政府基于萨长史观的教育观念，有着明确的政治目的，对历史本身高度扭曲。幕府阵营下的新选组也不可避免的受到了抹黑宣传，而真实的新选组从生死存亡的斗争中一路走来，稍有幻想而落后于敌人的话就可能招致覆灭，于是有着明显的“实用主义”特点：剑术追求高效制敌，绝不讲究礼仪；任务以完成为准，常常不按套路出牌；为了战争取胜，土方岁三感慨刀剑的时代已经过去，以后胜负将由枪炮决定，遂以火器作战；为适应近代作战的需要，率先脱掉臃肿的和服，换上精*洋装。在实用思想的指导下不断学习西方优秀文化制度完善自身，怎么会是守旧派呢？不仅保护了幕府的维新，还在践行着自身的变革，正是光彩耀眼之处。
因此大可不必扭扭捏捏的挤出类似于“尽管新选组是守旧派/旧势力，但依然有可贵之处”、“虽然是旧幕府的爪牙，却精神可嘉”的自卑话，以后请有理有据、堂堂正正的支持这些幕末时代的豪杰！他们不是旧时代的守墓人，而是另一条新时代大道的探索者、护航者！
对德川家忠心耿耿的幕臣们后来在明治时代下忍辱负重，西周助成为了独逸学协会学校初代校长，著名启蒙思想家；榎本武扬历任外务大臣、海军卿、递信大臣、文部大臣、外务大臣、农商务大臣等；涩泽荣一成为有“日本企业之父”之称的大实业家，大大小小的人物数不胜数。证明了佐幕派不是守旧派，有着与萨长方比肩的才能，金子总会发光，无关乎他们的立场。队士们也正是由众多浪士炼成的真金、幕末史上闪烁的群星。作者：德川家禛。
（二）是最后的武士们吗？
从日本的传统文化来说，新选组的另一个争议是：有人认为，如果说他们是武士，就应当遵从主君，在江户开城时和德川庆喜及其他幕臣一起恭顺。而他们的抗命是不忠之举，是叛逆的，归根结底还是浪人，不配称作武士。
恰好对于武士道我也有些研究，下面两条内容也做简略的阐述，具体的内容可以查阅我以往的文章：武士道作为“武士的道德”、“武士的精神”，本来就不是刻板的、一成不变的，也没有一套固定的范式：正如会津的武士魂是佐幕、水户的武士精神为尊王；《叶隐闻书》中说武士要死狂、《会津御家训》中说武士要奉公那样。各地各藩都有独到的解释、各个时代也有不同的内涵、迥异的环境下也会有不同的作为。是不断完善、与时俱进的。
一定要说武士道恒常不变的内核的话，不外乎“忠”与“勇”。
对于江户开城时期而言，如果说恭顺的武士们践行了“忠”，那么新选组则践行了“勇”。他们将勇猛深深地刻入萨长士兵的心里，直到戊辰战争十年后的西南战争，即使只有原新选组几名队士参加的“拔刀队”也足以让萨摩士兵为之胆寒。
江户时代是武士阶级创立的武家时代，国家的统治者由高级武士组成、社会的运作也由武士实现。而到了明治时代，便不再是武士的时代，武士作为职业军人被《征兵制》下的士兵代替，武士作为阶级也被废除归入“士族”之中，武士作为地位的象征也被取消了各项特权。明治之后无武士。所以从这里来看，新选组称得上最后的武士：他们支撑着最后的武家政权，为武士从历史舞台的退场进行了华丽的最后一战。
（三）是军国主义的化身吗？
还有人说，新选组是“军国主义”的化身，因为他们信奉武士道。不可否认的是，二战中的日本政府曾为了振奋士气，宣传过新选组这些即使回天无望却也忠贞不渝、坚持作战的悲情英雄，尤其是面临战败时鼓动士兵们走上自*攻击之路。但是，要批判的是举起“新选组”旗号的日本军国主义政府才对，而不是已经长眠于地下的队士们本身。如果将旗手与旗子粗暴的划上等号，把新选组和军国主义政府归为一类，未免太不负责任了！
况且武士道也是被军国主义用作宣传的招牌物，而不是它的精神来源。江户时代信奉武士道的武士会在道德上崇尚正直、坚毅、质朴、俭约、礼节、大义、廉耻、武勇、忠诚等美德；在文学方面从小就被要求能读儒学、会写书法；武术上要会剑术枪术弓术，幕末时期有些地方还要掌握炮术。含金量极高，培养成本也高，可谓是按照文武全才的标准来教育，是为了稳固幕府时代日本的君臣关系，避免战国时代下克上的发生。而明治以后的日本社会环境显然发生了变化，帝国主义政府中居心不良的政客们抓住了民众物质生活得到初步满足后，又渴求精神世界满足的心理。借机推行军国主义，大肆篡改武士道精神，断章取义、招摇撞骗，美化侵略行径。许诺人民只要参军，就能像武士一样活着；只要为天皇而死，就能成为真正的武士。对于大多数文化程度并不高的民众，着实诱惑力十足，民众纷纷将自己的孩子送去当兵，希望能像幕府时代一样改变家族的地位；青年们也乐于参军，因为他们的自豪感被充分地利用。颇有挟“武士道”以令“百姓”的意味。政客不仅玷污了武士道，也祸害了无数国内外正值青春年华的青年，最终还伤害了各国之间的感情。
而且将新选组、武士道、军国主义三者划上等号，不仅不合逻辑，也不符合历史学的严谨态度。现在我们所说的“军国主义”诞生于近代资本主义社会下，需要有成因独特的意识形态、国际环境以及集权的政府。对于江户时代的幕府、幕末的日本，尚不具备这样的条件，所以从历史背景上来看，新选组也与军国主义完全不沾边。
借用历史学者、教育家、南开大学历史学院教授李冬君的话:“战争贩子们用武士道来发动战争，让武士道承担战争犯罪，更以武士道来对抗审判，美化自己的嘴脸。而我们却忽略了这一点，没有将二者区分开来，使他们终于如愿。不把武士道与军国主义区分开来，就不能将日本人民与侵略者区分开来，侵略者利用了这一点，把武士道当作保护伞。”如今我们中的许多人仍在指责伞，而不是躲在伞下的人。作者：德川家禛。
最后试想，自建立以来便同萨长、明治新政府作战到底的新选组，若队士们地下有知，真的会乐意后人把他们和明治新政府及其后继者昭和政府归为一类吗？
（四）家禛大御所的十字总评
在文末，我用十个字评价新选组：混乱中走来，向秩序走去。
新选组诞生于动乱的幕末时代，最初的队伍也缺乏纪律。但随着时代前进、经历增多，新选组加强了自我规范，从劫掠平民到主动保护他们，稳定了京都的治安，十分难能可贵。从浪士组刚刚结成的一盘散沙，到如今其制度值得被后人研究的一支强劲队伍，是幕府阵营中进步快、成就高的代表组织。他们坚持为德川家危险重重的幕政改革保驾护航，即使最终失败，也不会让人留下“如果当时怎么怎么样就好了”的遗憾；为了应对长州征伐编制的《军中法度》和到戊辰战争中的改革，更是一改当年浪士的模样，拥有了正规军相似的编制、规定、装备。队士们在京都时代能搞暗*、会渗透、搜集情报也不在话下，战争中既可以持刀剑作战也善于使用枪炮，而且还足以令敌军听之恐惧闻之丧胆。称得上是幕末时代旧幕府军中的一支特种部队，一群英勇的豪杰。
最后我再次感谢新选组，是这些一百多年前的群雄让我接触到幕末史，让我投入到对历史的学习中去，让我产生了深刻的思考，让我取得了今天的逐项成就。没有他们，就没有今天的我。
每当看到新选组的故事，就感到队士们像神灵一样始终伴随在我的身边。提醒着我不要松懈、鼓励着我继续前进。向你们致敬！
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