两个企业合并后，部门整合的关键在于明确企业并购的战略目标，进行组织结构的设计与重建，以确保企业拥有健全的制度和合理的组织结构，从而实现*双方的协同效应。
首先，明确企业并购的战略目标是非常重要的。这包括确定合并后的企业愿景、使命和核心价值观，以及如何通过组织结构的调整来支持这些战略目标的实现。这有助于确保合并后的组织能够有效地运作，实现资源的最优配置1。
接下来，进行组织结构的设计与重建是部门整合的核心。这包括对现有部门进行重新划分和组合，以形成易于管理的组织单位。部门划分应基于一定的原则，如按照职能、产品、地区等进行划分，以确保每个部门能够专注于其特定的任务和责任。此外，组织结构设计还涉及到管理层次的确立和组织系统图、职位说明书以及组织手册的制定，以确保所有员工清楚自己的职责和权限2。
在合并过程中，还需要注意以下几点：
确保合并后的财务管理采取整体性和实用性，注意文化的融合，规范并购企业的法人治理结构1。
对于人力资源的整合，建议由收并购双方的人力资源专业条线高管、人力资源部门负责人以及相关工作人员构成工作组，直接向整合后企业的高管团队汇报工作3。
通过上述步骤，可以有效地进行两个企业合并后的部门整合，确保合并后的企业能够高效运作，实现预期的协同效应和竞争优势。
