学化学的分子图不会画？石纪元教你用Python-RDKit几行代码搞定（救人全靠画）

一在石器时代重新创造文明

1-缘由

最为一个名不合格程序员，漫画是死肥宅的完美搭配。最近看动漫《石纪元》，沉迷于对石器时代创建文明的幻想，也想在荒芜的世界利用科学知识改变世界。爽歪歪意淫。没看过这个动漫？赶紧看下！说的是全世界的生物都被石化，三千年后男主角苏醒后利用科学拯救世界的有趣故事。比贝尔荒野求生还爽。

对动漫中，男主千空一群人为创造磺胺类抗生素救人治病尤其感染。我也想画一画，但是我不会啊！

于是，我关注上了化学，虽然高考后就不再于化学接触。而且印象中，玩知乎的童靴都知道知乎有三大劝退专业，化学是其中之一，具体原因我不知道（非化学专业）。

今天我们就用非化学专业的方式来画分子结构图，手把手教你，就算你是化学专业不懂编程也能快速度上手。利用Python RDKit实现化学分子图结构图的绘制。

方便快捷，实现的效果如下：

2-适用人群

-闲的蛋疼的程序员

-化学专业不喜欢化学又得画分子图的同学

-转行学Python编程的非计算机专业的迷茫小羔羊寻找开发项目训练的同学

-觉得编程没意思的劝退青年找点乐子刺激以保持对技术的追求

-开发新领域，尝鲜玩乐的成年人玩具

-《Dr．STONE 石纪元》爱好者

二环境准备：方式1 Python RDKit

1-Python 环境搭建

参考我们的文章《》

2-安装RDKit相关依赖的Python库

运行-cmd -逐个输入回车安装

pip install cmake pip install wget pip install swig pip install boost pip install aggdraw pip install matplotlib pip install Pillow

3-RDKit 安装

Step1 下载源码https://github.com/rdkit/rdkit/releases/tag/Release_2019_03_4

Step2 解压到没有空各路径的文件夹，我的是D盘

Step3 配置系统环境变量 RDBASE ：D:\rdkit\rdkit-Release_2019_03_4 PYTHONPATH: %RDBASE% PATH: 最后未添加 ;%RDBASE%\lib

Step4 测试安装情况

from rdkit import Chemme 没报错 三环境准备：方式2 Anaconda RDKit（推荐）

方式1可能会出现各种错误，而且配置安装复杂。推荐使用Anaconda进行安装，但是此方式对网络有所要求。有可能被墙掉。

1-Anaconda的安装

可以参考其他道友的文章：https://www.jianshu.com/p/62f155eb6ac5

2-创建RDKit环境

Step1 打开Anaconda Prompt-输入：

conda create -c rdkit -n freo-studio-rdkit-env rdkit 创建一个 freo-studio-rdkit-env 环境

提示y/n?:输入y

慢慢等待就可以了，但是网络经常中断，重新来过进行就好！安装完成后如下提示：

Step 2 激活使用刚才创建的环境并安装相应依赖包(如果提示报错就更新pip)

conda activate freo-studio-rdkit-env pip install matplotlib pip install Pillow pip install Pillow-PIL pip install image pip install ipython 输入python 回车输入代码: from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import rdDepictor mol = Chem.MolFromSmiles('CCC(CC)O[C@@H]1C=C(C[C@@H]([C@H]1NC(=O)C)[NH3 ])C(=O)OCC') rdDepictor.Compute2DCoords(mol) Draw.MolToFile(mol, 'mol.png')##当前路径

生成图片如下：

输入代码运行：

from rdkit import Chem m = Chem.MolFromSmiles('C1=CC2=C(C=C1)C1=CC=CC=C21') m.GetAtomWithIdx(3).GetIsAromatic() m.GetAtomWithIdx(6).GetIsAromatic() m.GetBondBetweenAtoms(3,6).GetIsAromatic() 四更多更复杂的化学分子结构图

1-参考RDKit 文档

https://rdkit.org/docs/RDKit_Book.html

https://rdkit.org/docs/index.html

https://github.com/rdkit/rdkit