新年的钟声敲响前，迦勒底却度过了一个严峻的新年。达芬奇酱在之前被新所长叫去解冻A组的七人，但是等到舱体打开的时候众人发现，原先A组的七人的舱体早已空无一物，A组全都被伪装成了在舱体里的样子。
随后，迦勒底的观测系统就马上显示了异常，和其他星球的通信全都断绝了，一批军队入侵了迦勒底，监测系统显示出了入侵者的图像，进攻的从者为安娜皇女，尼古拉二世的女儿，是沙俄皇室被屠*时下落不明的皇女。（作为第一章的术阶从者，master为A组之一的卡杜克·杰梅尔普斯。据达芬奇和学妹说是个温柔的但是悲观的人）
不仅如此，在管制室出现了一只特殊的从者，同时东边的路也被冻结了。（据说能奶一口从者是所长？）
入侵者强行打开了关着咕哒一行人的门，这时学妹终于挺身而出重新进行武装。
只是目前的学妹还是一个普通人而并不是作为从者的身份，而面对数量增加的敌人，险象环生，幸好在关键时刻福尔摩斯解救了两位。
福尔摩斯向二人讲述了迦勒底现在正在遭受不明军队的袭击，大门被封锁，咕哒一行人只能逃亡地下机库的集装箱，而咕哒和玛修决定先去解救达芬奇亲。
见到达芬奇的时候，她终于告诉了咕哒二人箱子里所装有的内容，原来这个箱子是储存至今为止所召唤的英灵的灵基情报，也就是记录了“缘”的图表的备份，只要有箱子和玛修在，有相应的灵脉和电力作为启动，就能再次召唤出被遣送的从者们。（果然是移动召唤箱）这个箱子大概也是入侵者们在寻找的东西。
在和达芬奇亲一起逃入地下车库的时候，收到了幸存者（新所长）的求救信息，在一番纠结后，咕哒一行人决定先把幸存者救下。在面对着安娜和秘书的攻击下救下了新所长以后，一行人返回到了地下机库，虽然敌方从者追了上来，但是一行人马上就能坐上集装箱，只是在这时麻婆突然出来搞事（又是你个死偷税的mmp，我今天就要召唤切丝papa崩了你丫）。
是的，达芬奇亲被麻婆刺穿了。在消失之前她将箱子扔给了咕哒，并用将麻婆暂时束缚住了。咕哒一行人最后也乘着集装箱逃亡了。
但是嘛，逃亡这种事情总是一波三折的。所以按照惯例也是这样，秘书狐掏出了一把枪就对着咕哒的集装箱来了一发，但是幸亏福尔摩斯之前做的虚数潜艇发挥了用场。尽管险象环生但是终于还是逃脱了出去。
在虚数潜艇内，一个让大家完全没有料到的人出现了。没错，就是她！刚才告别完大家的达芬奇亲，只不过换了一种幼年的样貌。
这是达芬奇之前为了给虚数潜艇进行操作而特意制造出来的人工servant（达芬奇Lily！！！太棒了！！）在另一边，管制室里，安娜将示巴以及整个管制室冻结了起来。（继烧却的命令后，人理再一次惨遭冻结的命运。）
总之，咕哒一行人终于逃离出了迦勒底，从福尔摩斯的叙述中，迦勒底已经被彻底销毁，也就意味着咕哒一行人终究落为了无家可归的地步，迦勒底的地址也终于明晰，他们处在6000米高的南极大陆的山上。
最后窗外出现了两颗无法用 常理解释的陨石，广播传来了不知名的消息，述说着世界将再次回到非人的神秘，这颗星球也将回到神灵遍布的世界。（外神的游星？）神选下了七个种子和领导者（A组无误了，咕哒：等我出去.jpg）将这颗星球改造为异闻带。（又是足以一个颠覆世界观的设定出现了）泛人类史的生命无法参加这场战争，旧人理将被冻结，所以和笔者之前所发的视频一样，按照FGO一开始的CM描述，人类文明确实在2017年被观测到成为了终结，也就是在这最后一天。
现在咕哒一行人唯一的出路就是依靠南极地区的神秘度进行再一次盛大的冒险，对Minus世界的挑战，福尔摩斯展开了虚数观测机.Paper moon。进行灵子分解，从现实中退去，修正人理。
总之到此为止，就是第二部序章的所有剧情了，各位master们准备好面对接下来的冒险了吗？让我们一起夺回未来吧！
