最近做孟德尔随机化研究的用户都会发现一个尴尬的问题,那就是gwas服务器停止维护了,导致国内用户无法在线使用ieugwas,表现出来就是无论你怎么尝试连接数据库都提示失败。对于这种被外国人卡脖子的情况,国内研究学者们是绝不能容忍的。
此up主连夜开发了支持本地ieugwas数据上传分析的功能。操作方法比以往输入id稍微多了一步,就是要用户自己从ieugwas网站下载vcf格式文件。在ieugwas官网输入疾病关键词或id,就可以跳转到下载页面,点击vcf下载即可。
下载下来后就是这样vcf.gz格式的文件,不需要做任何处理,直接上传到我们biowinford网站即可。另外如果是其他数据库的gwas数据,仍可以参考demo里的示例数据格式进行整理。
这里我们就只演示针对ieugwas数据库,用vcf文件替代以往输入id,后面的参数就还是一样了,选择p值连锁不平衡、模型等,这样分析结果就出来输出内容和之前输入id的分析是一样的,各种pdf图片结果以及暴露结局表格都输出了。
word服务器全面崩盘,劝退了一大半国内想做孟德尔分析的人。而我们biowinford网站,无论是暴露结局数据还是clump处理,都已全面部署本地化,因此几乎不受外国人卡波子影响,堪称国内孟德尔快车道。
还不赶紧上车,up主带你快人一步。
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