故事发生在近未来，网际网络孕育了一个自称「Float 浮点」的网络生命，蛰伏许久后它便发起了第一次生存战争，陷入绝境的人类疯狂地使用核武器，想要毁灭地球与「浮点」同归于尽。然而在「浮点」的阻挠下难竟全功，不过大量的核爆炸还是将世界带入了「核子时代」，「浮点」也销声匿迹，它在物理世界的触手 —— 智械大军也损失惨重，失去了指挥游荡在荒原上。
残存人类得以喘息，有些人类在辐射中获得了强大的力量，这些英雄们带领幸存者们对抗残存智械、未知怪物以及堕落拾荒者的威胁，在废墟上建立幸存者聚居地。英雄们的能力和事迹在废土世界广为流传，崇拜者们以旧时代众神的名号称呼他们。
然而好景不长，荒原上突然出现大量的智械，失去了「浮点」指挥的智械像漫无目的的潮水，席卷了数个人类的聚居地，无数人流离失所，开始在荒野上流浪。一些幸存者们将家园装上轮子，建造可以不断移动的「陆上方舟」，以躲避智械潮。
玩家将扮演其中一座陆上方舟「流浪方舟号」的舰长，在荒原上游荡、救助幸存者、收拢失散的英雄，并带领大家寻找解决智械潮的方法、探究世界真相、重建人类文明。
官方表示：《流浪方舟》在末日废土的设定上，还加入了近百种中西方神话英雄，JK 兔耳装嫦娥 转轮机枪、重机皮衣女娲 重机、海滩裤阿波罗 冲浪板，还有埃及艷后梅杜莎等，与众多超凡者一起核后世界中战斗与生存。
