《苏菲的炼金工坊2～不可思议梦的炼金术士～》作为一款传统的JRPG游戏，自然是离不开打怪的。游戏中的怪物前期大多不会主动攻击，需要玩家主动攻击才会进入战斗，后期也会有很多怪物有自己的警戒范围，会主动追逐玩家进入战斗。
战斗方面，本作告别了莱莎那种半即时QTE战斗的方式，回归了传统的回合制战斗，其内容还是普攻、技能、防御、道具、逃跑等，算是万变不离其宗了。那么自然也少不了那个顺序条了，相信玩过JRPG的玩家都能很快上手。本作中的队伍采用了6人组队，3人前排3人支援的设定，通过攻击、技能、防御等可以获得TP点数，消耗TP点数可以由后排队员为前排防御攻击，此外也可以发动双重攻击，在一回合内让前后排的两人同时行动。游戏中的技能都是消耗mp，mp点数不足就只能使用普攻、道具或者进行防御，技能和怪物本身属性存在抗性相克，需要针对性的进行选择。怪物方面有些怪物则会有灵气附体，增加其攻击力速度等，需要尽快打破。总的来说，游戏的战斗系统基本上回归了传统JRPG的战斗方式，需要玩家针对性采取动作，可以打出酣畅淋漓的战斗，但是战斗节奏也相应变慢了。
不过游戏战斗中的UI界面显得比较简单，特别是在普攻、技能、防御、道具等选项切换方面显得比较繁琐，反而不如传统JRPG十字型布局方便快捷。
在搜集方面，游戏提供了众多的内容，包括但不限于采集、捕捉、钓鱼、采矿、种植等众多内容。首先就是地图中各类可采集的素材，除了常规采集之外，还有需要领悟配方制作相应工具，解锁大采集机制，玩家可以通过小游戏来选择素材的成分属性，不过想要选中自己想要的属性还是有难度的。值得一提的是，游戏中的素材和制成品，有非常自由的属性空间，尽管名字相同，但是内在属性可能是完全不同的，素材属性的高自由度就使得各种制成品的属性也是五花八门，异常丰富，当然想要好属性也需要考验欧气了。
游戏中的钓鱼比较简单，在钓鱼点使用鱼竿即可钓鱼，每个鱼点都有容量上限，钓鱼不需要额外操作，下钩-收杆即可，极大的减少了钓鱼时间，对玩家非常友好。游戏后期可以解锁种植系统，但是并不能替代野外采集，只能提供一小部分帮助。
游戏中的角色可以使用武器、衣服、鞋子等武器装备，由于炼制时投入素材的属性千变万化，炼制的装备属性也会产生各种变化。另外，游戏中还提供了队伍公用的冒险道具和采集道具，像镰刀、矿锄等就需要制作并装备之后才能采集那些需要特定道具的素材。
游戏中还有大量的日常任务，不过可接取的日常任务是有上限的，一般是打怪、上缴素材等。如果背包中有满足条件的素材则可以直接提交，获得奖励，对玩家来说非常友善。
游戏中的大地图是可以传送的，城镇中可以传送到某些固定区域，野外地图则设置了1个或多个传送水晶，解锁之后即可直接使用大地图传送，非常方便。游戏的整体地图还是日式箱庭设计，只能在固定有限区域内活动，悬崖高地一般是无法跳跃的，非常传统。
