时间是2154年，杰克是一名退伍军人，因脊椎受伤下肢瘫痪，当时的医疗治这个病不是问题，问题是杰克没钱，这一天杰克打抱不平，被别人放躺，两个陌生人找上门来。
原来，大哥是一名阿凡达操作员，他们希望杰克接手大哥的阿凡达继续未完的任务，操作员和阿凡达是一一对应，杰克与大哥有着相同的基因，所以这事儿非他莫属，杰克表示接受，这将彻底改写他的人生。
历经5年9个月的冷冻飞行，冒险号飞船抵达了潘多拉星。
经过保安队长迈尔斯上校的安全教育，队员们分别上岗，杰克的任务很明确，就是操作他大哥的阿凡达，格雷斯博士雷姐并不欢迎杰克这样的小白，于是找采矿组的老大。
其实重点不在杰克，而在于雷姐对安保队屠*纳美人的事依然耿耿于怀，帕克也不甘示弱，说你的项目还能维持，还不是仰仗公司给你拨款吗，如果公司不赚钱，不给你投资，你还玩啥呀
雷姐无奈向资本低头，他也只好按照帕克的要求利用外交手段阻止纳美人干扰采矿，这也等于是阿凡达项目重新启动了，杰克进入特定装置，意识转移到他的阿凡达中。
到了晚上，阿凡达们入睡，精神连接自动断开，人们恢复意识，相当于两个躯体共用一个灵魂，第二天上校找杰克谈话，上校是头号主战分子，身体素质过硬，能驾驶机甲，他交给杰克一个任务，打入纳美人内部搜集情报，事成之后公司出钱给他看病。
就这样，杰克兼顾雷姐和上校两个人，杰克第一次野外实训，楚地小姐负责驾驶，雷姐，杰克，大个儿诺姆，三个阿凡达来到学校
医师雷姐取回一些物品，回程途中采集植物样本，杰克则是独自玩起了螺旋含羞草。
此举惊动大型食草动物垂头雷兽，杰克一声怒吼，吓退对方而大锤退是退了，但可不是因为杰克而是杰克身后的闪雷兽，这是潘多拉的陆地之王，大雷上前示威，不料大锤身后还有一帮兄弟，大雷只好掉头，将火力对准更为弱小的杰克身上，杰克一顿凌波微步，闪转腾挪躲进大树树根，大雷紧随其后，不依不饶。杰克开火，大雷不疼不痒，攻击也愈发强烈，杰克只能继续逃跑，最后不得不纵身一跃跳下悬崖。
杰克落单，雷姐一行找不到人，只能返航
丛林深处一个女性纳美人现身，他知道杰克是地球人，所以准备射*，关键时刻一只水母飞来，纳美人收手，水母随即离开。
杰克在不知情的情况下躲过一劫，夜幕降临，杰克点燃火把，照亮地形，威慑他的新敌人独狼。独狼将杰克围在中间轮番进攻，杰克很快被扑倒，眼看要破防。女纳美人几箭就赶跑独狼大队。
纳美人熄灭火把，周边植物照亮整个森林
纳美人为独狼祈祷并怪罪这是杰克惹的祸，她会说英文显然是在雷姐的学校上过学，为什么救杰克，因为白天的水母，水母是灵魂树的种子，灵魂树是潘多拉的神树，神树的种子保护此人，此人一定有点特别。
杰克想跟对方回家，遭到对方拒绝，水母又来助攻，这回不是一只，而是很多只水母大队，停留在杰克身上，似乎在说这哥们儿值得你拥有。
女纳美人改变主意，带杰克回家，在潘多拉，纳美人有几百个部落，这一只名叫奥玛蒂卡亚，卡亚族集体居住在一颗巨大的家园树之下，救杰克的纳美人名叫奈蒂利，就叫她小丽吧，他爹是族长，母亲是萨新约，等于教主或者大仙儿，可以与潘多拉女神艾娃对话，而艾娃能与潘多拉万物相连，所以在潘多拉万物皆有灵，这也是之前小丽对独狼祈祷的原因，小丽的男朋友苏泰是族长继承人
卡亚族并不欢迎杰克，小丽解释到在他身上看到了艾娃的启示，一番观察觉得可信，加上杰克是军人出身，组长决定暂且留他一命，一方面可以了解地球人的军事情报，一方面或许可以将其同化为自己人，就这样，杰克成为卡亚族的见习弟子，小丽担当师姐，负责传授技能。
杰克因祸得福，成了雷姐的香饽饽，本为重点培养的大个儿一夜之间成为过去式，杰克将情报同步给上校，帕克亲自向杰克下达命令
要他说服卡雅人搬家。因为家园树下黄金万两，阿迪并不满足现有矿区，早就对这块肥肉垂涎三尺了。
杰克开始学艺，第一课驯服众凯马，重凯马是纳美人的陆地坐骑，属于入门级装备，驯服方式是用辫子上的神经触须与马儿相连，一瞬间犹如触电一般，二者达成精神连接，从而达到用意识操控对方。
这种连接方式不仅适用于重凯马，同样适用于其他动植物，甚至潘多拉星球本身，所以纳美人崇尚自然，将自己视为星球的一部分，
杰克一边学习，一边送给队长更多情报，这一举动被雷姐发现，雷姐没有戳穿他，毕竟这小子已经不可替代了，但也不能继续纵容，于是雷姐带上杰克，大个儿，楚地一共四人集体搬家，从空间上阻断杰克与上校往来，新家位于哈利路亚山，那是一个庞大的悬浮巨石阵，悬浮的原理就在于涵丰富的超导矿石。
杰克继续练功，拉弓射箭攀爬，跳跃，野外捕猎，杰克基本掌握了纳美人的生活方式，渐渐融入潘多拉大自然，也学会像小丽一样*生祈祷，现在是时候该让杰克成为真正的勇士了，这也是杰克的最后一课，伊克兰也叫班西兽，俗称龙妖，在小丽男友苏泰的带领下，杰克爬上万米高空的龙妖栖息地，驭龙方式跟驯马一样神经触角连接。区别在于只有一次机会，不成便会遭到猎*，这是娜美人的必修课，杰克开始他的终极挑战。
杰克有惊无险，他在空中翱翔，师姐加入其中，两人比翼双飞，来到石拱门下，有一棵大树，这就是刚才说的潘多拉的灵魂树，水母就是他的种子，灵魂树是纳美人的精神寄托，会在后面发挥重要作用。
杰克学会驭龙，练习空中捕猎，有龙妖辅助，弓箭在手，基本上地上跑的都干不过他。
但他在天上遇到更大的威胁大黄，只能钻进丛林，利用身材优势避险。
大黄名叫托鲁克，也叫最后的魅影，是潘多拉顶级掠食者，相当于万兽之王，有史以来只有5位勇士征服过他成为魅影骑士，谁能成为魅影骑士，便可成为武林至尊号令天下。
3个月时间转瞬即时，杰克的心态发生转变，并有点迷失自我，而重点是帕克交给他的劝说卡亚族搬家的事儿，他一个字都没提过，不过上校认为杰克提供的情报已经够用了，算他完成任务，今晚就可以回家。
杰克表示拒绝，他坚持要完成最后一步成人礼，他要正式成为卡亚族一员，到那时他说什么卡亚族都会相信了。
在族人的祝福中，杰克正式加入卡亚族大家庭，当天晚上，他还完成另一件人生大事儿，配偶选了师姐小丽，所以苏泰大哥对不起了，兄弟先下手为强了
次日一早，采矿组的推土机已经来到，杰克爬上推土机框框框一顿大板砖把摄像头全部砸碎，大兵开枪扫射，杰克撤退
苏泰赶来也是没用，人手不够，准备不足，组长下令让苏泰组织反抗，雷姐的阿凡达出面阻止，杰克之前通过外交，修复了雷姐与卡亚族的关系，毕竟雷姐本人是没有错，而且深受学生爱戴，杰克也劝阻不要反击。那会有更多族人丧命，苏泰根本就听不进去，立场是一方面，更重要的是这小子把我未婚妻给撬了，我必须整死他。
结果苏泰还真就整不过杰克，杰克抓住机会讲出心里话，刚要开口嘎巴一声，两个阿凡达都断电了，谁*呢，上校通过视频回放确认是杰克破坏采矿车，于是飞到新家拔掉电源。
杰克和雷姐的阿凡达倒地不醒，苏泰上前就要斩首，小丽出面强行保下他们。
雷姐与帕克理论，并送上一大段科普，简单说就是潘多拉星球万物相连，你破坏灵魂树就是破坏他们的信仰，就是与整个潘多拉星球作对呀，帕克与上校根本不信也不在乎，因为上校已经从杰克的汇报中拿到答案。
既然谈判无望，那就只能硬来了，上校也已通过杰克摸清了元素的详细构造，这就大大提高了强推的胜算，当天晚上，苏泰带领族人反击，他们点燃推土机，摧毁机甲，采矿组的先头部队全军覆没。
次日一早上校请战，帕克同意，杰克这才完全认清公司的邪恶本质，他与雷姐再次争取，好在帕克良知尚存，破例给他们一小时，这一小时是留给卡亚族搬家的时间，而一小时后强推还是要执行，杰克重新切换阿凡达状态，他本可以只说搬家，不料哥们过于诚实，将自己带任务卧底的故事和盘托出，他是以诚相待，不想隐瞒，但对族人尤其是小丽在情感上无法接受。
族长下令抓人，杰克和雷姐被捕，一小时已过，安保队在此集结，第一轮烟雾弹清场。
亚族人在地面反击，收效甚微，上校下令第二轮轰炸，燃烧弹进场，战况直接升级，卡亚族开始丢人头。好心的丽妈救下杰克二人，并希望女婿可以拯救族人，此时上校已经下令开启第三轮高爆弹轰炸
楚地在最后关头抗命，离开战场，但他一个人的善良并不能改变结局。
又一通狂轰乱炸之后，卡亚族赖以生存的家园树轰然倒塌，成百上千的族人葬身火海，族长大人就在其中。
上校任务完成，凯旋收队
雷姐，杰克大个儿三人被软禁。山穷水复之际，楚地带来希望，她放倒守卫，救出三人，并在另一老铁小黑麦斯的帮助下逃出生天。上校不带面罩冲突基地一通乱射，飞机啥事没有，雷姐不幸中枪，他们先是来到新家，带走一列车厢，转移到灵魂树附近，这里有磁场漩涡
可以避开信号追踪，然后为扭转局面，杰克决定孤注一掷。他要征服大黄，成为第六代魅影骑士。
杰克与旧情敌新族长苏泰言归于好，而当务之急是要拯救雷姐，纳美人有一项独门绝技，移魂大法，数百族人席地而坐，将神经连接大地通过灵魂树连接艾娃，由艾娃将雷姐的意识从人类转移到阿凡达身上，立马在台上一顿操作，雷姐真就奇迹般的醒过来，只不过他身体过于虚弱，只留下一句话就咽气上路了。
在魅影骑士的召唤下，15个部落建立统一战线，犯我家远者虽远必诛。
上校也知道纳美人正在集结，也发表战前动员，他要先发制人，通过摧毁灵魂树击垮纳美人的意识，将用于采矿的炸药全部调来当作武器，他要孤注一掷，志在必得
小黑将上校的备战情况通知杰克。杰克明白此战就是生死之战。他独自来到灵魂树下向艾娃祈祷，小丽表示，艾娃只会保护生态平衡，不会偏向某一方的，不过梦想万一实现了呢。
第二天，战斗打响，上校的陆空部队进入哈利路亚山，杰克的纳美人部队早已埋伏多时，只等人类进入火力范围，纳美人陆空两线同时发起冲锋，大黄上前就搞定一架天蝎战机，杰克率先拿到一血，其他战士能射箭的射箭，能打飞机的打飞机，空中战场，纳美人赢得开门红。
地面战场有些出师不利，毕竟人类有热武器，连人带机甲站成一排，机枪扫射，纳美人再怎么说也是血肉之躯，加上空中战场也向地面发射导弹，使得纳美人在地面战场节节败退。
杰克的大黄对付天蝎号绰绰有余，但对付上校的飞龙号还是力不从心，而且上校重点针对杰克，杰克一时无力还击，就在此时，一只天蝎号向飞龙号开火，谁呢，楚地大姐关键时刻伸出援手，为杰克赢得喘息之机，两支战舰疯狂对射，最终还是大号的更胜一筹，楚地战机中弹，最终机毁人亡。
小丽也是一不留神，坐骑中枪，空中浴血奋战的苏泰也吃了子弹摔落地面，几位核心人物先后失去战力，这也代表着整个纳美人战队落入下风，人类的地面部队大举推进，小丽躲在树后身陷绝境，如此关键时刻，听见轰隆隆隆地动山摇，似乎有千军万马正向战场袭来，来的是猛兽们，杰克的祈祷生效了，艾娃女神将信息传递给潘多拉所有拥有战力的动物们，众志成城保卫家园。
率先进场的是锤头雷兽，大锤门上来就掀翻无数机甲。
紧随其后的是独狼大队，最后出场的是陆地野兽之王闪雷兽，大雷俯下身躯，主动成为小丽的新坐骑
随着猛兽战队加入地面，战场局面顿时反转，人类战队几乎没有还手之力，顷刻间溃不成军，同时空中战场也迎来援军，成千上万的龙妖冲进战场，天蝎完全不是龙妖的对手，上校一看情况不妙，要抓紧时间推水晶了，于是下令瓦尔基里号赶紧投放炸药。瓦尔基里号舱门已经打开，是杰克一发手雷轰开螺旋桨，瓦尔基里号失去平衡，坠机报废。
最后只剩飞龙号，杰克要故计重施，这次手雷没有击中引擎，而是在大玻璃上轰开一个大洞，杰克随即扯下一发导弹，将引擎炸飞，飞龙号也开始下坠，上校则是迅速躲进机甲，在坠机一瞬间跳出了机舱。
至此，安保队要推水晶的任务宣告失败，在艾娃女神的庇佑下，纳美人打赢了这场家园保卫战，而现在是上校与杰克之间的单挑局，上校发现移动实验室里面是杰克的本体，上校准备开炮，小丽骑着大雷一个饿虎扑羊化解危机，这大雷牙尖嘴硬，上前撕咬，无奈机甲自带防爆玻璃，只是出现裂纹，上校本人也是驾驶功夫一流，防住大雷所有攻击。开始反击，一刀直插大雷心脏，潘多拉陆地之王英勇战死。
大雷的牺牲为杰克争取了大量时间，杰克操起机甲上被大雷砍掉的大宝剑与上校开始互砍，上校的匕首被击飞，杰克飞身跃起一剑扎穿了机甲的玻璃罩，上校索性不要天窗，戴上口罩继续战斗，他冲向实验室，要对杰克本体下手，杰克飞上机甲被甩出十米开外
杰克一度精神恍惚，在两个躯体间来回切换，最后上校揪起杰克的辫子，准备一击必*。突然一只两米长的大剑一剑穿心，小丽之前被大雷压在身下挣脱时机恰到好处，如果一件不够，那么再补一件。
上校终于倒下了，杰克的阿凡达失去意识，杰克本体在实验室中醒来，小丽冲进实验室帮杰克戴上口罩，杰克从窒息中醒来，真没想到真身的初次见面竟是如此惊心动魄。
还有苏泰，他身受重伤时日不多，按照苏泰的要求，杰克送他一个痛快，杰克接过族长位置，送走大黄，纳美人占领人类基地，将大部分人类遣送地球，还有一小部分人类继续留在潘多拉
最后杰克做出一个惊人决定，让族人为自己施展移魂大法，杰克就此成为一个真正的纳美人。
第二部中，族长杰克与小丽有了好几个孩子，他们和族人们过着平静安详幸福的生活，直到天空在此降下战机战舰，杰克带领族人们奋力迎战。另一边，上校本体之前挂了，但他提前将自己的意识提取并注入阿凡达内，他的几个党羽也如法炮制，他们组成小队，准备执行刺*杰克的任务。杰克厌倦了没完没了的战斗，而且家园也在战斗中被毁，于是举家搬迁，拓展新的版图，前往其他部落所在区域，那里以海洋水世界为主，来自丛林的他们需要学习很多新的技能。但战斗不是你想逃避就能逃得掉的，敌人还是找上门来，杰克有孩子殒命，无奈之下再次开启战争模式，大举反击保卫家园和族人们......
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