上文讲到毛利氏趁大友军主力在外，背约袭击了门司城。后又击败大友军。义镇等人出家，改称大友宗麟。宗麟开始反思自己的错误，思虑再三后同吉冈宗欢商讨对策，宗欢则负责煽动尼子氏残党进攻出云，大内辉弘（义隆的表兄弟）军在大友水军的援助下在周防国登陆，同时能岛村上氏亦被大友重金收买背叛毛利，浦上氏也趁机攻打毛利在备前的领地。
元就一时大惊，一边感叹大友之谋略一边授意将军足利义辉发出停战令，向毛利派出了外交僧圣护院道增、向大友派出了久我晴道，敦促两方合谈，而之前毛利与尼子的和谈，也是以这两个人为中间人进行的。宗麟向使者献上黄金五十两，同时报怨毛利的言而无信，却被使者搪塞过去。心怀不满的宗麟于永禄六年再度攻入丰前，却在松山城打了败仗退回丰后，此后便只好坐下来继续合谈。
隆元惨遭*害
此次合谈其间，元就接班人毛利隆元暴死（赴宴遭毒*）加上石见、出云远征的持续进行使得毛利元就不得不在筑丰问题上以再让步，最后双方达成的基本协定是：毛利撤兵，在九州只保有门司城，而且不再对筑前的秋月、宗像诸家给予支援；而大友则不得向防长侵攻，同时，以宗麟之女嫁与元就之子幸鹤丸（后来的小早川秀包）来约束此次达成的协定。
从谈判的内容上看，毛利作为几次大战的胜方却有如此多的让步，而大友作为败者却没有什么实质性的损失，这样的协约颇有点不正常，而事实证明这也只是毛利迫于无奈的缓兵之举，另一方面毛利在九州保留了门司城，这正是为下一次的九州侵攻作的准备。等到他平定了山阴山阳之后，便再次毁约了。
合谈成功也使得大友宗麟能把注意力转回到伊予方面。由于大友回师北九州，土居清宗之孙清良乘机攻落了大友在伊予的据点法华津城，而后重新进入土居氏居城大森城，由此土居与西园寺的声威复振。
永禄八年（1565）六月，宗麟发动伊予侵攻，此次与一条氏组成联军攻击了伊予中部西园寺方的宇和郡。同时因为奈何不了毛利，宗麟也把矛头指向门司城合战时协助过毛利的三岛村上水军，却被村上（来岛）通康在伊予北部的松前、忽那山、三津、和气等海岸击退。次年，大友军又在三间町被土居清良击败，随后大友军又攻击了法华津城和黑濑城。同一时期，大友军也开始向北伊予的河野家进军《伊予中世年表》。然而在大友的伊予攻略尚未取得重大进展之际，永禄九年（1566）底，出云的月山富田城落城，毛利元就终于摆脱了中国最大的束缚尼子家。这一段时间，西园寺、河野、及来岛水军也一直纷纷向毛利求援，大友与毛利再次走向双雄对决。
毛利氏便用老套路发动筑前的秋月等国人领主扰乱大友的后方，迁制宗麟在伊予的攻势。永禄十年（1567）初，秋月种实带着毛利所赠的八十贯军用金和三千名援军从门司城上陆，很快得到了秋月旧臣的响应其中还有大友宗麟前度委任的重臣—高桥鉴种。关于鉴种叛乱的原因，众所纷纭，最普遍的说法是因为宗麟强夺了其兄一万田亲实的妻子，并将亲实逼*，高桥鉴种籍由对宗麟的恨意而发动了反叛。鉴种正式叛乱的时间，是当年六月，随着秋月与高桥的作乱，筑前的筑紫、宗像、原田及肥后的龙造寺也都起来与之呼应。
宗麟惊怒之下集结两万大军，由户次道雪、臼杵鉴速、吉弘鉴理、吉冈宗欢、斋藤镇实五将统领组成讨伐军攻入筑前。高桥鉴种以八千骑在岩屋城外迎战，被大友军击败而退往宝满城，随后大友的讨伐军兵分多路：臼杵鉴速部攻击岩屋城、户次道雪与吉弘鉴理包围宝满城并制压秋月，斋藤镇实一部攻击三条城的筑紫广门，而吉冈宗欢此时负责监视肥后的龙造寺。
其中臼杵鉴速军攻入岩屋城，高桥方的城将足达兵部少辅及二千城兵战死。而筑紫广门佯装败退，引诱斋藤镇实军深入，而后埋伏的铁炮队齐射，造成大友方两百多人的伤亡，筑紫广门乘胜追击，在侍岛打败大友军。大友方的问注所鉴丰、星野鉴康及筑后竹野郡代小河鉴昌当场战死，斋藤镇实一路往园部败退。
得到败报的宗麟立即要求筑后、肥后诸将对斋藤给予支援，斋藤镇实重整军队后对筑紫广门所在的三上山发动激烈攻击，承受不住猛攻的筑紫广门发出了降服请求，但被斋藤断然拒绝，但广门不甘心的再三提出降伏请求，斋藤在权衡之后最终还是接受了。
筑紫氏降伏后，斋藤镇实与筑前诸军会合，诸将商议之后，决定由斋藤镇实与吉冈宗欢以一万人继续封锁在宝满城坚持抵抗的高桥鉴种，而户次道雪、臼杵鉴速、吉弘鉴理三将则率二万余人前往讨伐秋月种实。三将在长谷山与秋月军发生激战，战中户次道雪七次挥舞大刀冲入阵中砍*敌人。最终大友军突破了秋月军，一路前进攻下了秋月方的邑城，种实退往古处山城。
道雪七次*入阵中
在此期间，秋月种实与高桥鉴种连续向毛利元就派出了求援的急使，一时间传出毛利即将来援的消息。丰筑诸国人纷纷以本领警备为借口退出了征伐军，宗麟为保万全向诸将发出了撤退的命令。收到命令的户次道雪、臼杵鉴速、吉弘鉴理分别从赤司村、八丁岛、吹上村三个方向撤退。秋月种实趁机下达了追击的命令，以一万二千兵力向户次道雪发动攻击，道雪通过远望发现秋月军大都是徒步士卒，果断以三千骑从三个方向秋月军突击，秋月军一瞬间即被打散，在骑兵的突击下崩溃。经历突如其来的冲击中十时惟忠战死，秋月种实惊慌之下立即下令退兵。
不甘心失败的秋月种实又趁夜发动了袭击，遭受突如其来的夜袭，臼杵、吉弘两军混乱撤退冲入了户次道雪军阵，因夜深户次军以为是秋月军袭来，演变成了大友军内部的自相残*，秋月军也随后*来。当时户次道雪正在吃饭，察觉到事态后大声叱责：“临死之际不把饭吃完，怎么有力气翻越死亡的山路！”说完便继续大口的吞下饭团，手下的将士也都镇定下来。随后道雪挺枪冲向秋月阵中，其余将领也纷纷带队冲入敌阵，终将秋月军击退。
此战道雪同族的五位兄弟全部战死，除此外大友方战死的还有十一位将领。而后秋月种实又在甘木高场附近袭击了向筑后撤退的大友军，大友方利光兵库助、桥本玄蕃允战死，同时战死的有四百多人，这秋月种实也真是位猛将。
由于秋月奇袭的胜利，筑前的宗像、原田等豪族又倒向了毛利。毛利元就认为秋月足以牵制大友了，因此没有派出援军。永禄十一年初，筑前立花山城城主立花鉴载在毛利的调略下也反叛大友。收到立花谋反消息的宗麟以筑后阵中的户次鉴连、臼杵鉴速、吉弘鉴理、志贺道辉四将负责立花的攻略。大友军到达立花山城下，道雪队向立花山城发起冲锋，在山坡上与立花军展开激烈的肉搏，但因地形复杂道雪无功而返。
眼见强攻不成，道雪对城内进行调略，立花家臣野田右卫门大夫引导大友军攻入城内，立花山城陷落，鉴载带十余人逃往古子城，却在松原被户次道雪追上切腹自*。秋月种实在户次道雪的进逼下向大友宗麟降伏，其协议是恢复秋月家在文种时的旧领，同时以种实之弟元种前往大友家充当人质，随后宗像、长野、千手诸家次第向宗麟降伏，此时筑前的反大友势力只剩下在宝满城笼城的高桥鉴种，不久之后，高桥鉴种也开城降伏。
筑前平定之后，为讨伐与毛利氏亲近的龙造寺隆信，大友宗麟动员了西海道七国五万大军，在筑后高良山吉见岳设置了本阵，包围了龙造寺的佐嘉城。毛利元就立即动员了山阳四国四万人登陆九州支援龙造寺氏，元就更亲自在长府布阵担任总指挥，并下令毛利家的两川向博多进军。
龙造寺隆信亲率三千骑出击，在多伏口与大友军发生激战，起初善战的龙造寺军占了上风，但后来逐渐被人数众多的大友军压倒，隆信带着必死的觉悟退回城内。然而吉弘鉴理此时在阵中突然发病，宗麟只好下令暂停佐嘉城的攻击，宗麟与龙造寺讲和，而后回师筑前。
龙造寺率军迎战大友军
此时毛利家吉川元春布阵于立花山北面的水之手，小早川隆景布阵于城南山田，穴户隆家于西面下原，福原贞俊于东面的尾崎，吉见正赖陈军原上，分别在立花山城周围布阵，山穷水尽的立花山城开城投降。
大友为夺回立花山城同毛利氏展开了多多良滨合战，双方在筑前各地的作战进入了胶着状态。此时吉冈宗欢又献策，宗麟招见了亡命大友家多年的大内辉弘，向其托付了此次的奇袭计划，同时，宗麟还给予辉弘一封由足利将军发出的关于辉弘继任大内家督的认可状。辉弘在六百名大友士兵与丰后水军若林镇兴的百艘军船护卫下从防长的吉敷郡秋穗浦登陆，随后大内遗臣纷纷加入辉弘向山口城进军的队伍，很快这支军队就达到了三千余人，并成功夺回了高岭城。
另一方面在出云，尼子氏遗子尼子胜久由山中鹿之介拥立，接受宗麟的援助后，集结了五千人向月山富田城进军。同一时期，大友水军在若林镇兴的指挥下多次袭击毛利的补给港与运输线，给毛利后的补给遭成了巨大危胁，毛利手下的著名将领市川经好就是在此期间与大友水军的一次海战中战死。
收到领内大乱的消息，毛利元就是真的无奈了上次就因为领内混乱无奈撤军，这次又来一回。下令吉川元春与小早川隆景撤退，在一个雨雪交加的夜晚，毛利阵营内故意将灯火点得通明，以使大友方认为营内一直有人，然而这个计谋却被大友义镇识破，下令大友军追击毛利军，毛利军在名岛滨到小仓津之间十余里的路上留下了三千四百九十一具尸体，大友终于一雪前耻给了毛利家一次痛击。
因毛利军撤退而完全丧失斗志的高桥鉴种开城投降，而后被宗麟没收领地，移往丰前小仓，领受企救一郡。至此大友与毛利的雌雄对决以宗麟的胜利告终。随着北九州完全平定，宗麟构筑了大友家最大的版图，领有丰前、丰后、筑前、筑后、肥前、肥后及伊予半国，迎来了最鼎盛的时代。
然而物极必反，就在宗麟将大友氏推向顶峰之时，他接下里的几项错误举措使大友陷入动荡与灭亡的边缘。
大友军击败毛利氏制霸北九州
