尼摩船长在自己生命即将结束的时候才主动现身，邀请大家到鹦鹉螺号。最后还指出火山即将爆发，提醒众人抓紧造船。
实际上，尼摩船长一直在暗中帮助这群逃难者。
1.氢气球迫降荒岛时，工程师史密斯与他的爱犬落到海里，是尼摩船长救了他们。
2.托普与儒艮在水中搏斗不敌，船长救了它。
3.新船造成后试航，众人在海岸上发现一只搁浅的箱子，里面装着他们急需的各种物资。其中有本《圣经》，插书签的一页里有一句话：“凡企求的，就得着；寻找的，就寻见。”
4.乘风破浪号船完工，试航时发现一只瓶子，里面有一份文件，显示遇难者的方位。潘克洛夫、赫伯特、史佩莱三人驾船前往，发现已经失去理智、退化成野蛮人的艾尔通。
5.归程中遇到风暴而迷航，船长在岛上点火指明方向。
6.与海盗作战的危急时刻，船长发射鱼雷击沉了海盗船。
7.用电击枪帮他们*死了残存的海盗。
8.赫伯特感染疟疾生命垂危，船长给了特效药奎宁。
尼摩船长在神秘岛第一次出场是故事主人公们乘汽球遇难，救了其中一名工程师史密斯，最后一次则是告诉工程师岛上布局，并给予六人最后的帮助。
