当你入坑保卫萝卜2的时候，第一个模式就是主线模式。在主线模式里，每一关怪物会有血量，萝卜都会有10条命，只需要种足够的炮塔，挡住怪物，保护好萝卜就可以过关。刚开始你只能使用阿波，初始角色，没有技能。到时候还可以解锁阿秋（隔一段时间可以把接近阿秋的怪物冻结8秒）；阿呆（生命从10点变成12点）；阿达（可以释放火焰，穿透式攻击）。
当然，主线的挑战就是额外任务，部分关卡限制了你某个炮塔的建造数量。就比如第15关，只允许你种2个魔法球；不仅如此，还有一些限制了清理道具的时间；让你用某个炮塔消灭几个怪等等。部分关卡额外任务有冲突，因此可能你为了去完成这个额外任务要打两次，甚至三次。
