阿拉斯加影子摩西岛。在这个美国军事基地上，军方正在对一些形式秘密武器进行系列测试，然而却被一群恐怖分子所劫持。讽刺的是，这次的劫持行动又是由 FoxHound反叛者Liquid Snake所领导。这次的秘密武器演习中有大量的政府高层参观，另外还有一些公司的高级主管在场，现在他们都成了恐怖分子的人质。这群恐怖分子的要求就是：24小时之内得到已故BIG BOSS的遗体，否则就将对美国某个城市发射核弹。面对这种紧急情况Fox Hound指挥官Roy Campbell只有再次招出消失十年的传奇战士Solid Snake，这次的任务除了摧毁恐怖分子核武器外，还得营救众多的人质。
