孙悟空第二次离开是在三打白骨精的时候，因为唐僧他们不知道白骨精是妖精，还以为是人，以为孙悟空故意打死人，妖性难驯，冥顽不灵，所以唐僧赶人，孙悟空失望离开。
经过是白骨精先后变成女儿、母亲、父亲来欺骗唐僧，被孙悟空识破，前两次白骨精化风逃走，最后一次被悟空定住元神打死。
结果是白骨精被孙悟空打死。
孙悟空有三次离开取经队伍，第一次是悟空打死六贼，唐僧认为悟空没有慈悲为怀的心，悟空赌气而走，第二次是三打白骨精，可是唐僧是非不分，误以为悟空两伤三命，把悟空赶走了，悟空走后，唐僧误入波月洞，黑狐精告诉唐僧白骨精的真相，使得唐僧后悔不已。
