《千本樱》的剧情是一个关于明治维新时期的故事，讲述的是当时日本正面临着巨大的困境，世界即将毁灭，而千本樱这个传说中的神秘物品可能是拯救世界的唯一希望。
在这个时代，军国主义思想盛行，人们渴望和平，反对战争。初音等人扮演的是宣传打击军国主义、支持正义的反战战争思想的人，他们希望唤醒人们心中的和平意识，共同抵制战争。
在这个故事中，一个博士发明了一种机器，可以与千本樱结合，让樱花树重新盛开。然而，这个博士的心脏病发作，他找来了一个符合要求的人，这个人是博士的妻子小春。小春被博士的思想所感动，决定牺牲自己让千本樱重新盛开。
在盛开的樱花树下，博士发表了反战宣言，吸引了大量人群前来聆听。此时，军队的将军却因博士的反战思想而抓捕了他。博士被抓后，小春悲伤不已，她祈求樱花树将博士从黑暗中拯救出来。最终，樱花树的灵力拯救了博士，他重获自由。
在故事的结尾，大正99年，一个观光团来到千本樱前游览，导游讲解着千本樱的历史和传说。而初音等人则成为了永远守护樱花树的守护者，保护着这个世界。
《千本樱》的剧情讲述了明治维新时期打击军国主义，支持正义的反战战争的故事。在这个故事中，初音未来等人在曲中扮演的是宣传打击军国主义，支持正义的反战战争思想的人。歌曲歌颂了人们渴望和平，反对战争的心情，但是他们支持正义的战争。同时，由于当时战争带来的黑暗已经是民不聊生，双方国家人民困苦连连，这一点在歌词中也有表达。
另外，《千本樱》还讲述了一个博士为了拯救世界，使用机器与樱树合为一体，以人类为祭品，让千本樱重新盛开，拯救世界的故事。在这个故事中，博士的心中存有对世界和人类的深情，而当他愿意牺牲自己的妻子来拯救世界时，他的形象也变得更加高大。
