在生态修复系统中，由于循环和再生的需要，各种修复植物与微生物种群之间、各种修复植物与动物种群之间、各种修复植物之间、各种微生物之间和生物与处理系 统环境之间相互作用，和谐共存，修复植物给根系微生物提供生态位和适宜的营养条件，促进一些具有降解功能微生物的生长和繁殖，促使污染物中植物不能直接利用的那部分污染物转化或降解为植物可利用的成分，反过来又促进植物的生长和发育。
大自然的修复机制 可以描述成在没有人力干预的情况下，通过自然界的动态平衡和动植物以及微生物等共同作用，是遭到毁坏的一个区域的自然面貌得到恢复。这里需要指出的是通过人工繁育等措施来增加、保留物种都不能算作自然修复。 举例说明，在一个区域内，食草动物因为食肉动物的减少而出现数量大幅上升。以至于引起草类植物被过度啃食。因此引起的食物短缺而造成食草动物的种群质量下降。（营养不良、躲避天敌能力下降）而食肉动物则更容易捕捉到猎物，事物的丰富将促进繁育数量和质量增加。食肉动物增加，抑制了食草动物的继续扩张，并淘汰掉那些老弱病残的动物，间接优化了食草动物的种群结构。 至于微生物参与的过程可以理解为通过微生物的活动使得自然界中产生的废物。（动植物尸体等）重新分解回归土壤，编程营养物质。（热带雨林中这点很重要） 目前提倡的和谐自然与和谐社会就是针对人类活动方式要尽可能少的给本来已经很脆弱的地球环境造成更加严重的损害。使得自然界自我修复作用不能够完全恢复。 1.尽量减少资源浪费。节约用水用电，间接减少对自然界的损害。 2.合理开发大自然。
