火影忍者中出现过四次大规模的忍者战争，每一次都涉及到五大国，每一次都有影级忍者的牺牲，同时也涌现出了许多新生代的强大忍者。第三次忍者大战是五大国之间的一场混战。在这场战争中，涌现出了四代火影、波风水门、四代雷影艾等强大的忍者。此外，宇智波斑开始布局他的“月之眼计划”，除了砂隐村，四个忍村之间都发生了混战。
首先是云隐和岩隐之间的战争。在这场战争中，艾和奇拉比开始声名远扬，战胜了许多岩隐忍者。为了掩护同伴撤退，三代雷影以一己之力对抗万名岩隐上忍，大战三天三夜后力竭身亡。在云隐村和木叶村的战争中，艾和奇拉比联手对抗波风水门，但被水门占据上风，最终战斗结束。
在岩隐村和木叶村的战争中，波风水门带领的小队被围攻。在战斗中，卡卡西的左眼被毁，宇智波带土被倒塌的石块砸中，临死前将自己的写轮眼移植给了卡卡西。最终，水门带领卡卡西摧毁了神无毗桥，结束了这场战斗。
在神无毗桥之战后不久，宇智波斑特意挑了波风水门，在执行其他任务时，操控雾隐暗部忍者抓走琳，将尾兽三尾矶抚封印在野原琳的体内，并在琳的心脏处布下符咒使其无法伤害自己。
随后，雾隐暗部忍者在斑的操控下，将琳与卡卡西赶往木叶村，目的是让琳释放尾兽破坏木叶。为了保护木叶不受破坏，琳选择了牺牲，带土开始黑化，执行宇智波斑的“月之眼计划”。
在第三次忍者大战中，还有一场重要的战斗，是雾隐村与木叶村的战争中，木叶村的凯三人被雾隐村的忍刀七人众包围。关键时刻，迈特戴赶到，开启了八门遁甲之阵迎战七人众。动画中，这场战役中七人众重伤三人，战死四人。第三次忍者大战是木叶村实力最虚弱的时候，此时唯一拿得出手的忍者只有波风水门、宇智波止水和迈特戴三人。为了结束战争，木叶村做出了让步，与岩隐村签订了和约：猿飞日斩引咎辞职，四代火影波风水门登场。
