为了争夺巨兽之王的宝座，双方展开了一场激烈的决斗。他们没有浪费时间进行试探性攻击，而是直接展开肉搏战，使得战场中央的人们四处逃窜。为了尽快解决对手，哥斯拉从尾部汇聚能量，放出了最强的原子吐息。然而，基多拉不仅侧身躲过了攻击，还反口释放出三道雷电，将哥斯拉击倒在了巨大的冰坑中。
此时，接应众人的战机及时赶到，向基多拉发射了导弹。虽然哥斯拉爬了起来，但基多拉却胆怯地飞走了，让哥斯拉无法飞行，只能仰天长啸。然而，基多拉是被人故意放出来的。几天前，在云南帝王组织站点内，艾玛发明了一种声波装置奥卡，它可以模拟巨兽的声波，以达到镇定和控制对方的作用。摩斯拉是第一个试验对象，效果出奇地好。原本暴躁的起床气被瞬间安抚。但还没等大家高兴三秒，一群恐怖分子突然冲进基地，不仅带走了奥卡和艾玛母女，还将基地内的其他成员全部*害。
接着，他们又以最快的速度突袭了南级站点。看到被冰封的零号巨兽基多拉，恐怖分子开始放置炸弹破冰，同时让艾玛启动奥卡匹配声波，感知到危险的哥斯拉立即动身前往。而芹泽博士带领的帝王组织紧随其后，只可惜他们还是来晚了一步。虽然突击队遭到了对方的埋伏，但很快就控制了整个局势，马克也见到了被绑架的妻女。
眼看女儿就要走到自己身边，结果又被艾玛叫了回去。同时，艾玛迅速捡起了地上的控制器，亲自按下了引爆开关。等到所有恐怖分子逃上飞机后，艾玛不顾女儿的劝说，立即启动奥卡唤醒了基多拉。为了目睹零号巨兽的风采，帝王组织的成员赶紧跑下飞机，但看完之后，他们想跑却已经来不及了。
沉睡了不知多少年的基多拉，开始在南极站点大肆破坏，跑得慢的人不是被砸死就是被踩死，最后更是放出大招摧毁了大片地区。
眼看马克乘坐的飞机即将遇险，麦迪一把抢过母亲手里的奥卡，快速更改频率将基多拉引走。当艾玛看到对方再次蓄力攻击时，果断抢过奥卡并及时关闭。就在这时，冰面下方出现了亮光，哥斯拉终究还是赶了过来。两个超级巨兽的首次碰撞即将展开。
然而，当帝王组织的成员返回基地时，艾玛主动发来通迅视频，声称自己并没有被绑架。她的所作所为，是为了地球的生态得以重建，修复人类对地球造成的创伤。她愿意牺牲生命，即使需要牺牲很多人。然而，众人都知道她在自欺欺人，只是想拉更多的人陪葬，因为怪兽之乱让她失去了亲人。就连麦迪听完之后都反对母亲的做法，但艾玛还是一意孤行地放出了拉顿。
首先受到冲击的是未撤离的平民百姓，巨兽所过之处尽数化成废墟，即使帝王组织派出空军也无法阻止，有的飞行员甚至直接变成了口粮。更糟糕的是基多拉正带着风暴赶来，眼看所有的空中力量损失殆尽，马克突发奇想让基地全速冲向风暴，把两只巨兽引到一起干架。就在拉顿要抓住他们的瞬间，突然急速收爪往后撤退，可惜还是被基多拉抓个正着。
然而战斗并没有持续多久，拉顿就被一记电磁炮轰入水中，虽然基地摆脱了巨兽的夹击，但很快就吸引了基多拉的注意。就在它三个头冲过来的瞬间，哥斯拉突然从水中冲出，一口就将它拖进了大海，很显然这里才是哥斯拉的主场，轻轻松松咬掉基多拉的一只脑袋，估计不出十分钟就能将其*死。
可惜将军这个猪队友发射了一枚导弹，本想着一举将三只巨兽消灭，结果基多拉趁机飞出了海面，哥斯拉被炸的心跳越来越弱。更让大家没想到的是，基多拉很快长出新的脑袋，并以王者之姿唤醒了其他巨兽。世界各地立马遭到不同程度的破坏，人类再次陷入被怪物支配的恐惧。
艾玛终于意识到事态已无法控制，麦迪更加觉得母亲就是个恶魔，为了自己的一己私欲，竟然拉了无数人的性命给儿子陪葬。她趁着恐怖份子不注意，偷偷拿走奥卡离开了密秘基地，准备前往市中心的体育场，然后开启奥卡将所有巨兽吸引过来，可是哥斯拉已经不知所踪。人类该如何战胜这么多巨兽？就在这时天空突然光芒万丈，紧接着怪兽女皇魔斯拉在空中显现，它不断的拍打着翅膀对着海面呼喊，试图叫醒被人类重伤的哥斯拉。
正当人们欣赏女皇的舞姿时，哥斯拉的生命波动终于在仪器上显示，只是它看起来非常的虚弱，这时马克想到可以投放核弹给其冲能，或许还能让它有一战之力。于是一群人乘核潜艇来到海底，可惜还没走多远就遇到旋涡发生碰撞，等再次启动才发现这里有一座地下宫殿，记录的全是远古时期哥斯拉的事迹。
而受伤的哥斯拉就在宫殿正中央，由于撞击导致核弹无法发射，从外部放置又不能正常引爆，人工手动开启更是有去无回，一群人再次陷入绝望的境地。这时芹泽博士毅然决然的站了出来。他亲自带着核弹来到宫殿，穿过长长的帝王阶梯，终于到达了哥斯拉的身边。设定好核弹的计时器，依依不舍的摸着受伤的王者。
紧接着海面升起巨大的旋涡，哥斯拉再次满血复活王者归来。它近距离看了一眼渺小的人类，之后立即转身冲向了战场。
随着麦迪将奥卡接上广播，所有的巨兽都暂时停止了攻击，全部朝着体育场聚拢而来。当艾玛得知女儿的所作所为，决定与恐怖组织决裂，她不能失去第二个孩子。然而，麦迪的情况却不容乐观。基多拉已经发现了源头，并开始大肆破坏。麦迪抱着奥卡逃到外面，但很快就被基多拉锁定。她果断将奥卡扔了出去，让这个不该被制造的东西彻底毁灭。眼看麦迪即将被死亡雷爆击中，一道粗壮的原子吐息突然将其击退，哥斯拉闪亮登场。人类战机也随之赶来，最终之战随之展开。这是它们第三次王者之战。
哥斯拉体内的能量即将爆炸，基地派马克带着小队去体育场找女儿。哥斯拉一记原子吐息命中了基多拉。女皇也从天空辅助攻击，将基多拉打倒在地。魔斯拉想再补一刀，却被拉顿牵制。
知道自己打不过哥斯拉的基多拉，突然咬住了旁边的高压线。随着电流被吸收，基多拉开启了大招闪电风暴，空中的战机被摧毁。哥斯拉被震退，身受重伤，女皇也被拉顿压制。
拉顿兴奋地左右乱啄，却被女皇的尾针刺穿了胸膛。最终，两只巨兽都受了重伤，无法再战。
艾玛最终在废墟中找到了女儿，她成功修复了奥卡，吸引了基多拉的注意力。哥斯拉终于得到了喘息的机会。
基多拉被声波吸引，艾玛用奥卡引诱基多拉，最终被炸出了车外。
哥斯拉紧紧咬住基多拉的龙头，将其化为灰烬，再次捍卫了巨兽王者的地位。
四面八方的巨兽都向哥斯拉低头臣服。
