在火影的世界观中，有的设定是一开始就存在，也有的是剧情发展超乎作者意料，后加进去纠正走向的设定。其中有的合情合理，甚至说可以堪称整部动漫中的点睛之笔，比如忍术需要结印的设定，比如查克拉有属性上的克制，这些都是火影忍者比较吸引人的地方。然而有的设定却那么不近人情，甚至可以说在情节设定上有些漏洞的地方，对于广大火影们来说，无法接受。
作为四代火影的儿子，鸣人的童年过得是如此贫穷。确实水门与玖辛奈封印九尾的场面很感人，令人印象深刻，但是之后鸣人的处境也未免太过异于常人了吧。鸣人一直受到村内人的排挤，为了吸引村里人的注意一直捣蛋却使人们变本加厉，试问这种环境下成长的忍者能够成为木叶村的英雄才怪呢。按照三代火影的说法为了保护鸣人的安全才隐瞒他是四代儿子的身份，然而九尾身份不比四代儿子的身份危险得多吗？
可以说琳的领盒饭是整个火影的开端，一个性格原本比鸣人还乐观，还积极的乐天派，见到她的逝去虽说黑化的情有可原，但把这件事情的原因归于卡卡西和四代火影。按照忍者世界的规则而言，这就显得不符情理，从第一次忍界大战到第四次忍界大战，这期间逝去的人数都数不过来，然而黑化之后的宇智波带土，连波风水门和漩涡玖辛奈都不放过，难道这些情感对于他来说不重要吗？
黑绝的设定显得是如此的突兀和不合理。整部动漫铺垫了这么久，宇智波斑作为大反派，一手布下了忍界的整个局面，而且还真如他所预料的那样进行下去，其中智慧自然不言而喻。然而就是如此的成功的幕后黑手，为什么不怀疑下黑绝的存在呢？按照宇智波斑的说法是由自己的意志创造出来的产物，可是黑绝也不和自己心连心啊，不试一下就这样平淡地接受了。
秽土转生的设定是不是有点太无敌了，不需要施术者多么大量的查克拉，就能够收获一堆强者，而且还无限复活，外加无限查克拉。在之前的设定里，一个人的查克拉用完了会预示着逝去，因为查克拉是人的身体能量，但是用得差不多了自己可以恢复上来。然后出现大筒木辉夜姬的设定，原来查克拉总量是有上限的，那根本不用这么麻烦布下这么多计划，直接吸取秽土转生人的查克拉不就好了。
宁次的逝去是十分让人惋惜的，谁能想到当年作为十二小强中数一数二的天才人物，会落得如此结局。第四次忍界大战中，鸣人受到带土的攻击。雏田用白眼看穿了攻击，过来保护鸣人，而宁次又上前保护住了雏田，于是防御一绝的宁次，就这样被十尾的普通攻击给击倒，如此神乎其神的领盒饭，真是十分少见，更重要的是，宁次的逝去并没有对剧情有多大的推动作用。
有些设定的出现并没有太多必要，对于剧情没有补充，反而因为设定太过着急，有许多无法自圆其说的漏洞，不过显然这些漏洞已经无法被填补，成为了组成漫画剧情的一步伐，不管是否无法接受，它都已经完结了。
