本文章内容以新世纪福音战士TV版、旧剧场版（EOE）死与新生 AIR 真心为你三部内容为准，新世纪福音战士漫画内容做辅助。
有人说碇源堂是EVA里最大的阴谋家，也有人说碇源堂是EVA里最可恨的人，还有人说碇源堂隐藏极深的目的是想“成神”！
上面所有的形容和分析萬重都同意，拨开层层迷雾，碇源堂所做一切最终目的则是：
复活碇唯他与SEELE 斗智斗勇，利用赤木博士母女，玩弄两位女性的情感和肉体，将自己亲生儿子当筹码，他运筹帷幄机关算尽所有努力加起来只因为他对碇唯爱得太深，不好意思，并不是萬重要给碇源堂洗地，没啥可洗白的，他就是EVA里最阴险最糟糕的那一个，所以他在旧剧场版（EOE）中被初号机一口咬成两半，以最惨的死谢最深之罪！
让时光之轮倒转，我们来看一看碇源堂的故事。
当爱人碇唯在初号机的试验中消失之后，碇源堂的世界破灭了，碇唯是他快乐活着的唯一原因。
漫画中，还叫作六分仪源堂的男人遇到碇唯，便把她当作唯一的救赎。
他痛苦万分时突然诞生了一个可怕且极为大胆的想法：
按照SEELE手中《死海古卷》寓言，第二次冲击之后亚当的使徒一定会出现，使徒会引发第三次冲击，将源自莉莉丝的第十八使徒也就是全部人类彻底消灭干净，而后创造出属于亚当之源的新生命。但《死海古卷》中也另外寓言，如果人类能够阻止使徒，自己引发第三次冲击将人类自我毁灭，在毁灭的同时开启人类补全，便能诞生属于人类的新生命，这个新生命能够创造生命也能复活亡者，是人类的·神。
碇源堂的剧本是在开启人类补全的时候手握关键补全条件，让自己成为升华之新生命，也就是自己成神，最后复活碇唯。
成神是手段，复活碇唯是目的
为了达到这一目的他要做很多，而且每个步骤都不能出错，最大的敌人和阻碍是使徒，然后还要极为小心地骗过SEELE拿到补全的钥匙，要做到这些简直难过登天！
他找到了碇唯的老师冬月，一番密谈之后冬月居然同意了，成为碇源堂最坚定的支持者和最忠诚的战友，而且碇源堂和冬月的剧本（计划）主要由冬月老师提出制定。他们要牢牢把握关键四步。（冬月耕造参与其中又有何目的呢？后续文章将会解开这个谜题。）
上图：EVA中的最佳组合并不是在“62秒战斗”同节奏合击中的碇真嗣与明日香，而是图中两个真爷们：碇源堂与冬月耕造，他们俩亲密无间的合作，以几乎零失误带领NERV一个个地打败使徒再骗过SEELE，迎来最终的人类补完。
使徒
按照半官方的《The Red Cross Book》中定义
某些自所谓的「莉莉丝」生命之源所产出的生命形式。可以是任何形状或大小：或如巨大的八面体状，或如细菌般大小，甚至如影子般没有实体存在的形式。 借剧场版第26话冬月的话来形容：似乎使徒拥有生命的果实，而人类拥有智慧的果实。也可以说，使徒只是另一种形式的人类，并且具有与人类同样外表的可能性。因此，人类乃是第十八使徒。
上面的定义是针对看过《新世纪福音战士》TV版和旧剧场版（EOE）的粉丝的，若是对剧情了解不够深或者研究得不足则不易理解，萬重用尽量简单的语言描绘一下：
使徒带着天生的使命而来，使徒的英文是：Angel，没错，就是英文的天使 。
南极那场巨大爆炸（第二次冲击）是因为人类在南极地下发现了被称为第一使徒的亚当，亚当具有创造生命的神力和源源不绝的能量。人类捡到了能创造生命的神兴奋不已，兴奋到难以抑制地研究亚当造成第二次冲击大爆炸，亚当是地球上的一种生命之源他并未就此毁灭，爆炸释放出来的能量使亚当以前创造出的各种生命（使徒）逐渐苏醒，当这些不同形态拥有强大力量的生命（使徒）苏醒后便寻找源头亚当，与之融合创造新生命。
爆炸冲击可以将原有生物毁灭，使徒与亚当融合的新生命便重新占据地球。
使徒天生带有毁灭人类的使命，所以人类必须打败（干掉）使徒
TV版第一集中来袭击的第三使徒
SEELE组织将整个人类社会的力量集中起来，在位于日本箱根地区打造出一座要塞城市：第三新东京市
碇源堂和冬月耕造按照《死海古卷》中的寓言，将在这里迎战从第三到第十七使徒，如果足够幸运，人类就能在大战中存活下来。从2000年南极爆发第二次冲击开始倒计时，十五年后将有使徒出现，战斗即将开始。
为了打败使徒，为了将关键战力掌握在碇源堂自己手中，他赌上一切：
把初号机当王牌
第十三话
当人类在南极发现亚当和朗基努斯枪时，那个神秘的SEELE就立刻参与进来掌握主动，因为他们在这一刻更加笃定，那份神秘的《死海古卷》破译出来的寓言都已一一应验。亚当是能创造生命的神，只要掌握亚当的力量，人类就能打败一切敌人，创造难以想象的生命奇迹。
发现第一使徒亚当，亚当背后还插着朗基努斯长枪。
第二次冲击发生后，SEELE在日本箱根创办人工进化研究所（GEHIRN），碇源堂任所长。他们在这里秘密进行“亚当再生计划”，亚当根本没死当然也不用再生，他们在箱根地下发现了秘密的的巨大空洞空间，在这里复制亚当制造EVA战士，SEELE要用EVA战士打倒即将到来的使徒，EVA试验机型叫做零号机。
经历过数不清的试验失败，人们逐渐掌握更多EVA战士的技术和秘密，在零号机的经验基础上开启研发测试机型：初号机 。
意外发生，碇唯在一次初号机的试验中消失了，时值童年的碇真嗣也在现场，从这场惨剧中得到一项重要经验结果：EVA战士需要灵魂，而从莉莉丝 身体分离建造的初号机是没有灵魂的，于是初号机夺走了碇唯的灵魂。同步超过400%之后人类的肉体和灵魂都融入初号机之内，但碇唯并没有死，她以一种不可思议的状态在初号机内存活着。
有了这项重要经验，零号机和实战机型二号机终得顺利完成，但零号机一直无法正常启动，第一适格者绫波丽是一个克隆体，她的灵魂是莉莉丝的灵魂碎片，不完整的灵魂让绫波丽一直无法与零号机同步，零号机不停拒绝和暴走，直到第五使徒来袭时才同步成功，零号机终于启动。
距离使徒到来的时间越来越少，可碇源堂却丝毫不着急，他知道自己的儿子碇真嗣是另一个适格者，初号机里有碇唯的灵魂，碇唯想要让儿子来驾驶初号机，母子同心，碇真嗣的同步率一定会合格。于是他召来寄养在外14岁的儿子，碇真嗣刚抵达第三新东京市，第三使徒就来了（使徒全系列可以见另一篇文章）。
就在前几天的零号机启动试验中第一适格者绫波丽受重伤，根本无法驾驶初号机，于是碇真嗣被父亲威逼利诱和在对绫波丽怜悯的复杂心态下，坐上了初号机。
毫无悬念，碇真嗣第一次坐上初号机就迎敌使徒，当然被暴打。
在被干掉的前一秒，初号机突然暴走击败第三使徒，第三使徒眼看获胜无望抱住初号机自爆。
初次驾驶Eva 居然毫发无伤返回，获胜后碇源堂露出神秘的笑容，原来所有的冒险都是险中求胜，他打定了碇唯的灵魂一定可以帮助碇真嗣干掉使徒，儿子碇真嗣是驱动初号机内碇唯灵魂的诱饵罢了。
对待自己亲生儿子碇真嗣他冷酷无情，甚至
利用亲生儿子遗传自己孤僻个性的缺点，把碇真嗣一步步逼到崩溃
很多人认为碇真嗣胆小懦弱又卑鄙的性格是他自己的原因，当然是，也不完全是。有充分理由认为孤僻的性格遗传自碇源堂，遇见碇唯之前的六分仪源堂曾是一个喝酒打架“令人厌恶”的人。
遇到碇唯有了爱的滋润，六分仪源堂才脱胎换骨似的变了一个人，
可怜的碇真嗣小小年纪失去母亲，父亲把他扔在远方干大事业去了，感受不到爱，没有朋友，没有爱的滋润造成碇真嗣胆小懦弱，遇事就逃避的性格。
无爱、冷言冷语、不断被打击，在这样冷血的父亲面前，任何孩子都会逃走的吧！（萬重真想说一句，摊上这样的爹，可是真倒霉。。。。）
更大的危机出现在第十六话，第十二使徒展开狄拉克之海的虚数空间把初号机吞噬，第十二使徒的攻击很奇特，它不击败敌人，而是把敌人困死在自己制造出来的小宇宙中。
碇真嗣的生命维持能源耗尽，最终依靠碇唯灵魂操纵初号机使出暴走的力量从使徒体内暴血而出。
换做零号机或二号机，都不可能生还，如果没有碇唯灵魂操控初号机，第十二使徒就成功毁灭人类了。
初号机是碇源堂手里唯一且真正的王牌。
第八话明日香闪亮登场，她和大家都认为此行目的是将二号机送到NERV总部。
海风吹拂明日香的头发，也吹动了她的裙子。
使徒突然出现袭击舰队
使徒并不是为二号机而来，它的目标是加持良治秘密携带的“亚当”。如果在海上让使徒与亚当融合，人类不就玩完了么。明日香立刻启动二号机与之对敌，加持当机立断叫上一架飞机押送亚当离开战场，他跑了。
然后碇源堂将亚当吞噬与自己右手融合。
等待击败所有使徒之后，用右手的亚当与莉莉丝禁忌融合，操控人类补完。（TV和旧剧场版EOE中亚当融合都是右手，而漫画是左手）
吞噬亚当之后，碇源堂已经掌握了人类补完计划中的“关键钥匙”。
色诱控制赤木博士母女
为了笼络人心，瞒住SEELE暗中把关键好牌抓到自己手里，碇源堂可是费劲了心机，母女通吃，灵与肉都奉献出来了。
TV版并没表现，但漫画里画得很直白，非常给碇司令的阴险加分呐！
发现自己是被骗得最深的那一个时，赤木律子痛苦万分，她对“情人”碇司令再也爱不起来了。
用碇唯的DNA克隆出绫波丽，将三个“绫波丽”容器变为自己随意控制的人偶
第二个凌波丽克隆体完全被碇源堂控制着，她一度以为世界上最亲的人就是碇司令。
可是与碇真嗣接触之后她自我发现，她的情感发育过于低级，还没搞明白喜欢与爱，亲情与爱情都是什么就与第十六使徒战斗为保护碇真嗣自爆死亡。
第三个绫波丽克隆体保持了第二绫波丽的大部分记忆，与渚薰对话之后体内莉莉丝灵魂觉醒。
第三步，使用朗基努斯长枪击败使徒让长枪漂浮在太空无法回收。朗基努斯长枪是可以封闭制衡亚当和莉莉丝力量的唯一武器，只要让朗基努斯长枪消失，SEELE的剧本即宣告失败，只能按照碇源堂和冬月耕造的剧本前进了。
消灭所有来袭击的使徒之后，利用SEELE发动第三次冲击的机会碇源堂吞噬亚当，用自己右手的亚当与作为莉莉丝灵魂容器第三绫波丽“禁忌融合”，便可窃取人类补完最后的关键决定权，自己成神。
可是被圈养的“人偶”第三绫波丽在量产机献祭初号机引发第三次冲击时临阵倒戈，拒绝与碇源堂禁忌融合，而且夺走了亚当让碇源堂所有努力化为乌有，人类补完最后决定权被碇唯和绫波丽合力交给碇真嗣。
碇源堂在最后关头，完败！碇源堂的结局是死亡还是和人类在补完计划中融为一体成为新生命呢？
他选择了永恒的寂静：死亡
生命的最后一刻，碇源堂终于再见碇唯
他的孤僻和逃避让自己与整个世界为敌，受到伤害之前先拒绝的个性直接遗传给儿子真嗣。细想下来他其实很害怕真嗣，怕自己的感情倾注在真嗣身上之后就不能再狠下心继续计划，他只在面对碇唯的克隆体绫波丽时有感情流露，把克隆体当成唯的替身，在恍惚和扭曲中找到那么一丝丝心里安慰，这又是另一种逃避了。
他最后去的世界里没有碇唯，碇唯最后的归宿是什么？她是怎样一个人？
欢迎关注
和新世纪福音战士(EVA）深度解析和全揭秘系列文章，萬重将逐个分析解开新世纪福音战士这部佳作的众多谜团。
