黑暗路西法毁灭多个宇宙，多元宇宙因此产生巨大异变。
光之国内，奥父命赛罗前往别的宇宙调查源由。赛罗回到麦迪基地和镜子骑士等人商量此事。
TPC 迪迦和戴拿所在的世界
冥王星基地内，TPC的新领域计划正在进行中，这天是飞鸟信的纪念日。此时，距离飞鸟打败索菲亚已经过了15年。新队员翔被选为为等离子百式战机的驾驶员（详见戴拿TV版第29集）对翔而言，飞鸟信是他的偶像。他一直期待能见到飞鸟。
实验正在进行中。这时，原本被击败的索菲亚再度出现
那是！索菲亚
战斗中，翔被天空中突然出现的漩涡吸走，连人带机不知所踪。大古之女真角光通过遗传自大古的超能力感应出翔的所在（去了另一个宇宙）并带着超级胜利队员开启新宇宙征程。
行星朱兰 高斯所在的世界
在这里，怪兽与人和平相处。突然，卡欧斯头部魔化暴走，春野武藏见状立刻成高斯阻止其继续暴走。
战斗中，高斯和卡欧斯头部一同被再次出现的莫名漩涡吸走，不知所踪。就在众人惊讶之际，藤原树理（杰斯提斯人间体）
出现告诉众人高斯的所在，并带着EYES队员开启新宇宙征程。（朱兰行星边上有时空之门）
麦迪基地附近
正在商讨中的赛罗等人意外发现重伤濒死的奥王
那是！奥特之王
究竟怎么回事？竟然有人能打败奥王！
因为奥王的死，多元宇宙就此失去平衡。在赛罗等人震惊之际，时空裂缝突现。赛罗感应到其中有巨大的黑暗能量并确信那打败奥王的敌人就在时空裂缝彼端。突然，贝利亚残党雷吉纳德军团自时空裂缝中袭来。
为一探究竟，赛罗径直冲入时空裂缝，向未知的宇宙进发。
时空裂缝内，赛罗遇到了被吸入此处的翔，在击*了斯菲亚合成兽——奈奥达兰比尔后与翔合体
奥特曼传奇的世界（以下简称主战场）
主战场上，各路人马先后出现，与这个世界仅存的人类（奥特曼传奇里的U小队）会合。
翔和春野武藏等人在和安娜的交流中得知这是另一个平行宇宙。这个地球被突然出现的百特星人当成实验场地，现在的地球上只有她们和一群小孩子，其余的人类都被抓走成了实验品。安娜告诉众人：戴拿奥特曼曾在这个地球上出现过，然而他为保护人类而牺牲了
怪兽出现，春野武藏变成高斯迎战，就在高斯净化怪兽之际，数团火球飞来将怪兽全部击*。幕后黑手正是百特星人制造的生物兵器－海帕杰顿。
百特星人扬言要毁灭地球统治宇宙。
安娜等人决定攻入百特星人的基地内救出飞鸟信。然而基地内有个被百特星人改装过的能散发负能量的精神控制仪很是棘手，因为这装置的开发者正是安娜和里沙的父亲。在翔等人的鼓励下，安娜选择相信希望。
翔等人潜入基地，在门口遭遇魔化卡欧斯，武藏变身高斯迎战。潜入基地内部的里沙等人发现大量关押人类的胶囊，这些人全都死了。其中最大的胶囊内关着的正是己经阵亡的戴拿奥特曼。
百特星人出现，翔变成赛罗与之交战
这时，海帕杰顿诞生迎战赛罗，赛罗陷入苦战。与此同时，门口正在战斗的高斯寡不敌众，同样陷入苦战
危机时刻，杰斯提斯带着EYES队员穿越时空而来加入战斗。一番交战过后，卡欧斯和所有怪兽都被净化。
基地内，听到飞鸟信名言的赛罗再度站了起来。百特星人以里沙为人质来威胁赛罗，却被攻入此地的U小队击败。
赛罗火力全开将海帕杰顿击败。
打了小的来大的，本作最终BOSS黑暗路西法出现
赛罗、戴拿、高斯、杰斯提斯与穿越时空而来的超级胜利队和EYES队员联手迎战黑暗路西法。
赛罗等人被黑暗路西法按在地上摩擦
危机时刻，奥特兄弟穿越时空赶来相助。奥特六兄弟与梦比优斯合体化为梦比优斯无限形态，
赛罗戴拿合体变成赛迦
高斯杰斯提斯合体召唤来雷杰多（详见高斯VS杰斯提斯剧场版）
一顿操作猛如虎，众奥合力打败黑暗路西法。
结尾：赛罗与翔分离返回赛罗警备队，飞鸟和翔返回超级胜利队，奥王的微笑出现
