13号台风在伊豆半岛登陆北上，半径50公里的暴风雨引发了很多事故。少年小武所在的少年登山团因为这场暴雨损失了所有储备口粮，转场科特队。众人正在谈论星野君是不是害怕暴雨躲在被窝里不敢出来，下一秒星野君却来到科特队总部，原来他去了防洪本部，从其口中得知村民准备等台风过后着手修复村子。
经过一夜，登山团的孩子们来领取食物，小武小智告诉孩子们粮食被毁了，并让孩子们暂且忍耐，由三人骑车前往村庄去带回粮食。二人骑到路口却发现此处已被泥石流破坏，电线杆横倒在路中央根本过不去，无奈三人只得绕路而行。
与此同时，大人们开始着手村庄的修缮工作，就在工头抱怨已经超过了完工时间时，突然不远处的地面突然塌陷，只见怪兽加勃拉破土而出，工人们见状纷纷逃跑。食铀怪兽加勃拉身高50米，体重两万五千吨，头部周围鳍状物概可保护自己也是其弱点。
科特队接到报警称其正在朝安部村移动，安部村储藏的铀235正是加勃拉最爱吃的食物。如果铀泄露会导致很严重的放射污染，随即队长下令全员出动，全力阻止加勃拉。
小武小智三人推着自行车走在山路上，突然小武脚下的山体坍塌，连人带车滑落山下，小智赶紧摸下山去搭救小伙伴。此时此刻，加勃拉距离安部村越来越近，科特队与防卫军严阵以待。等加勃拉进入攻击范围后，队长一声令下，利用其怕火的弱点，用火焰喷射车捋其驱离此处。
加勃拉虽然硬度达到钢铁的5倍但其不耐高温，只得调转方向。众人见此方法确实有效，正要长舒一口气，一旁的安保人员大叫，安勃拉朝着少年登山团驻扎的地方去了，众人想要攻击却又怕导致铀放射，手足无措之际，早田提议把铀元素装进密封容器，悬挂在直升机上吸引加勃拉注意将其引开。
准备就绪后早田驾驶直升机开始引诱作战，这时后排传来了秋子和星野君的声音，提前藏在后排的遮布后面，想跟早田一起执行任务，早田无奈带着三人一起前往。
加勃拉闻到了铀的气味，便跟着直升机的路线一路尾随，小智将小武救出正在休息。忽闻直升机的声音，闻声望去却见到加勃拉然出现，吓得三人转身便逃。小智将小武扶到车前，想要推着车逃跑，可由于刚才的磕碰，自行车链却断掉了。
加勃拉吃不到铀便逐渐失去了耐心，他打开了防护板露出头部口吐放射光线开始攻击直升机。早田躲闪之际发现了山上的小智小武三人，随即向队长报告。由于担心二人受到铀元素辐射，队长让早田将加勃拉引到村子30公里再投放。
早田铤而走险将秋子三人放下让其带着小智小武躲起来，自己则继续引诱加勃拉。秋子星野三人找到了小智小武，将其三人带到了安全地带躲了起来。早田见没了后顾之忧，便按动开关将铀元素密封舱投放下去，可中途发生了意外，一侧悬挂密封舱的绳索卡住了，怎么按开关也不能断开。
加勃拉此时已经红了眼，竟然人立起来，一巴掌将直升机拍落，只见早田的飞机摇摇晃晃坠毁在了山里，爆炸火光直冲天际。早田君再坠落之前跳机逃生，香昏沉沉的爬起身只见加勃拉朝自己而来，赶忙掏出魔棒，白光闪过，变身成了奥特曼，全力抵住加勃拉的身躯。
加勃拉心里只想着吃到那罐铀，奥特曼抱住加勃拉一个大摔其放倒，随后骑到加勃拉背上，加勃拉虎躯一震死命摇晃，奥特曼把持不住被其甩了下来。接踵而至的便是加勃拉的一记尾鞭，奥特曼赶忙翻身躲闪，加勃拉口吐放射光线也被奥特曼轻松躲开。
随即奥特曼起身一脚踹翻加勃拉，徒手撕掉了其脖子上的防护甲板。由于弱点遭到重创，加勃拉战力大减，只见其摇摇晃晃站起身，被奥特曼全力使用摔投技，肚皮朝上摔在地上。加勃拉还想起身还击，可是扑腾了几下后便又倒在地上彻底死去了，解决了加伯拉奥特曼便飞离了地球。
故事的最后，科特队给登山团的孩子们送来粮食，故事在孩子们的欢送中结束了。这便是奥特曼大战加勃拉的故事。
