显微镜下的大明的第3-8集，帅家默迎来了人生的大转变，他不但要为仁华乡亲免除不必要的税赋，还将在此过程中查明二十年前父母死亡的真相。
第3集开始，帅家默正式向黄知府提告人丁丝绢税案，与之有关的三县知县同来述职听审。
审理过程中，帅家默有理有据地证明人丁丝绢税有错，本是金安府八县共同承担的军队协饷，却变成了仁华县一县独缴的税赋，这明显有人在账册上动了手脚。
同阳知县邓思齐以脚费也就是运输成本，指出帅家默计算有误，人丁丝绢税不是帅家默查到的那笔协饷账目，帅家默却从容化解，几名外来知县都无话可说时，他提出要去其余七县的架阁库调查，听审的众知县甚是惊慌，万成县主簿任意假装晕倒来拖延此事。
此时，范渊也在关注此案，他找来程仁清，要他出手对付帅家默，同时也透露出他二十年前就和帅家人打过交道。
第二天审理时，程仁清来到公堂上，他揭露出二十年前帅家默父母火灾死亡的真相。
程仁清指帅家默父亲帅孰诚当年便是贪污了人丁丝绢税，后又意外火灾身亡，所以帅家默心怀仇恨，提告人丁丝绢税案，是他对金安府的报复。成功把案件的关注点由税赋有错转到人为报复上。
万成县主簿任意也当堂做证，说帅敦诚当年是因贪污畏罪自*。帅家默听后忆起当年的火灾，当场晕倒。
转移视线后，同堂听审的三县知县毛攀凤，邓思齐和任意都心中有数，将审理的重点转移到帅家默提告的动机上来，任意以现实的民情痛呈利害，若人丁丝绢税均摊八县，将成为压死 骆驼的最后一根稻草，让黄知府别再继续追查。
黄知府也只能顺应三人所请，将帅家默收押。
丰宝玉为救帅家默，只能去求程仁清，甚至愿意自己去顶罪。程仁清指出此事的决定权在黄知府。丰宝玉探监，问帅家默提告的动机，真是为了替父报仇吗？
帅家默说他早就记不起儿时的事情了，提告只因执着数字对错。并讲述了自己沉浸在算学中的快乐，他表示：这数学的快乐，小宝，你个文科生不懂啊。正所谓驭神算而测无常，在算学的世界里他测算推演，上，神游天外、穷极八荒。下，游五湖四海、览名山大川。算筹方寸之间，天地尽入其手。算式得值时，他何其快活，在那一刻，他就是神。
帅家默一通慷慨激昂的言辞，让丰宝玉和围观的狱卒们不明觉厉，心悦诚服，视他为大仙。
丰宝玉决定助帅家默脱困，他得了程仁清的点拨，向黄知府求情成功，帅家默被放了出来。
黄知府把自己修改过的提告条陈交给帅家默，还告诉他们，人丁丝绢案在金安府是别想告了。二人明白这是暗示他们向上一级省府提告，于是二人来到省府。
另一边，范渊也得到了消息，找来正和歌姬吟诗投壶的程仁清，要他尽全力阻止二人。
帅家默二人到了省城，路遇打铁花表演，帅家默竟然记起了火灾的细节，他也想到父亲写过一本书，内里记有一种叫“推步聚顶”的计算田亩之术。
丰宝玉找到一个叫庄三惕的状师，明白只要证明仁华县在审理人丁丝绢案时有误，就能发回给黄知府重审。在丰宝玉的钞能力加持下，二人打通了省府的各路关节，上交了状子，等着上公堂提告。
这时，程仁清也快马赶到了省城，帅家默和他在街上遇见，他的猫惊了程仁清的马，程仁清被惊马抛下了河。
帅家默跳水相救，二人上岸后，程仁清见帅家默赤子之心，感激他的相救，给他发了张好人卡。
帅家默反问他是好是坏，程仁清表明自己只是个工具人，自嘲自己就是有钱人手里的一把刀，做事不问对错，只管利益。所以自己一定会阻止他向省府提告。
二人分别，程仁清找到省城里当官的同学帮忙，二人喝酒聊天，讲起当年和班花的故事。
同学还说起程仁清被人栽赃他考试夹带作弊，终生不能再考科举的往事。
言谈时，程仁清表面洒脱，实则内心苦闷。
看得出来，他也曾有一腔抱负，却被现实打垮，如今只剩满身铜臭。
所以他才对帅家默的“呆”刮目相看。因为帅家默做了他想做而做不到的事情。
第二日，帅家默二人果然被省府拒之门外，案子根本没有被受理。
二人在庄三惕的提醒下，决定找巡按御史提告。离开省城时，遇到程仁清，他劝二人暂时不要回仁华。
原来，范渊已经动了*心，派出鹿飞龙来结果二人。二人在客栈休息时，鹿飞龙入房刺*，被程仁清阻止，程仁清还报官说有抢劫案发生，官差来到后，鹿飞龙再难下手。
只能尾随帅家默二人来到巡按御史刘景所在的严州府。
因为黄知府修改过的条陈，刘景决定接下二人的案子，前往揽溪县，检查架阁库。
刘景也询问了帅家默提告的动机，帅家默再次表示自己只关心数字对错，并无其他企图。
刘景带二人来到揽溪县，知县毛攀凤是个武功过人的老粗，对付不了刘景这样的精明人，只能打开架阁库供帅家默检查。
范渊和程仁清都来到揽溪县衙。三人通过程仁清从丰宝玉那里得到的朝廷邸报信息推测，得出朝廷的张首辅要搞清丈，清查全国富户的隐田，增加赋税。
而刘景正是想借人丁丝绢案来重新分配金安府八县的税赋，而要准确分配，就要理清八县的田亩数量。
如此一来，就要对八县的田地进行清丈。
一旦清丈，范渊集团的隐田必定曝光，他对自己的蛋糕被人觊觎大怒。于是设宴引开刘景。
让鹿飞龙绑架丰宝玉，威胁帅家默交出他找到的证据，再火烧架阁库。
把账册烧掉的同时绑走帅家默二人，再栽赃他们因火烧架阁库畏罪潜逃。
这手段连削带打，刘景一时也无法解决，只能看着毛知县向金安府八县发布通缉令，帅家默二人成了逃犯。
帅家默二人半路从鹿飞龙手中逃脱，丰宝玉被捕兽夹夹伤，被曾遭鹿飞龙逼债卖地的陈大山父女所救。原来他们被赌坊收走地后，不愿给富人当佃户，只能到山里来开荒种地。
鹿飞龙被陈大山骗过，帅家默二人暂时安全了，可是丰宝玉受了伤，帅家默只能下山去同阳县的丰家分店求助。
临行前一晚，他告诉丰宝玉，自己在架阁库大火刺激下，想起了父母的样子。
也记起父亲写的《丝绢全书》，里面也写了人丁丝绢税的数字。他肯定这笔税和父亲有关系。
次日，帅家默来到同阳县城的丰家分店，却被埋伏的衙差捉住交给了知县邓思齐，二人对算学都有兴趣，于是讨论起算学问题来。
得知揽溪县架阁库失火真相后，邓思齐深表同情，但他不能让人丁丝绢税平摊到八县，因为同阳县的百姓承担不起更多的税赋了。
而金安八县有攻守同盟，他为了自己的前途性命，也不能揭发真相，所以他只能昧着良心把帅家默抓起来收监移交。
他对帅家默这个“呆子”大吐苦水，他当初上任知县时也曾壮志满怀，想大展拳脚，不料一入官场深似海，只是管理这一县民生外加处理人际关系，已让他殚精竭虑。一番话，道尽了他为官处世之难。
帅家默也不执着，反而说就算架阁库烧了，他也有方法证明人丁丝绢税。邓思齐也是算学高手，顿时来了兴趣。
山上的丰宝玉也从来找他的衙差那得到帅家默被捕的消息，他一时心急想下山，却和小枝撞在一起，二人倒在床上，气氛暧昧。
丰宝玉走了桃花运，帅家默却和邓思齐算逢敌手，二人一起演算同阳的山地田亩，讨论起人丁丝绢案的事情，邓思齐告诫帅家默，此案最重要的是利益，不是对错。就算现在帅家默算对了，到官面上讨论时，他也不会承认。
邓思齐还说出朝廷正式记录赋税的黄册早就是废纸一本了，各地自编的白册才是真正的账册。
二人又提及丈田之术，帅家默告诉邓思齐父亲当年写过丝绢全书，里面的推步聚顶之术，专算妖田面积，只是自己不记得了。
二人一番畅谈，如同知己，邓思齐还建议他找年长的任意问问，他在金安府待得久，或许会知道丝绢全书的事。
丰宝玉和小枝吃饭，二人谈及税赋的事，小枝说有钱人有很多田地，却不交税。还想方设法逼他们这些农民贱卖土地。失地的农民就只能给富人当佃户。丰宝玉说有钱人地越多交得税就应该越多，小枝却说富人有得是办法少交税。这一番谈话，也揭露出隐田避税的情况在全国都十分严重。
虽然邓思齐视帅家默为知己，但最后他还是把帅家默移交了出去，临行前，邓思齐向帅家默施礼送行，以示对他的敬佩，这一拜，是敬帅家默的勇敢，也是敬过去那个曾胸怀天下的自己。
帅家默和丰宝玉同为阶下囚，被鹿飞龙押解到万成县境内，遇到县主簿任意，任意提及帅敦诚，希望以丝绢全书内容来劝帅家默，要他别再提告人丁丝绢案。
但帅家默已知此案事关父亲名誉和死亡真相，他没有答应，因为错，就应该被改正。
二人在回仁华途中险被鹿飞龙解决掉，好在关键时刻被黄知府和刘巡按派来的人救下，二人又回到帅家默待过的牢房，宋仁再次来劝告帅家默，要他不要再执着人丁丝绢案，次日在公堂上装傻充愣，这样他就能保帅家默一命。
可帅家默去问宋仁是否知道丝绢全书，还提及书中记的内容和父亲及人丁丝绢案有关，他一定要全力查证此事。
宋仁挑明此案的关键是利益，帅家默触动了乡绅集团的利益，只有妥协才能保命。
要他认清楚自己的位置 ，不要让他父亲那样不识好歹。
可帅家默并没有答应他。这一切，都被旁边装睡的丰宝玉听到了。
到此，本剧3至8集的内容到此结束，可以看出当年帅敦诚的事情，宋仁和范渊都是知情的，任意知道个大概，因为帅敦诚的死，他不敢招惹范渊集团，到万成县当了主簿。宋仁也升官当了金安府通判。范渊顺利在乡间占地，二十年间用利益捆绑了八县的官员和乡绅，成了一个巨大的利益组合。丝绢全书，很有可能是记载了隐田避税的账册和如何隐田的方法，推测当帅家默想起书中内容时，就是他扳倒范渊集团的时候。
