在《刺客信条》系列的大多数作品中，各个任务之间很少出现互相影响的情况，主线任务和支线任务的联系也比较弱，虽然之前也不乏家园建设（《刺客信条3》）、恐怖罪案（《刺客信条：枭雄》）这些水准较高的支线任务，但整体上主线和支线可以说是两个相互区别、几近独立的模块，多少有一种割裂感。
与《起源》相比，这部作品的故事格局更为宏大，主角探寻身世之谜的过程也更加一波三折、扑朔迷离。但很遗憾，可能是为了适应关卡和任务的节奏，这个故事的推进过程显得非常拖沓。有时候，你要寻找的人明明就近在眼前，挡路的人却总是能想出一堆琐碎的杂事让你办完之后才肯放行；也有的时候，主线故事已经发展到了生死攸关的紧要关头，严格的任务等级限制则会逼迫你去做其他任务练级之后再继续来过。虽然剧情节奏割裂拖沓的问题是当下绝大多数开放世界游戏的通病，但《奥德赛》展现得尤其严重。
在前作《刺客信条：起源》中，育碧在这方面的设计已经有了一定的改变，游戏中存在不少和主线息息相关的支线任务：例如“夏迪亚的安息”，承接了主线的部分剧情，给这个故事结了尾；再如“重逢”，之后在主线中活跃的塔希拉在这一任务中初次登场；还有“夜幕低垂之时”，联通了主线剧情和另一条反抗军支线……
不同于之前的作品，《刺客信条：奥德赛》在主线任务上可以细分为“家庭”、“神教”、“神话”三条任务线。三条任务线各有侧重，但又在作为主角的驯鹰人身上收束，形成了一个相互联系、推动的整体。这种“多轴驱动”的设计的巧妙之处在于，当某一条任务线处在平淡的过渡期的时候，另一条任务线的展开则可以带来新的“爆点”，再次激起玩家的兴奋感。
在本作流程前期，玩家会离开凯法隆尼亚岛，随着“家庭”任务线继续推进游戏流程；在与“血狼”相见后，“家庭”任务线告一段落；但若玩家在向女祭司“皮提亚”获取信息之前继续探索地图，可以在蛇之谷发现先前已经出场的厄尔皮诺——他正是开启“神教”任务线的线索！（如果在此处就将厄尔皮诺击*，也会影响到之后与女祭司“皮提亚”的对话内容）通过这条线索继续追踪，便可以将“神教”任务线挖掘出来。但在这里“巧合”的是，作为秩序神教的关键人物的德谟斯恰好又是驯鹰人的亲人，两条任务线就此产生交汇。
到了游戏的后期，秩序神教的成员看似难觅踪迹，实际上几乎贯穿了整个游戏的方方面面。最典型的例子就是寻找 “剑鱼”了：在“神话”任务线中的任务“米诺陶诺斯与人类”中，驯鹰人最初的目的是寻找米诺陶诺斯，为此需要获得一套“忒修斯的盔甲”。在当地进行探索的过程中，玩家又会发现有个在暗中操控局势、压榨百姓的危险人物——“剑鱼”。但随着调查的深入，我们又能发现他的另一个身份——秩序神教成员。为此收集的一系列线索、达成的一系列任务，对于“神教”和“神话”这两条任务线都起到了推动作用。
同时，本作也参考了育碧其他游戏的经验：铭文设计直接参考了《刺客信条：枭雄》的专精系统，神教猎*网络源于《幽灵行动：荒野》的BOSS网设计，传奇动物猎*借鉴了《孤岛惊魂》系列，刺*增长肾上腺素的设定也与《细胞分裂》系列的处决系统有几分相似，装备切换槽位则近似于《全境封锁》的一键换装。
这些“细枝末节”看似不值一提，在实际的游玩过程中却明显提升了游戏体验。但总体而言，《刺客信条：奥德赛》仍然可以说是育碧近年来在任务设计和小系统优化方面表现优秀的开放世界游戏，值得各位玩家体验一番。
