动漫《多罗罗》主要讲述了战国时期，醍醐之国主醍醐景光，为了自己的梦想和名声以及富饶的国家而出卖儿子献祭给十二魔神，不料儿子大难不死，后从魔神手里一点点夺回肢体的故事！
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醍醐景光在“地狱堂”中，向堂内供奉的十二尊鬼神像许愿领土繁荣，愿舍弃自己身边的任意东西作为交换！
契约缔成，醍醐夫人所生后嗣，原本身体康健高声啼哭，却因魔神契约，被鬼神蚕食失去身体——四肢，耳鼻口，甚至皮肤……却被醍醐夫人供奉的观音挡劫而保留了至关重要的头！
其父醍醐景光看到婴儿尚有气息，担心契约无效便声称其为不祥之子，命令接生婆将其溺死，接生婆不忍，将婴儿悄悄置于河边船上，听天由命。
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而婴儿大难不死被一善作义肢的医生寿海捡到，医生寿海原是专为将士（武士）虐待战俘的歹人，终有一日，良心受挫，想要投湖一死了之，却意外活了下来，便开始为残疾的民众和战士免费制作安装假肢，身受众人的爱戴。
寿海还收养了一名徒弟，徒弟意外得知寿海的过往，想起战时惨死的父亲，难以原谅便离开了寿海，寿海往事再提，也陷入痛苦，难以自拔，外出之时失足跌落，原已放弃求生念头，但见岸边飘来的木舟里安静并且尚有喘息的“骷髅婴儿”，又重新燃起生活的希望！
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寿海收养了婴儿，并为他重新用木头组建了身体，起名为“百鬼丸”示意这世界比百鬼还要可怕的东西还有很多，但是永远不要恐惧和退缩！婴儿渐渐长大，寿海发现，这命途多舛的孩子竟会不住引来鬼神妖怪，寿海决定教他习武。
转眼十六年，百鬼丸自身的鬼神之力以及不知疼痛的木头身体，早已将他锻造的无所畏惧！
寿海在看到他一次次的*伐果断的同时也担心着，他会在一次次的*戮中，变成没有同理心、恻隐心的修罗……不久后寿海发现，*掉强大的鬼怪，百鬼丸失去的身体部位就会长出一部分！
寿海将当年捡到他时一起的护身符，挂在百鬼丸身上，含泪送他去闯荡，找回他自己的身体，也寻找他身上背负的秘密！
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独自踏上旅途的百鬼丸，偶遇了一位名为“多罗罗”的同样独自流浪的孩子，还有一个“见证人老和尚”，见证了百鬼丸被抛弃，而后成长夺回身体，最后了却因果轮回的老和尚！
百鬼丸和多罗罗两人相依为命的旅程中，老和尚会在两人危难时，不时出现，帮助二人化解危机！
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初遇多罗罗时，这孩子并不因百鬼丸诡异的身体而恐惧，反而敬佩着他，即使耳不能闻，目不能视，口不能言，却依然斩鬼怪于瞬间，辨鬼怪于无形！
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在多罗罗的陪伴下，二人一边旅行，一边夺回身体，两人也更加彼此信任，相互依赖！未出发时在养父寿海处，斩*鬼神，百鬼丸找回了右腿；
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初遇多罗罗时，斩*鬼怪夺回了“脸”；
斩*鬼神“万代”：村子里劫*过往路人供养鬼神“村长万代”，留下不义之财供村里使用，其中一位游僧的持铃，会化身小妖不时出现摇铃，困扰村民，代理村长便找来二人斩妖，却不成想百鬼丸所斩之妖皆是害人凶怪，放过了持铃，却斩*了吃人的村长万代！百鬼丸也因此夺回了感觉（痛觉）；
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斩*妖刀“似蛭”：二人路遇大雨，草舍歇脚。攀谈间，多罗罗得知，出身富贵却家道中落的姑娘一直在等待五年前参军的兄长归来，不成想她口中的兄长正是几里外传说中手持嗜血妖刀的*人狂魔。
她的兄长在军中时被长官逼迫*害建碉堡的工匠，他不肯，长官却将一把生锈的刀扔到他面前说要么*人，要么切腹！其兄捡起钝刀，挥刀砍向工匠，血雨中钝刀愈渐锋利，他再也停不下来，*光了军营的人，变成了名副其实的*人狂魔！
而今，百鬼丸将其打落山崖，被其妹救回，可惜他早已被妖刀迷失心智，妖刀也借着多罗罗的手自己找回到主人的身边，最后嗜血妖刀被百鬼丸斩碎，其兄身陨，百鬼丸也夺回了自己的双耳；
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初夺回双耳的百鬼丸被溪边浣衣清歌的少女“未央”吸引，因还不适应声音对身体造成的冲击，百鬼丸被突袭的鬼怪打伤而晕倒在少女的怀里，二人以及老和尚被少女“未央”捡回破庙，破庙里住着未央收留的一众无家可归、受伤残疾的孤儿们。
为了抚养一众幼儿，未央不得已瞒着孩子们在军营里出卖身体讨生活，为了早日摆脱战乱，未央的心愿便是早日拥有自己的田地，和孩子们自己种田谋生。
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老和尚循着经验在森林里跟随野兽意外发现了一片很适合耕种的空地，但是那片空地居住着一个强大的鬼神，为了实现未央的梦想，老和尚和百鬼丸前往讨伐，百鬼丸被咬掉了一条腿，但刺中了魔神的喉咙，取回了声音，双方算是打个平手！
只是被咬掉一条腿的百鬼丸，此前没有痛感的他，此刻疼痛难忍！回到未央的破庙，意外看到未央“工作”的多罗罗调整好自己的心态后，表示为了孩子们努力挣扎的未央姐姐很伟大，并且认可未央口中的“不过是把战争中失去的，再从战争中拿回来罢了！”
多罗罗知道百鬼丸喜欢未央的歌声，便请求未央教他唱歌，试图让他说话，“将自我封闭的百鬼丸从山洞里拽出来”！
又欲启程的老和尚觉得百鬼丸不会轻易放弃对鬼神的讨伐，哪怕是为了抢回被咬掉的腿！并且嘱咐多罗罗，谨防从山洞里拽出来的百鬼丸变成嗜*的鬼神……
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果然，在老和尚离开不久，百鬼丸又悄悄瞒着多罗罗*鬼神，虽然这次成功*了鬼神，夺回了被咬掉的腿，却没能救回被士兵以“间谍”名义*死的未央和孩子们……
看着满地的尸体，百鬼丸暴走了，愤怒的向士兵们挥刀，在砍掉最后一个士兵的胳膊后，多罗罗抱住百鬼丸的腿，安抚百鬼丸的情绪，稳定下思绪的百鬼丸放走了最后一个士兵，抱着未央的尸体，呜咽着说出“美……绪……”二人带走了未央手中紧握的一袋种子，也带走了未央的美好憧憬……
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络新妇“阿荻”：络新妇是一个有着女人上半身，下半身却是蜘蛛的妖怪，为了高额悬赏填饱肚子，多罗罗带着百鬼丸扬言会捉住贩卖人口的妖怪（他以为），是夜，两人终于堵住行径可疑的一人一妖，武士们追赶而至，却赖账不肯给多罗罗悬赏的钱！
男人为保护女人，自曝是他每夜送人逃离每日采石任务超标，管制颇严的村子！为了不让男人被抓走，女人出手带男人逃离了现场，就快出村时，女人要求男人和她一起走，并向男人表示，她虽以男人精气为食，但不会*人，毕竟男人活着，才能不断吸取精气！
男人也表示愿意和她走，做她的长期食物（不禁感慨，傻小子挺会啊！）！然而武士们赶到，男人中箭，女人暴走，显出原形，就在百鬼丸准备出手之际，男人央求女人饶过武士性命，女人没了*意，百鬼丸也收刀入鞘，放了一人一妖离开！
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击*妖怪“百足虫”：二人行至山路，恰遇一少年劫亲，了解之下方知，少年阿猿是父母双亡独居村外的可怜孩子，轿子上的新妇是村子里唯一愿意教他礼仪，帮他照顾他的姐姐，如今妖怪作乱，村民竟要将同为孤儿的妙龄少女献祭给黑云——“百足虫”，二人遂出手帮助少年阿猿救回姐姐，百鬼丸也拿回了自己的鼻子；
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拿回鼻子的百鬼丸一路上各种闻，甚至抱着多罗罗的头也要嗅上半天！挣扎开的多罗罗一个趔趄，晕倒在路上，百鬼丸手足无措只得扛着多罗罗四处求助，百鬼丸话说得尚不完全，且带着武士刀，正值战乱，遇到的人大多自顾不暇，不愿多管闲事！
幸而被尼姑所救带回了寺庙，尼姑看着发着高烧的孩子还在担心被大哥哥抛弃，不住地感叹，这年间带着幼小的女孩当真不易！百鬼丸才知道，原来多罗罗是女孩子，多罗罗烧的糊涂，呓语间，百鬼丸得知了她可怜的身世！
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多罗罗父亲是不甘心被武士逼迫，组织了队伍奋起反抗的“野山贼”头头，一心为百姓改命，多年积攒了无数的财宝藏于深山，原本局势大好，但是被他的左右手“地鼠”（也有翻译做“鼬”）背叛，队伍覆灭，兄弟相残，他的腿也被地鼠废了，只能勉强行走！
她父亲带着妻女，一路乞讨，从死人身上找吃的，终没逃过武士的复仇之刃，为保护妻女与武士同归于尽，死在了妻女面前！之后的年月，母亲带着幼小的多罗罗乞讨为生，为吃一口热粥，母亲不惜被地鼠出言羞辱，还用手接着滚烫的热粥拿给多罗罗吃，最后，在她手烫伤还没好时，多罗罗的母亲死在了一片翻涌盛开的曼珠沙华的花海里……
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多罗罗病好以后，两人继续踏上旅程。随着百鬼丸夺回的身体越来越多，醍醐景光供奉的十二鬼神的雕像就会裂开，他父亲所得到的“恩惠”就会减弱。这时候醍醐景光也察觉到“百鬼丸”还活着，他命人追查着这个长子的下落，不是为了寻回他，而是要把他完整的交还给魔神们！
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另一边斩*了一众鬼神的百鬼丸，再找不回失去的肢体，尤其是在多罗罗面对危险之际，百鬼丸看不到，手也用不上力，这让他对夺回自己的身体更加焦急！
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百鬼丸开始疯狂地找鬼*鬼，他*了欲夺他的脸的无面不动鬼神；
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*了与人结亲产子的蝴蝶妖怪“舞舞怨婆”夺回了脊椎，蝴蝶妖怪与人结亲，产卵无数，为了喂养这些毛毛虫，其夫鲭目*害了收留了孤儿们的尼姑以及寺庙里的可怜孩子，还劫*过往的客商游人；百鬼丸与蝶妖激战时，幸而被*害的寺庙里的孩子的鬼魂保护了多罗罗，才不被毛毛虫们吃掉！
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而后二人走散，多罗罗被背叛她父亲的地鼠抓走，去寻找她父亲收藏的宝藏，藏宝图就刻在多罗罗和她母亲的背上，一人一半！
为了得到宝藏的地鼠不惜掘坟……得到地图的地鼠把多罗罗绑在树上，幸好百鬼丸来得及时，方才救下鲸鱼妖怪口下的多罗罗，并夺回了自己的左腿！
他转身对多罗罗说，“我来接你……”然而得知了父兄之间恩怨的多宝丸（醍醐次子，百鬼丸小一岁的弟弟）带人击*，激战过程中，误*了地鼠等人，还不小心帮助几人找到了多罗罗父亲留下的宝藏，看到宝藏的地鼠安心的去了，而多罗罗决定这笔钱要留给百姓安身立命，完成父亲的遗愿……
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此后多宝丸多次带人击*百鬼丸，终于在一次对战中成功将百鬼丸打下山崖，带走了多罗罗！为救多罗罗心切的百鬼丸，不惜大开*戒！
在边界抵御敌方的醍醐无暇顾及激战的两个儿子，为了抵御百鬼丸，多宝丸带着两个贴身的姐弟侍卫从地狱堂向魔神借走了带有鬼神力量的百鬼丸的残肢——余下的一双手和一对眼睛！
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另一边百鬼丸的母亲纠结之下，偷偷放走了多罗罗，多罗罗决定带着百鬼丸的母亲缝夫人前往阻止*疯了的百鬼丸，在二人从地道赶到之际，百鬼丸已经夺回了全部身体！
他击*了多宝丸的两个侍卫，但是没有对多宝丸下*手！随二人赶到的还有百鬼丸的养父寿海，寿海表示当时没有给百鬼丸做新的义肢（途中二人曾经相遇，被困在山洞里，他拒绝了百鬼丸索要新的义肢的请求，但分别时，百鬼丸还是亲切地叫他妈妈……）
寿海雕刻了一尊观音，送给百鬼丸，最后在养父和母亲的催促下，多罗罗带着百鬼丸从地道离开了火海，而火海中的弟弟、母亲和养父，身陨……
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战争结束，以醍醐失败告终，百鬼丸去见了父亲，父亲仍旧执意想要*掉他献祭换国家安稳富强，自己实现宏图伟业，千古留名……
百鬼丸看着满身血污的父亲落寞固执的背影，举起剑只扎在了一旁的头盔上，并且表示：“我是人类，你也别做鬼神了，做个人吧……”转身潇洒远去，留下醍醐景光幡然醒悟，他这被魔神觊觎力量的长子，如若不曾献祭而是继承他的国家，又会是怎样的结果？可惜人间没有后悔药，人生也没有如果……
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多罗罗组织着战后的难民，鼓励他们创立自己的产业，并且愿意用自己宝库中的财产帮助他们，“不是依靠自己双手抓住的东西，是根本守不住的”！
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最后的最后，多罗罗奔向百鬼丸，也奔向自己崭新的幸福生活……
