六号机（Mark.6）是新剧场版中才出现的，在剧场版《序》中第一次露面是在月球上。首次出现时被推测是由使徒直接改造而成，而并非使徒的克隆，这是它与之前出现的所有的EVA机体本质上的不同，之后的剧场版《Q》中得到了证实。
（还有一说是Mark系列所有机体均为直接改造过得使徒，都自带S2机关，拥有无尽的能量。）
除此之外六号机再次登场时，头上的光环表明这是一个已经觉醒的机体，与觉醒后的初号机和十三号机一样，都是超越了人类，已经非常接近神的存在了。
在剧场版《破》的末尾，用卡西乌斯之枪刺穿了初号机，暂时中断了初号机引发第三次冲击。所谓的卡西乌斯之枪，就是这把通体黑色的长枪，与红色双螺旋构造的朗基努斯之枪的外表不同。
朗基努斯之枪名字来自于处刑耶稣的罗马人，而卡西乌斯之枪的名字来自于刺*凯撒的主谋，前者“弑神”后者“弑王”。官方虽然没做过明确解释，不过可以推断，两者应该具备同级别的能力，可以封印EVA的力量。
然而在剧场版《Q》中我们得知，“第三次冲击”最终还是发生了，具体原因不明，卡西乌斯之枪是没能完全阻止初号机。
在剧场版《Q》的末尾，我们发现六号机被封印在了莉莉丝的身体之中，在十三号机拔出两把朗基努斯之枪之后，六号机的封印解除。被砍掉头之后化作了第12使徒，所以说六号机很可能是由第12使徒改造而来的。
十三号机吞噬了化作使徒的六号机，觉醒为白色的完全体。
其实这是碇源渡的阴谋，主导制造六号机的最终目的是用来帮助EVA成神。《Q》中让真嗣和渚薰去拔出长枪的真正用意，也是为了解开六号机的封印，让十三号机通过吞噬掉它而觉醒。
