新一：我是高中生侦探工藤新一，有一次我和青梅竹马的同学毛利兰一起到游乐园游玩时，正好目击了一群黑衣组织进行可疑的交易现场。
当时我只顾着偷看交易，却忽略了从背后而来的另一个同伙。
我被那个人强灌了毒药，等我醒来时…… 柯南：我的身体已经缩小了！要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。
在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份。
当小兰问及我的名字时，情急之下，我化名为江户川柯南。
为了搜集那些家伙的情报，于是便住进了父亲以侦探为业的小兰家中。
柯南：知道我真实身份的，阿笠博士，我的父母，关西的高中生侦探服部平次，同班同学灰原哀和黑暗组织的人，阿笠博士为了帮助身体变小的我，发明了各式各样的道具。
灰原本来是黑衣人的同伙。
不过，在她逃出组织时，被迫吃下跟我同样的毒药，因此身体也缩小了。
柯南：还有一个人，怪盗基德。
要是和他扯上了关系事情就变得麻烦了，身体虽变小，但头脑一样灵活，无所不知的名侦探，真相永远只有一个！
