南宋、元朝期间，关羽的神位没有太大变化。明朝初年，朱元璋更是废掉关羽的王爵封号，直接贬成了前将军、寿亭侯（朱元璋无知，把汉寿亭侯错当成汉，寿亭侯了）。
一直到万历年间，万历皇帝非常崇拜关羽，他直接敕封关羽为协天大帝，几年后更追封关羽为伏魔大帝。
那么，在万历年间究竟发生了什么，以至于万历皇帝对关羽如此厚爱？
其一，阻止张居正谋害高拱高阁老。
在当下的观念中，张居正乃是救时良相，不过，在明朝人的观念中张居正却是一代奸相。像明朝大儒王世贞就评价说：“器满而骄，群小激之，虎负不可下，鱼烂不复顾。”
当然，张居正生前死后毁誉不一，归根究底还是在万历皇帝身上，另外，朝廷反对派的抹黑，以及张居正本人的跋扈，都是重要原因。
张居正受命辅政时，一心把其他大臣扳倒，于是设局陷害高拱。当时，据说张居正曾到关羽庙求签，神签上说：“才发君心天已知，何须问我决狐疑。”意思是张居正所作之事有违天道，希望张居正悬崖勒马，不要再做。
可是，张居正并没有改悔，继续命人构陷高拱。就在宣判之日，原本是晴天烈日，忽然刮来一阵大风，黑雾升腾处，落下许多冰雹。
众人都道是关王大怒，方才降下冰雹，彰显冤屈。
这件事情更被传得神乎其神。高拱一派自然抓住这件事情大做文章。
后来，张居正被扳倒，万历皇帝下令彻查张居正，果然发现了张居正许多劣迹。作为早早预言张居正恶行的关羽，自然被高拱一派、被万历皇帝看重。
其二，彰显神迹帮助朝廷击败意图分裂的四川土司。
万历年间，四川有个大土司名叫杨应龙，他自诩实力强大，起兵叛乱。
当时，那杨应龙占据天险之地，负隅顽抗，官军死伤许多。后来，主帅郭子章得关羽托梦，告诉他山中小路，得以绕路攻击反贼老巢，结果大败贼兵。
其三、占据东南亚一代的荷兰人侵扰明朝边境，关羽显灵，将荷兰海船掀翻。
其四、倭寇侵扰海疆，关羽显灵，指引明军大败倭寇。
其四、在潞河显灵，斩*青鱼精。
其五、在虎丘显灵，将在关王庙撒野的百姓劈死。
在《关圣历代显圣志传》所记载的32件关羽神迹中，几乎有近一半发生在万历一朝。可以说，上到宰辅大臣，下到普通百姓，都纷纷声称看到了关羽显灵。无论是高层利用关羽打压政敌，还是民间百姓一厢情愿，愚昧无知，都可以看出，朝野之间对关羽的崇拜已然成为一个潮流。
故此，万历皇帝敕封关羽为协天大帝、伏魔大帝，也就很好理解了。
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