三藩之患
三藩是指镇守云南和贵州的平西王吴三桂、镇守广东的尚可喜（袭其父尚学礼封爵）和镇守福建的靖南王耿精忠（袭其父耿继茂封爵）。尚可喜和耿精忠的祖父耿仲明早在清军入关前就投靠了后金，之后曾积极参与剿*南方反清民间势力。吴三桂不仅是引清军入关的关键人物，还在消灭南明小朝廷中立下汗马功劳，因此受到清廷晋封，令其镇守蕃地。
他们手握重兵，在各自所镇守的省份中，既能辖制当地的地方官员，又能掌控自己的军队和地方税赋。其中以吴三桂的势力最为庞大，他掌握的总兵力超过9万，俨然就是一个土皇帝，圈民地，放高利贷，私铸钱币、煮盐，还擅自向全国各地调动官员。他借口“边疆未靖，兵力难减”，每年向中央政府申请巨额军饷，其财政开销，户部不得核查。
决心撤藩
康熙十二年（1673年），靖南王耿仲明去世，他的孙子耿精忠承袭王位。此时的尚可喜也以年老为由上书朝廷，恳请批准他回辽东老家养老，让儿子尚之信承袭王位。年轻的康熙帝早就有了撤藩的想法，而眼下正好给了他一个机会。他同意了尚可喜告老还乡的请求，但不允许尚之信袭爵，令其撤藩回辽。吴三桂、耿精忠心生警惕，他们假意主动提出撤藩，试探朝廷的态度。
当康熙帝看到这二人的奏章后，立即召集朝中大臣商议对策。大部分大臣都认为如果批准了吴三桂等人的请求，势必会引起他们的造反，为了稳定当前局势，请求康熙帝驳回撤藩的奏章，安抚吴三桂等人。只有小部分大臣建议康熙帝强硬撤藩，快刀斩乱麻。康熙帝考虑到三藩久握重兵，势成尾大，非国家之利，便当即下旨召三藩入京，如果他们肯来就证明没有反意，可以逐步消弱他们的兵权。如果不来，则有反意。吴三桂接到旨意后称病拒不进京，康熙帝立即下旨，裁撤三藩。
三藩之乱
康熙十二年（1673年）十一月二十一日，吴三桂在云南率先起兵，*了云南巡抚朱国治，并拘捕了按察使以下不顺从他的官员。为了笼络人心，他脱去清朝朝服，换上明朝服饰，重新使用明朝封给他的平西伯爵号，还前去祭拜永历帝。他以复兴明室为口号，并发布《反清檄文》，一时间叛明降清的武将、文臣及民间百姓迅速响应。
由于吴三桂常年驻守西南地区，根基深厚，势力庞大，一开始在军事上进展迅速，一路打到了湖南境内，并迅速进据澧州、常德、岳州、长沙。接着他派人与广东的尚可喜和福建的耿精忠联系，邀请他们一起响应。随即耿精忠在福建，尚之信在广东相继起兵。耿精忠还联系台湾郑成功的长子郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州。其他一些与清廷有矛盾的汉人将领，如广西将军孙延龄、陕西提督王辅臣、云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉以及提督李本深等人也响应吴三桂。
平定叛乱
三藩之乱来势汹汹，让清廷猝不及防，一年多的时间内朝廷丢失了大江以南的大部分地区。果断刚毅的康熙帝并没有自乱阵脚，下令削去吴三桂爵位，处死在北京居住的吴三桂儿子吴应熊和孙子吴世霖，然后调遣兵力讨伐吴三桂。
康熙帝亲自部署了平定叛军的作战计划，把清军分为两路，湖北荆州和江西因地理位置被作为前线，八旗劲旅固守，遏止叛军过江北上；山东兖州和山西太原作为后方的两个支点，以重兵把守，控制南北和东西两条孔道，策应前线。同时下诏宣告天下，凡能悔过归顺的免于其罪。
为了集中兵力消灭吴三桂，康熙帝对观望不定的汉将实行笼络和加恩重用的政策，同时对于耿精忠和尚之信二藩暂时停撤，加以安抚。康熙十五年（1676年）十月四日，靖南王耿精忠在清军压境、军饷匮乏、军心涣散的情况下，不得不率文武官员出降。同月，尚可喜病逝，尚之信得知耿精忠降清后，主动派人持密函请降。
福建和广东平定之后，吴三桂就处于孤立无援的境地。康熙十七年（1678年），清军完全控制了广东、福建、江西、陕西等地。眼看大势已去，为稳定军心，三月，74岁的吴三桂在衡州（今湖南衡阳）南郊筑坛祭天，自立称帝，建国号为周，改元“昭武”。不料，八月他就病死在长沙，其孙吴世璠继承帝位。清军趁此机会水陆两军猛攻湖南咽喉要地岳州，大败叛军，决定性的胜利奠定了湖南的平定。
康熙十九年（1680年）尚之信被赐死。康熙二十年底（1681年），清军兵分三路围攻云南昆明，吴世璠走投无路自*而亡。余众纷纷投降。康熙二十一年（1682年）耿精忠以逆党罪被处死。三个藩王被解决后，康熙帝又对其部属做了妥善安置。至此，三藩之乱彻底平息。
