万斯同出生在一个和明朝历史相终始的世袭官宦之家。这也是他后来立志终身以研究明史、编纂《明史》为己任的一个最深层的原因。因为在他看来，万氏家族的历史也是大明王朝历史的缩影。从太祖起兵到靖难之役；从北征鞑靼到南抗倭贼；从卫所之设到漕运之治；从宦官专权到东林党争；从南明偏安到义军抗清，几乎都能看到万氏祖先和父兄的身影……万氏世居安徽定远县。万礼和万义是万氏族谱能追索到的生活在宋元时期的两代远祖。他们都是耕读本分而又见闻广博之人。直到清初，定远尚有万氏祖墓。参见（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》，文渊阁四库全书本。又，（清）万经等编：《濠梁万氏宗谱》，辩志堂藏版，国家图书馆藏书。
万义的儿子初名国珍，字文质，“少负奇志，不修小节”。元末天下大乱，国珍离开故乡，仗剑从朱元璋起兵。随军先后攻克滁（今安徽滁县）、和（今安徽和县）、真（今江苏仪征）三城，因功授显武将军、副千户。又守御滁州，略定濠（今安徽凤阳）、泗（今江苏宿迁）等地。朱元璋亲自为他改名万斌，希望他能文能武。洪武元年（1368）春，朱元璋即皇帝位，改国号为“明”，初封有功之臣。万斌被授予武略将军，调北平都司永平卫（治所在今河北卢龙），从军攻取中原，赐封世袭将军。洪武五年（1372），朱元璋派三路大军进攻元军扩廓帖木儿部，以魏国公、征虏大将军徐达出中路；左副将军倪文忠出东路；征西将军冯胜出西路。万斌随徐达出征。当明军进攻追击到沙漠之地时，万斌不幸战死于阿鲁浑河。万斌不但被奉为宁波万氏的一世祖，而且也是万氏家族第一个很有影响的人物。尽管他的“军衔”不算太高，但却是大明王朝的开创者之一，万氏子孙最以他为荣耀！直到清初，万氏子孙还珍藏着不少明太祖朱元璋赐给万斌的文物。（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》。又，旧题万斯同《明史》卷三七六《万斌传》，续修四库全书本，上海古籍出版社影印，1995年。万斌以下万氏祖先征战的历史背景，皆据《明实录》，台湾中央研究院史语所影印本、《明史》，中华书局标点本等书之相关记载补出。
自万斌开始，万氏家族凡九代男儿皆有一人为世袭武官。凡九代妇女皆有一人敕封为“夫人”或“恭人”。万氏家族遂成为大明王朝享祚最长和最为标准的“世家”之一。
万斌之子名钟，字荣禄，“幼孤，痛父殁于王事，克自树立”。按制，袭授为武毅将军、龙骧卫副千户长等职。按：据《明史·兵志》，龙骧卫属前军都督府，治所在今南京。后迁北京。他精韬略、工骑射，骁勇善战，身先士卒，先后参加讨平松州（今四川松潘）、施州（今湖北恩施）、蓉美、吉安、太和（今江西泰和）等地叛寇之乱。洪武十七年（1384），又奉命捕倭宁波，因功劳卓著，升任为宁波卫指挥佥事，命子孙世袭。建文元年（1399）七月，朱元璋之孙建文皇帝登基不到一年，皇叔燕王朱棣就以“清君侧”为由，开始起兵反叛朝廷，史称“靖难之役”。燕王的军队从封地北京一路南下。建文皇帝派长兴侯耿炳文为征虏大将军；驸马都尉李坚、都督宁忠各为左、右副将军，征讨燕军。万钟随耿师出征，战死在大兴（今北京大兴县）被称为花园的地方。（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》，又，旧题万斯同《明史》卷三七六《万钟传》。
从万钟开始，因“赐第于鄞”，万氏便世代居住在宁波城内，成为宁波显赫的望族，一直延续到明末。
万钟有二子一女。建文二年（1400）冬，先由长子万武承袭世职。万武，字世忠。自少年时起“慷慨尚气节，力能超距，喜读书，时与郡中先辈相辨问，知圣贤之学”。一天夜里，秋月当空，如同白昼，万武感慨地说：“人心难道不该如此吗？”他因此把自己的书斋取名“秋月轩”。万武颇有儒将风度。公事之余，他常和朋友们“订质经史，苦心研索，得诚意正心之旨”。万武任职之初，因得罪上司，一度被谪戍交趾（今越南河内。亦说谪戍广西）。他在去往交趾的路上，吟诗作画，气若平常。他还写信告诉妻子要好好持家，如果家中实在困难，“可卖小马作支费，俟大马下驹，亦随卖用”，但万万不可“改志求人，致辱上祖”，更不可以随便丢失祖上传下的手卷和文物。他还特别叮嘱妻子要择良师教育弟弟万文，不可耽误了他的学业。永乐六年（1408），交趾王陈氏故官简定等人叛明，僭号“大越”，进犯中国边境。明成祖以黔国公沐晟为征夷大将军，率领云、贵、川三省大军出征交趾。明廷又重新起用万武，随沐晟出征。这年冬天，明军与简军大战于生厥江。这时，万武虽然身患瘴疠（疟疾），但他仍然披甲上阵，力战阵亡，死于檀舍江，年仅23岁。③（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》，又，旧题万斯同《明史》卷三七六《万武万文传》。
万武牺牲后，因膝下无子，按制由弟弟万文袭职。万文，字世学。史称其“倜傥，善骑射。少读孙、吴（兵）书，性至孝”。万文为官廉明有威。永乐十六年（1418）春，交趾黎利叛明，倭寇也趁乱攻陷松门卫按：据《明史·兵志》，松门卫属浙江都司，治所在今浙江温岭县东松门，侵犯中国沿海。万文率舟师迎战莲花洋（今浙江舟山以东洋面），缴获敌舰三艘，生擒敌酋一人，斩首无数。次年（1419）六月，又率舟师出击敌人，至桃渚洋面（今浙江临海县东）。相传黑夜中海上出现两股光柱，万文以为是敌人的战舰，急忙张弓射落一股光柱。这时，突然风涛大作，万文也随战舰翻没而死。后人传说万文射中了龙眼，导致波涛汹涌，翻江倒海，故称他为“射龙将军”。后来，人们在万文征战过的地方建立“射龙将军庙”，纪念这位传奇似的战将。③万文牺牲前，妻子吴义正已身怀有孕，但男女未卜。万文死后，他的姐姐万义颛天天乞求上苍保佑弟媳能生下一个男孩，好继承万家的血脉和功业。义颛的诚心感天动地，老天果然成全万家，5个月之后，吴恭人生下遗腹子，遂取名万全，他是当时万家唯一的男子，故字惟一。为了抚养万全成人，义颛又立志终身不嫁，和母亲曹妙素（万钟妻）、嫂嫂陈义顼（万武妻）、弟媳吴氏共保遗孤，维持门户。当时有人劝义颛说：“你是将门之女，即便嫁人，也是朝廷命妇，照样可以资助万全成人，何必自讨苦吃呢？”义颛回答说：“我岂能眼看着一门孤寡而自己去独享快乐？”于是，她亲自教万全诵读骑射，严加督责。三位妇女全靠纺织维持一家人的生活，十分艰辛地把万全抚养成人。义颛死后，万氏子孙把她绘为身着男装的样子，与万文、万武同样奉为万氏家族第三世祖先。（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》，又，旧题万斯同《明史》卷三九四《万义颛传》。
至此，人们把万斌、万钟、万武和万文四代为国捐躯的男子称为“四忠”；把立志抚孤的曹、陈、吴三位妇女称为“三节”；把立志终身不嫁的万义颛称为“一义”！此后，“四忠三节一义”的故事一直传颂人口，并载入地方史册，成为万氏家族忠孝传家的标志和精神支柱。万氏开山四祖皆战死沙场或海疆，尸骨无归。后来，其子孙只好为之招魂，并其遗物合葬于城外桃园乡应岙大岭山麓，时人称“万氏四忠冠剑墓”。这就是万氏应岙祖茔的来历。“四忠三节一义”的光荣家史对斯同本人的影响也非常深刻。“忠义史学”成为他日后从事历史研究的一个重要内容；而“忠孝气节”也成为他裁决历史的重要标准之一。
万全长大后，年十六，袭任指挥世职。“不绝如缕”的万氏家族又重新勃兴起来。万全生性爱竹，故又自号竹窝。他也是一个文武双全的儒将。正统年间，万全常从大帅讨平福建境内的海盗，又常三帅戈船，御倭寇于海上。念祖父死忠，母姑节义，他开始编著《万氏宗谱》，以明世系，并有《竹窝稿》行世。（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》，又，（雍正）《宁波府志》卷二《万全传》。中国地方志集成本，江苏古籍出版社、上海书店、巴蜀书社，1993年。
万全之子万禧，字天祥，别号兰窗。父亲万全早死，他同样靠祖姑义颛和母亲的教育培养成人。万禧于天顺中袭世职，“为将严而有法”。他历守定海关（今浙江舟山）、建阳（今安徽当涂）等地。为官清廉，军民皆感戴其德。万禧有《家训》十则，“里中传为名言”。他还题诗训示子孙，其诗有云：“不得鱼鲜收网归，何须惆怅立斜晖？来朝网得鱼成篓，换酒无劳典旧衣。”意思是人生在世，有得有失。正如打鱼，今天你也许一条鱼也没有打到，但又何必惆怅难过呢？只要我们明天、后天坚持扬帆出海，辛勤的努力总会换来鱼鲜满舱。他以此教育子孙要心胸开阔，“不可以一时得失遂生休戚”。万禧著有《兰窗稿》。（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》。又，（雍正）《宁波府志》卷二《万禧传》。
万禧之子万椿，字有年，号慎庵，弘治中袭任世职。他曾受委督办鄞县一带的水利工程，大家都公认他很有才能。万椿除了喜欢研读兵书之外，也究心于经史之学。遗诗有《友葵吟》等。（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》。又，（雍正）《宁波府志》卷二《万椿传》。
武臣名儒万椿之子万表，字民望，世称鹿园公。他是万氏家族自万斌以后第二位很有影响的人物。明代多种文献有传。史称：“明世武臣以儒学显者，（万）表为冠。”旧题万斯同：《明史》卷三九四《万表传》。
万表的成才和母亲的教养很有关系。万表的母亲王汝玉，鄞县万龄乡人。她本是宋代名臣王安石的九世侄孙女。其父王仁，明朝封承事郎。万母性仁厚，信佛教，持家有方，教子甚严。万椿去世时万表才17岁。按制袭职后，他一度不思读书上进。母亲对他说：“我自从嫁到万家，就懂得武将不读书的坏处。不知书达理，往往容易背信弃义，蔑视礼法，互相攻击，以至落职身败。我不愿意你像他们那样。”于是，万表在母亲的督责下重新奋起，努力学习。他白天练习武艺，晚上秉烛读书。他把诸葛亮“宁静淡泊”四个字悬为自己的座右铭，立志做一个能文能武、“经营天下”的人物。万表一生孝顺母亲，母亲的佛教信仰也对他产生过深远的影响。（明）万表：《玩鹿亭稿》附录载（明）王畿：《都督鹿园万公行状》、（明）焦：《明骠骑将军南京中军都督府都督佥事前奉敕提督漕运镇守淮安地方总兵官鹿园万公墓志铭》，四库全书存目丛书本，齐鲁书社，1997年。万表生平事迹凡未另注出处者皆据此说。
正德十五年（1520），万表考中武进士，成为万家第一位有正式“文凭”的将军。此后官运一路亨通。先后晋升都指挥使、漕运参将、广西副总兵，淮安总兵、督运浙江掌印指挥使、南京大教场坐营、南京中府都督等职。万表为官正直有识，仁民爱物。一次，他督运漕粮至淮安，眼看哀鸿遍野，饥民载道，决定及时发放所运米粮赈灾。有人劝他说，先赈后报，有丢官或*身的危险，万表感慨地说：“吾何忍爱一官而坐视万民饿死！”由于他实事求是和行为端正，后来朝廷并没有追究此事。
嘉靖年间，王直勾结倭寇内犯，东南*然。万表整肃军纪，选用人才，在浙江沿海一带英勇反击倭寇和内乱。这段时期有两件事情特别值得一提。其一是为了狠狠打击倭寇，万表调请少林寺武僧月空率领武艺高强的僧兵来浙江作战。万表亲自指挥这支“特种部队”打击倭寇。他们“自为部伍，持铁棒击*倭寇甚众，皆战死”。后来，顾炎武还把这事写进了《日知录》。参见（清）黄汝诚集释，秦克诚点校：《日知录集解》卷二九《少林僧兵》，岳麓书社1994年版，第1034页。其二是力荐蒋洲参与胡宗宪抗击倭寇。蒋洲本是鄞县布衣，但却有勇多谋。蒋洲劝胡宗宪先招降王直，又与王直多次出使日本，安抚日本丰后、山口等岛主，从组织和外交上瓦解敌人。遗憾的是，由于奸臣作梗，明朝政府并没有坚持采用这一措施。
万表长期主持漕运工作，这方面也颇多建树。例如，他提出在河南卫辉（今河南汲县）设立大型中转仓库，按河、海、陆三路分运分转，以防不测。提出按“常平之法”，根据农业丰歉情况，折算漕粮数，合理分摊成本。又如，当时投入漕运的在编将士多达10万之众，万表建议加强其军事装备和训练，使他们不仅只是一支运输队，而且是一支可以随时弹压海疆及沿漕地区的武装力量。他关于漕运的诸多言论和建议一向得到政府和学者的重视，被收入明清多种经济类文献之中。
万表身为高级将领，指挥作战往往身先士卒，奋不顾身。一次，他率军与敌人战于娄门，身中流矢，流血晕厥，醒来后他不无幽默地写信给儿子说：“我家世以战功死王事，我一生持文墨，不任兵。今晚年，身上增一箭瘢，不亦美乎？”
万表虽为武官，但正如他自己所言，却以经济理学名臣著称。他于学无所不究，旁及佛老，常与明代著名学者罗洪先、王畿、唐顺之、钱德洪等讲求良知、躬行之学。居官所至，前来问学请教者摩肩接踵。黄宗羲《明儒学案》将他列入《浙中王门学案》。万表读书治学不喜哗众取宠和空谈，注重内省、良知和顿悟。其学属于“陆王心学”一脉。他说：学不顿悟，才涉语言，虽勘到极精切处，总不离文字见解。圣学工夫，只在格物，所谓格物者，格其心之物也。凡不于自己心性上透彻得者，皆不可以言格。到得顿悟见性，则彻底明净，不为一切情景所转，如镜照物，镜无留物；如鸟飞空，空无鸟迹。日用感应，纯乎诚一，莫非性天流行，无拟议，无将迎，融实归真，反情还性，全体皆仁矣。沈善洪主编、吴光执行主编：《黄宗羲全集》第七册《明儒学案》卷一五《浙中王门学案》引万表：《鹿园要语》，浙江古籍出版社2005年版，第356页。
同时，万表之学又参以佛禅思想。他主张儒、释、道三学归一，而要以儒学为主。他在《九沙草堂杂言》中说：“世崇三教，儒与释、道也。释、道二氏皆出世之学。唯儒教为大中至正，治天下国家之不可一日无也。然二氏教虽各异，而尽性、至命处则同。”（明）万表：《玩鹿亭稿》卷五《九沙草堂杂言》，四明丛书本。因此，万表晚年的诗作颇多禅机空灵、超凡脱俗之感。如《山寺杂怀十九首》之四、六有云：何事劳趋走？浮云信自由。
眼前频景换，物外只兹求。
不作行程计，时为胜事留。
此生非莽荡，天地亦虚舟。
投禅人不与，解脱且山逋。
我爱云游侣，形无礼数拘。
规规方是病，莽莽未为粗。
牛马随呼应，逢人莫说儒。（明）万表：《玩鹿亭稿》卷一《山寺杂怀十九首》。
万表卒于嘉靖三十五年（1556），享年59岁。他是万氏祖先中著作最多的人。《皇朝经济文录》是他选编的一部经济政治文选。“分开国、保治、六部及两京、十三布政司、四裔诸条，而以列圣御制、名臣章疏、私家论说充之。”此书康熙年间尚存于万氏家族。《灼艾集》四编是万表休沐时的读书笔记，该书抄录唐宋以来经史杂著80多种，颇具史料价值。《玩鹿亭稿》是他的诗文集。此外，万表还辑有医书《万氏家抄济世良方》6卷，颇多实用价值。万表死后，由孙子邦孚增补，嘉靖三十七年（1558）刊刻行世。《四库全书》存目。
万表有两个儿子。庶长子万谦甫，以选贡仕江西万年县主簿。二子达甫为正房所生，字仲章，别号纯初。兄弟两人从小励志于学，受业于著名学者唐顺之、王畿之门。长大之后，按制，由万达甫袭职。达甫历官浙西漕运总督、广东督理海防参将等。莅政之暇，唯文史是娱。所至皆有政声，军民怀之。达甫也“精于禅家玄旨”。父亲去世后，他守孝三年，荤酒不沾。对母亲、庶母、庶兄孝悌甚殷。达甫因病退养，和袭职的儿子邦孚住在一起。一次，政府命邦孚远征。可正值邦孚的儿子刚刚出生，尚未满月。家人都不想让邦孚离家。唯独达甫对大家说：“我家世受国恩，现在国家有难，正是捐躯立功的时候，岂可为了一个呱呱坠地的小孩耽误了国家大事？”于是，邦孚便毫不犹豫地披挂上阵，踏上征途。达甫虽然退养在家，却一直关心国家大事。晚年，当他从邸报上得知宦官专权，“叫嚣四出”，他感慨地对儿子说：“天下从此多事矣！”希望儿子好好带兵，加强武备，以防不测。达甫卒于万历三十一年（1603），有《皆非集》行世。（明）万达甫：《皆非集》卷首（明）李撰《万达甫行状》，四库全书存目丛书本；又，（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》。又，旧题万斯同《明史》卷二六四《万达甫传》。
达甫之子名邦孚，字汝永，号瑞岩。以诸生袭世职，升浙西漕运总督。又先后任山东都司佥书、游击将军、山东狼山卫副总兵、福建总兵等职。在治理漕运、抗击倭寇和安抚地方等方面皆卓有政声。万历二十六年（1598），倭寇侵犯朝鲜和中国沿海，明师败绩。朝议从海道援朝抗倭，命邦孚为游击将军，率南京龙江营水师出守鸭绿江，负责从辽宁的辽阳等地转运粮草。邦孚出色完成了支前任务，以功升杭、嘉、湖参将，转温、处（今浙江丽水）参将，又升副总兵，镇守江北。
由于邦孚为官仁民爱物，任期满时，江北吏民要为他立一座生祠，相当于今天的纪念馆。当时正值改建通州城（今江苏南通），沿老城一带有不少坟墓，因为施工被挖掘出来，尸骨弃于道旁。邦孚对大家说：“我岂敢要大家为我立什么生祠？我宁愿将这笔钱用来安葬这些无主尸骨，以此感激大家对我的深情厚爱！”邦孚镇守福建时，遵照戚继光的兵法，“励兵固防，倭不敢犯”。当时，常有一些日本商民之船因为风浪漂至中国沿海，有的地方官为了邀功得赏，竟一律将他们按倭寇处死。邦孚则反对这种滥*无辜的行为。他下令严加区别，把无辜的日本商民放回故乡，深得中日两国民众的赞许。万历三十九年（1611），邦孚因病告老还乡，崇祯初年去世。邦孚为人儒雅，又精于阴阳之术，著有阴阳学著作多种。有诗集《一枝轩草》行世。（清）万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》。又，旧题万斯同《明史》卷二六四《万邦孚传》。万邦孚就是斯同的祖父。
复社风流万邦孚年近四十却一直无子。他效仿当年孔子父亲的做法，到泰山岱庙祈求泰山之神赐他一子。不久，妻子果然生下一子。这孩子长大后魁梧奇伟，目光熠熠，朋友们都觉得他颇像岱庙里供着的泰山之神，于是就取名万泰。他就是斯同的父亲。
万泰，字履安，生于明朝万历二十六年（1598）二月。邦孚艰于得子，自然十分珍爱万泰。自出生以来，万泰就一直随父亲辗转于北京、山东、福建、温州任内。直到万历三十九年（1611）才随父亲告退回到老家，这年，万泰已经14岁了。万历四十四年（1616），万泰19岁。他以优异的成绩补为宁波府学生，和同乡陆符一起入庠读书，两人也从此成为生死与共的好朋友。陆符，字文虎。也是宁波望族之后。两人都曾师从晚明大儒刘宗周，始终以名节自任，领导一郡士风，时人并称“万陆”。万泰19岁结婚，妻子闻氏是嘉靖朝吏部尚书闻渊的玄孙女。婚后的万泰“除诗书之外，唯事交游，生涯置不理”。闻氏相夫教子，侍奉公婆，是一位典型的贤妻良母。按：万泰夫妇生平事迹参见万斯大：《学礼质疑》卷二《万氏世纪》。又（雍正）《宁波府志》卷二八《万泰传》；又，王焕镳：《明遗民万履安先生年谱》，载《因巢轩诗文录存》，上海古籍出版社2005年版，第93页。
崇祯九年（1636），万泰乡试中举。这时，党社之风盛行天下。复社继东林党风而起，成为继续反对阉党、左右朝野上下政治和学术风气的一股强大的力量。其成员以东南为主，波及全国。他们曾先后在尹山、南京和苏州举行三次大会，与会者多达2000多人！刘宗周创讲证人书院于绍兴，提倡经世实学，抨击时政，浙东社风也随之兴起。万泰、陆符、董守瑜、董德称结社宁波，首开风气，合称“东林四先生”。他们与余姚黄宗羲、宗炎、宗会三兄弟，慈溪冯元飙、元兄弟等互相呼应，使浙东社事一时胜于浙江各地。
万泰著作崇祯十年（1637），万泰进京参加会试报罢。秋天，他回到留都南京，参加了晚明历史上一次重要的政治斗争。
这件事得从东林党人与阉党的斗争说起。明朝的“党争”始自万历时代。这时，朝廷先后发生了所谓“国本”之争和“挺击”、“红丸”、“移宫”等一系列本属说不清的宫闱小事。但围绕这些问题，代表不同利益集体的朝野人士便开始了反复的争斗和倾轧。万历二十二年（1594），考功主事顾宪成削职回到故乡无锡，邀约同乡高攀龙等人在东林书院讲学。他们除了提倡经世实学外，也讽议朝政，品评人物，首开“东林”清议之端。天启初年（1621），由于同情支持东林党人的官员纷纷复职掌权，东林势力达于鼎盛。尽管东林党人也属于官场内部的一大利益集体，但他们当中为人正直的读书人占多数。他们提倡读书，崇尚实学，关心民瘼，鞭笞腐败，其思想和言论很能引起当时正人君子乃至广大民众的共鸣。品味至今悬挂在东林书院的对联“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心”，我们不难体会他们书生报国的情怀！
但是，东林党人一开始就具有太深的“党见”，他们标榜门户，排斥异己，这就自然使他们树敌太多。那时，熹宗尸位，小儿无识。宦官魏忠贤与熹宗乳母客氏互相勾结，控制权柄。反对东林党人的其他派别就逐渐投靠魏阉，形成与东林党人势不两立的“阉党”。于是，两党之间展开了旷日持久的殊死较量。
天启六年（1626），“阉党”全面控制朝政，开始血腥镇压东林党人。他们刊布《三朝要典》，按魏阉之意大作“翻案”文章，上纲上线，首先将东林党人统统定为历史和政治罪人。编制《东林点将录》之类的黑名单，“照单请客”，罗织成罪，大肆捕*清洗东林党人。一时之间，朝野上下，群小专权，忠耿罹难，冤狱遍地，暗无天日。这就是所谓天启“党祸”。有幸“党祸”持续不到两年，熹宗驾崩，思宗即位，是为崇祯皇帝。为了巩固自己的政权，崇祯帝上台的第一件大事就是将宦官魏忠贤赶出都城，魏阉畏罪自*。时局很快就发生了完全相反的变化。原来被罢官离职的东林党人又纷纷官复原职，重新掌权。崇祯二年（1629），诏毁《三朝要典》，政治上为东林党人彻底平反。公布“阉党”罪恶，诏定为“逆案”。同样抓捕了许显纯之类罪大恶极的“阉党”分子，让被害东林党人的家属出庭申冤，为之一一昭雪平反。一时之间，东林复社又重新扬眉吐气！涉及“逆案”的党徒或遭到清洗，销声匿迹；或改换门庭，另谋出路。正所谓“一朝天子一朝臣”！
在清理“阉党”的过程中有一个重要人物漏网。他叫阮大铖，字圆海，怀宁（今安徽安庆）人。因风流倜傥、美髯飘逸，时人又称他“阮大胡子”。阮大铖为人十分狡猾。天启初，由行人擢给事中。这时候“阉党”和东林党斗争激烈。阮大铖靠巴结魏忠贤擢太常寺少卿。但又“阴虑其不足恃”，就故意装出与魏忠贤无关的样子。他每次谒见魏忠贤后，都要行贿魏忠贤的守门人，把自己的名刺（片）退回来，不留下巴结魏阉的把柄。所以，后来“逆案”定罪时，只是将他削职为民，并未从重处罚。阮大铖丢官多年，不甘寂寞。他最初也很想接近复社，改入清流，但几经努力都不被复社所容。要说这“阮大胡子”的才学和政治能力并不差，诗词文章在士林中也很有影响。崇祯九年（1636），他来到留都南京，邀约同人，谈兵论剑，四处活动，想证明他是一个能安边定策的人才，以便得到国家的重用。这事立即引起复社同志的警惕。参见《明史》卷三八《奸臣传》；又，谢国桢：《明清之际党社运动考》，中华书局1982年版。
崇祯十年（1637），当时在南京的复社成员决定公开剪除此凶。于是，大家联名公开出帖，史称《留都防乱公揭》。《公揭》以国家安危为出发点，以大量事实为依据，行文痛快淋漓，声情并茂，堪称晚明第一檄文！《公揭》首先指出阮大铖是魏忠贤“逆案”中应遭诛*的罪人，揭发他潜伏故乡和南京的种种阴谋活动：……如逆党阮大铖者可骇也。大铖之献策魏，倾残善类，此义士同悲，忠臣共愤。所不必更述矣。乃自逆案既定之后，愈肆凶恶，增设爪牙，而又每骄语人曰：“吾将翻案矣，吾将起用矣。”所至有司，信为实然。凡大铖所关说情分，无不立应，弥月之内，多则巨万，少则数千。以至地方激变，有“*了阮大铖，安庆始得宁”之谣。意谓大铖此时亦可稍惧祸矣。乃逃往南京，其恶愈甚，其焰愈张。歌儿舞女，充盈后庭；广厦高轩，照耀街衢。日与南北在案诸逆，交通不绝，恐喝多端。而留都文武大吏，半为摇惑，即有贤者，亦噤不敢发声。又假借意气，多散金钱，以至四方有才无识之士，贪其馈赠，依其荐扬，不出门下者盖寡矣……接下来，《公揭》呼吁将“阮大胡子”赶出留都，以防后患。《公揭》的签名者们似乎已经意识到阮大铖日后的疯狂报复，但却坚定不移地写道：……夫孔子大圣人也，闻人必诛，恐其乱治。况阮逆之行事，具作乱之志，负奸诡之才，惑世诬民，有甚焉者。而陪京之名公巨卿，岂无怀忠报国，志在防乱，一折衷于《春秋》之义者乎？杲等读圣人之书，负讨逆之义，志动义慨，言与愤俱。但知为国除奸，不惜以身贾祸。若使大铖罪状得以上闻，必将重膏斧钺，轻投魍魉。即不然，而大铖果有力彰天，威能*士。杲亦请以一身当之，以存此一段公论，以寒天下乱臣贼子之胆！而况乱贼之必不容于盛世哉！……按：《公揭》文原载冒鹤亭：《巢民年谱》，转引自谢国桢：《黄梨洲学谱》，商务印书馆1956年版，第117—120页。
《公揭》第一个签名者就是当年东林书院掌门人顾宪成之孙顾杲。此后，黄宗羲、万泰、陆符、杨廷枢、梅郎中、沈寿民、冯京第、陈名夏、冒襄、吴应箕等140人皆实名具出！他们大多数是江南复社名士。《公揭》公布后，“阮大胡子”惊恐万状，只好搬出南京城，躲在牛首山。同时，也就此埋下了他后来迫害黄宗羲、万泰等复社成员的祸根。
东林复社和阉党的斗争虽然随着南明政权的灭亡而告终，但其影响却一直延至清初。万泰和他的朋友们亲自参加了这一斗争。他们忠奸分明的立场和书生报国的情怀对斯同的一生产生过巨大的影响。若干年后，斯同又和黄宗羲、梅郎中、沈寿民、陈名夏等人的后代相遇，彼此一见如故，情同手足。那是后话。更为重要的是，这段明朝历史不容回避的情节究竟应当如何书之汗青，这对于后来执掌史笔的斯同也产生过深远的影响。
万氏八龙万泰共有八子一女。均按“斯”字辈排下。他们大多生长在明末清初。天崩地裂的时代巨变非但不可能使他们当中的任何一个再世袭为官，更为严重的是，当清军占领宁波之后，他们突然从富家子弟变成无家可归，甚至无钱娶妻、缺衣少食的穷人。面对不可逆转的命运，万氏兄弟几乎作出了一致的选择：苟全性命于乱世，不求闻达于新朝。虽然如此，但他们并没有向厄运低头，通过自己的努力拼搏，或立德而见称乡邦，或立言而著作等身。时人号称“稷下八龙”或“万氏八龙”！
