仙剑共分为五部，每部之间剧情有密切联系。从大环境看，五部分别讲述了五个大时代的故事；从小环节看，每部之间的人物多有交叉，一些角色从旁出现，仿佛穿越了时间和空间，像是注定有缘的存在。
比如，张翼德在《仙剑一》中是一名卫士，而在《仙剑四》中则成为了星空之巅的领袖；夙瑶则在《仙剑一》中是一个神秘的影子，而在《仙剑五》中成为了主角之一。这种人物的重返和故事的连接，使得整个仙剑系列就像是一个庞大的宇宙，铺陈在我们面前。
《仙剑奇侠传》系列的每一部作品都是独立的故事，但是它们之间有联系，都围绕同一主题展开，即“仙人耳目相传，人间恩怨情仇”。每部作品都探讨人性、爱情、友情与世界观等主题，让人们明白传统文化中的价值观念，并在改编中增加了科幻元素、人类进化等现代元素，力求让整个系列更加完整、深刻。
每部作品中都存在穿越时空相互联系的元素，如各个部分的武器和宝物的属性、印记、符文一一对应，主要角色的身世和命运也有着联系和交集。
