刘裕在消灭了荆州势力后，为了进一步确立自己的威望，同时为了满足南方百姓北伐的愿望，解除来自北方的威胁，发动了对南燕慕容超的战争，并一举消灭了南燕，刘裕建立的功业，已经超过了前辈祖逖、桓温，他距离自己的目标也越来越近了。但这个时候刘裕却后院失火了，孙恩虽然死了，但卢循一直在广州蛰伏不出静待时机，他知道刘裕的厉害，也被刘裕打怕了。
卢循到了广州后，在这里足足住了五年零四个月的时间，在这期间，农民军进行了休整和补充。
最佳的时机：刘裕北伐南燕，为卢循提供了北进的最佳时机。刘裕在北方打得热火朝天，此刻就是千载难逢的时机，但是卢循还是犹豫不决瞻前顾后，下不了决心。这个时候，徐道覆亲自到广州番禺劝卢循进兵，他对卢循说：
“本住岭外……正以刘公难与为敌故也。今方顿兵坚城下，未有旋日。以此思归死士，掩袭何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机……若平齐之后，小息甲养众……自率众至豫章，遣锐师过岭……恐必不能当也。今日之机，万不可失。”——《宋书·武帝纪》
对于徐道覆的建议，卢循没有说什么，只是沉默不语。见卢循还是犹豫不决，徐道覆又对卢循将了一军，他对卢循说：
“君若不同，便当率始兴之众，直指寻阳。”——《晋书·卢循传》
在徐道覆的步步紧逼下，卢循才勉强同意了徐道覆的意见。徐道覆是个坚定果敢的农民起义将领，事实上在找卢循之前，徐道覆早就为北进做好了准备。当初他攻占了始兴以后，就派人建造船只，积极准备北进。
循自始兴寇长沙，道覆寇南康、庐陵、豫章，诸守相皆委任奔走。——《资治通鉴·卷一百一十五》
公元410二月年，卢循和徐道覆在始兴会合，随后分别两路，西路由卢循率领，从始兴攻下长沙，后推进至巴陵，准备攻取江陵；东路由徐道覆率领破南康，接连攻克卢陵、豫章，兵封直指建康。
安成忠肃公何无忌自寻阳引兵拒卢循。………贼众云集，无忌辞色无挠，握节而死。——《资治通鉴·卷一百一十五》
卢循所率领的农民战士战斗力极强，东晋江州刺史何无忌自寻阳引兵南下，抵御徐道覆，三月，何无忌在豫章战死。
刘裕的对策：坚壁不出打消耗战，卢循不战自退。刘裕在前线得到消息后，慌忙班师南归，自己只带了几十个人，在四月中旬的时候，才赶回了建康。
五月，戊午，毅与循战于桑落洲，毅兵大败，弃船，以数百人步走，馀众皆为循所虏，所弃辎重山积。——《资治通鉴·卷一百一十五》
卢循到达巴陵后，接受徐道覆的建议，东下与徐道覆会师，然后集中力量攻取建康。东晋江、淮驻军纷纷入卫建康。豫州刺史刘毅率水军两万从水路阻击农民军，五月农民军在长江中大败晋军，刘毅留下的全部船只和辎重，只带了几百人狼狈逃走。农民军接连打败北府兵重要将领何无忌和刘毅，因而声势大震。
这时候东晋方面，刘裕刚刚从北方战场回来，部队还没有得到休整，因此可战的力量并不多，建康城内人心惶惶，大家都商议要迁都。刘裕认为一旦要迁都，东晋政权就会土崩瓦解，坚决不同意。当农民军到达淮口时，东晋政府全部内外戒严，同时征发居民修筑防御工事，稍后江、淮入卫建康军队陆续开到，分兵守卫各个军事据点，到了这个时候，农民军已经失去了“攻其不备，出其不意”的有利战机。
初，循至寻阳，闻裕已还，犹不信；既破毅，乃得审问，与其党相视失色。循欲退还寻阳，攻取江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。循犹豫累日，乃从之。——《资治通鉴·卷一百一十五》
卢循在北上进军中，常常处于被动地位。他最开始不愿意出兵，只想偏安一隅，后来在徐道覆的劝说下才勉强出兵。后来在行军途中听说刘裕已经回到了建康，立刻大惊失色，竟然想退兵占据江陵，在徐道覆的反复劝说下，才同意继续进兵。这样一来就为刘裕赢得了足够多的时间，可以进行部署。
徐道覆请于新亭至白石焚舟而上，数道攻裕。循欲以万全为计，谓道覆曰：“大军未至，孟昶便望风自裁；以大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，乾没求利，既非必克之道，且*伤士卒，不如按兵待之。”——《资治通鉴·卷一百一十五》
徐道覆曾经向卢循建议，水军登陆后焚毁船只，使士兵们下决心死战，但是卢循认为这样做太冒险了，并没有采纳他的建议。而是等待东晋自己内乱，结果东晋不仅没有内乱还在刘裕的指挥调度下，做好了和卢循决战的准备。这个时候的卢循才向刘裕进攻，刘裕统帅北府兵主力列阵于秦淮河南岸，坚壁不战和卢循打起了消耗战。
退路就是死路：卢循和徐道覆在建康之战时开始，就已经无法扭转大局了。卢循围攻建康两个多月，粮食给养都出现了问题，只好退兵寻阳。这年的十月，徐道覆率领水军三万攻取江陵，结果大败损失了几万人。十二月，卢循和徐道覆又与晋军在大雷、左里大战，损失了数万人。这一战以后，农民军的元气大伤，卢循收拾散兵数千人向广州番禺转移，徐道覆也退回了根据地始兴。
道覆保始兴，因险自固。循乃袭合浦，克之，进攻交州。至龙编，刺史杜慧度谲而败之。——《晋书·卷一百·列传第七十》
到了第二年的二月，晋军攻破了始兴，农民军的中坚力量徐道覆被*，卢循失去了最后翻盘的机会。三月的时候，卢循到达了广州，但这里已经被晋军占领，卢循攻击番禺二十几天都没有攻下，转战到交州地界时，兵败投水而死。至此，孙恩、卢循领导的浙东农民起义彻底失败。
起义失败的三个原因：无根据地、无进取心，无决断力。纵观孙恩、卢循所领导的浙东农民起义全过程，导致其失败，主要有以下三方面的原因：
一、孙恩在浙东登陆后，在形势一片大好的情况下，没有及时建立自己的根据地，一发现形势不利，就仓皇推到海岛上。这样一来不仅失去了和大陆百姓的联系，而且几十万的部队撤退到海岛上，粮食给养又得不到保证，给农民军带来了很大的困难。
二、卢循取得农民军领导权后，虽然采用各种手段巩固根据地广州，但他实际上只是贪图割据一方，并没有推翻东晋王朝的决心和信心。等到刘裕北灭南燕，初步满足了江南人民抗敌要求之后，他迫于三吴战士的思归要求和徐道覆的态度，才勉强北进，使得农民军不容易保持其战略主动地位。
三、卢循作为农民军最高统帅，在作战指挥上往往举棋不定，多疑少决是他的性格特征。不能利用有力战机争取胜利，农民军在建康城下，从优势变成劣势，从主动变成被动，最后竟然一败涂地，最主要的原因就是卢循主观错误造成的。
东晋覆灭：统治基础的崩塌，王谢家族的衰落，北府新势力的崛起。浙东农民起义给东晋王朝严重的打击，从此东晋王朝名存实亡，在这次农民战争中受到沉重打击的还有东晋政权的主要支柱，以王谢为首的北来的世族大地主，他们在浙东的庄园和财产受到严重冲击，丧失了数目众多的奴客。王凝之、谢邈配*，谢琰阵亡，说明此时的他们，已经被削弱到了简直不能抵抗的进步。从此他们在政治上的地位一落千丈，成为了随声附和之人，曾今高高在上的世家大族，成为了北府将领的陪衬。
在这种情况下，唯一得利的就是新兴的北府将领们，他们从农民起义失败的结局中得到利益，最后不仅从王谢等世家大族手里夺取了政治领导权，又消灭了桓玄代表的地方番镇势力，而且他们在东晋王朝的废墟上，建立起了属于自己的新王朝。
一个人的历史，一家之言。
