太平天国的历史往往容易给人造成一种印象：天王洪秀全似乎是被架空的，而东王杨秀清才是手握实权的。太平天国史研究专家罗尔纲先生曾对太平天国的政体做出过一个著名的论断：太平天国实行的是军师负责制。 罗老前辈认为：太平天国的军师负责制是“农民民主传统”的集大成者。在这一体制下身为天王的洪秀全本就该是虚君，而洪秀全在太平天国后期破坏了这套军师负责制则是犯了封建化错误。
罗老前辈所得出这一结论其实多少是当时特定历史时期意识形态的反映。他认为洪秀全这个天王本就该是虚的，所以他就该像英国国王、日本天皇那样只发挥精神象征性作用，至于国家的军政大权本就不该是由他过问的，而洪秀全在太平天国后期开始管事、揽权的行为则是对太平天国政权既定制度的破坏。照这一逻辑而言：1853年太平天国定都天京时洪秀全垂拱而治、杨秀清独揽大权是完全合理合法的。
如果太平天国真如罗老前辈所说的那样实行的是军师负责制，那么身为军师的杨秀清本就该负责处理天国一切军政事务，而身为天王的洪秀全就该是一个只发挥精神象征性作用的虚君。那么事实是否果真如此呢？事实上太平天国政权的组织架构在中国历史上是极为罕见的特例：中国历史上绝大部分时间宗教对国家政治生活其实几乎是没什么影响的，不过太平天国政权恰恰就是一个例外。
太平天国的政权构建是依赖于拜上帝教这一意识形态的。这样的组织架构更类似于中世纪的欧洲、哈里发时代的阿拉伯帝国以及我国西藏地区旧时代的达赖政权这些典型的政教合一结构，然而这种政教合一政权在中国历史上是极为独特的。这就决定了太平天国政权必然会表现出一些不同于传统中国王朝的特征。我们可以对如今仍保留政教合一制度的伊朗作为参考推断出政教合一政权的一般性特征。
在伊朗最高宗教领袖负责制定国家大政方针并监督其执行。最高宗教领袖是武装部队统帅，拥有宣布战争、和平和总动员令的权力，可以下达全民公决令，也可以任命或罢免总参谋长、伊斯兰革命卫队总司令、广播电视局局长和司法总监等官员。民选总统必须由最高宗教领袖批准方可生效，最高宗教领袖可以根据议会或最高法院的裁决罢免总统，总统如要辞职也需向最高宗教领袖递交辞呈。
由此可见伊朗最高宗教领袖是国家立法机关、行政机关、司法机关和军队系统的最高*，即使是伊朗总统也要服从于最高宗教领袖所制定的国家大政方针。伊朗的最高宗教领袖既是这个国家权力最大的人，也是这个国家最神秘的人。最高领袖在公众面前的曝光度远远不及民选政府的成员。事实上伊朗的最高宗教领袖更多是处于一种统而不治的状态。
掌握国家立法、行政、司法、财政以及军队最高权力的最高宗教领袖实际处于伊朗国家权力体系的最顶层，然而国家的内政外交等日常行政事务却并不由最高宗教领袖处理。如果把伊朗比作一家公司，那么最高宗教领袖就相当于集团董事长，是公司的最高*，但一般不参与公司的日常经营运作；总统则是根据伊朗宪法赋予的权限实际处理伊朗政府的日常事务，相当于公司首席执行官。
这也就是说最高宗教领袖确立国家发展的大方向不动摇，但不具体处理政治经济事务；总统则是具体经办政府事务，但必须服从于最高宗教领袖确立的国家发展大方向。太平天国政权与此具有一定的相似性——如果我们将太平天国政权同样比喻为一家公司，那么洪秀全就是集团董事长，而杨秀清则是经办具体事务的执行官。事实上洪秀全从没想过做一个虚君。
记述洪秀全早期事迹的太平天国官书《太平天日》曾记载过：1837年洪秀全在做了一场异梦之后对姐姐洪辛英说的第一句话是“朕乃太平天子”。早在洪秀全传教之初就对“君不君、臣不臣、父不父、子不子、夫不夫、妇不妇”的现象深恶痛绝，那时的洪秀全就把“总要君君臣臣父父子子夫夫妇妇”的愿景挂在嘴边。洪秀全心目中理想的“君”绝非是什么虚君。
洪秀全在“谋国”、“打江山”的过程中也从没想过只做一个空有虚名而无实权的“虚君”。在洪秀全添油加醋极力渲染的“上天诛妖”事迹中天父上帝赐给他一枚金玺和一柄战刀：前者表示承认他是“天下万郭真命真圣主”，后者表示授予他生斩邪留正、生*予夺之权。洪秀全之所以一再强调这个故事就是为了强调自己既有权综理国务，又有权决断征战*伐，而这两项大权是直接由天父上帝亲自赐予的。
从洪秀全这一系列早期事迹可以看出：洪秀全所秉承的仍是传统君君臣臣父父子子的封建纲常伦理观念，而他所极力渲染的“上天诛妖”事迹其实和陈胜的篝火狐鸣、刘邦的斩蛇起义有异曲同工之处。这样一个人怎么可能会有虚君意识呢？太平天国立国之初东王杨秀清、西王萧朝贵都是战场上的悍将，然而却并不擅长构建政府框架的文治工作，所以太平天国的政权建构是由洪秀全和他身边的笔杆子们设计的。
太平天国的官职体系实际上所反映的是洪秀全的意志，而非罗老前辈所认为的实际负责的杨秀清的意志，而洪秀全所构建的这套官职体系实际上就是一个再传统不过的君主集权体系。这一时期太平天国官方文书中从不提什么虚君。太平天国发行的儿童识字课本《幼学诗》中写道：“天朝严肃地，咫尺凛天威；生*由天子，诸官莫得违。一人首出正，万国定咸宁；王独操权柄，谗邪遁九渊”。
就连由罗老前辈所谓的“军师负责制”的一把手杨秀清授意编写的《天情道理书》也清清楚楚写着“王独操权柄”——洪秀全说了才算。然而从1851年金田起义到1856年天京事变期间洪秀全这个按纸面规定一点也不虚的君却的的确确给人以虚君的感觉。事实上持有这种观点的并非只有我们现代人：当初清政府在镇压太平天国时就将其称为洪杨匪患，由此可见作为对手的清政府是将杨秀清置于和洪秀全几乎同等的地位。
太平天国定都天京（今南京）后仿照历代王朝的模式组建了六部百官，看起来似乎也构建一种传统中国式王朝的政治架构，可实际上真正执掌六部事务的却是东王府属官——东殿六部，太平天国的六官丞相完全成为了标志干部级别的虚衔，实际军政事务几乎完全由东王杨秀清安排，而理论上本该听命于天王洪秀全的各军都要听东王号令。在当时太平天国的各路将佐如不奉杨秀清号令是没任何自主行动权的。
在军事上各路将佐需要奉东王号令，那么在内政上呢？当时太平天国的法制、礼仪、服饰、历法是由杨秀清领衔制定后上呈洪秀全下旨颁布，处决要犯、任免官吏也需要通过这样一套流程。这样看来内政事务的决定权是掌握在洪秀全手中的，然而实际上洪秀全对杨秀清的上奏是一概允准的，这自然使人产生一种感觉就是杨秀清才是太平天国政权内部真正掌握实权的人物。
有一段时间清政府甚至怀疑洪秀全是否实有其人或是早已死亡，也就是说清政府认为太平天国实际上是由杨秀清领导的，而洪秀全只是被塑造出来的精神偶像。事实上杨秀清大权在握的格局有一半可以说恰恰是由于洪秀全的放任自流造成的。我们前面已提到太平天国的人事任命、死刑核准等事务实际上是必须洪秀全下旨才能生效的，按说他完全有权过问这些事务。
然而实际上不要说让他考核某个官员是否该升迁或降职，甚至就连新上任官员的谢恩本章这种官样文章都懒得多看。洪秀全为什么如此放任杨秀清呢？这实际上太平天国政权的政教合一本质所决定的。参考伊朗的例子就不难发现：政教合一政权的最高统治者往往居于一种幕后操纵的状态，手握国家实权的伊朗最高宗教领袖就并不过问日常行政事务。这是由政教合一制度的特性所决定的。
宗教领袖的权威来自于神秘性。如果让宗教领袖充分暴露在大众视线之下就会使人们发现原来宗教领袖也只是一介凡夫俗子，如果宗教领袖处理日常政务就会使人们发现原来宗教领袖也是可能犯错误，这样就破坏了神权统治的神圣权威性。洪秀全作为一个政教合一政权的领袖同样需要在人前保持相当的神秘性，那么他一般不介入日常政务也就不难理解了。
洪秀全之所以较少过问日常政务其实更多是因为他一直忙于他认为更加重要的宗教事务：入住天王府后洪秀全先后创作了500首《天父诗》、《御制千字文》等著作，又亲自删改了《圣经》等。处理繁琐的政务并非洪秀全的兴趣和能力所在，他更喜欢致力于他看来更重要的神学并借助神的力量驾驭控制部众。洪秀全并不认为这是不务正业，因为他认为自己所从事的与天父上帝沟通的工作比凡间的军政事务更重要。
奇怪的是伊朗的宗教领袖同样不过问日常政务，可大家都认为他是伊朗实际上的最高统治者；相比之下洪秀全不过问日常政务为什么就被大家视为是被架空呢？说到底太平天国这种政教合一的组织结构在中国历史上是罕见的特例，因此我们中国人仍习惯性将洪秀全定义为一个王朝的君主，这就使我们往往忽略了他同时还具备的宗教首脑这一特殊身份。
如果我们先入为主将洪秀全定义为一个君主，那么他的行为在我们中国人的传统印象中是典型的不务正业，然而洪秀全的行为如果置于太平天国特殊的政教合一结构下考虑就完全合理了。事实上所谓杨秀清手握实权这种说法置于太平天国特殊的政教合一结构下考虑其实是不成立的：在太平天国的政权结构中教权是一项极为重要的权力，而这显然是掌握在洪秀全手中的。
至于日常军政事务由杨秀清负责能否证明他手握实权呢？为什么没人认为伊朗总统的权力比最高宗教领袖更大呢？为什么没人认为公司的首席执行官的权力比集团董事长更大呢？这里的关键在于：政教合一政权的宗教领袖尽管居于幕后操纵的状态，但一定要具备控制日常政务负责人的实力。掌握国家的军队、财政以及人事任命等关键大权的伊朗最高宗教领袖即使在不过问日常政务的前提下也能对国家政治生活形成控制。
那么在太平天国内部军队、财政、人事任命都要害大权究竟是掌握在谁手中呢？事实上我们前面已提到军队的调度、人事的任免等重大事务的决断权在太平天国的组织架构体系中本来是掌握在洪秀全手中的。那么为什么给人的感觉却是杨秀清手握实权呢？这其实有两方面的原因：一方面就是上文提到的洪秀全更热衷于宗教事务，因此对杨秀清的行为在客观上起到一种放任自流的效果。
这方面最典型的例子就是上文提到的洪秀全对杨秀清的上奏看都不看就直接允准。其实还有一个原因使人们感觉杨秀清才是太平天国真正手握实权的人物：太平天国和今天的伊朗还是有所不同的——今天的伊朗尽管受到美国的制裁和威胁，但毕竟还是经历了几十年的和平时光；相比之下太平天国从建立到灭亡一直处于持续的战斗状态，在这种情况下自然会使军事领袖的形象显得更加突出。
杨秀清在处理军事和政治事务上的能力显然是高于热衷于宗教事务的洪秀全，久而久之太平天国的日常政务运作自然就形成了以杨秀清为核心的格局。此外太平天国政权的形成过程也容易使人形成洪秀全被架空、杨秀清独揽大权这种印象。事实上在拜上帝教的早期传教过程中洪秀全对通过科举步入仕途抱有一定希望，所以对传教活动表现得三心二意，而南王冯云山才是拜上帝教早期最主要的传播者。
据《李秀成自述》所言：“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”。冯云山在传教活动中大力宣传洪秀全“奉天诛妖”的伟大使命，从而把自己塑造成为“被洪秀全派到紫金山的干部”。冯云山把根本没在身边的洪秀全树为一把手，而自己甘当二把手其实也是煞费苦心：树立一个远在天边的偶像就会使信众产生“冯先生这么厉害还得服洪先生，那么洪先生自然就更厉害”这样一种心理。
这样就更容易形成神话，也就更容易聚集起人马。即使后来洪秀全没去紫金山和冯云山一起干，那么冯云山也会按部就班起兵造反，只需像当初陈胜、吴广起义时奉扶苏、项燕为偶像一样把远在天边的洪秀全树立为精神偶像即可。洪秀全来到紫金山以后尽管冯云山把他奉为精神领袖，然而拜上帝教最早的组织架构是掌握在冯云山手中的，所以洪秀全从一开始就在信徒中并不处于绝对强势的地位。
这时实际上就已形成了洪秀全作为最高精神领袖，而冯云山掌管拜上帝教日常运作这样一种复杂的格局。1847年冯云山被捕入狱，洪秀全急往广州筹策营救，一时间拜上帝教陷入群龙无首的境地。就在拜上帝教最危难的时期杨秀清以天父上帝下凡附体的方式安抚人心。那时杨秀清的所作所为是在维护拜上帝教的利益，作为教主的洪秀全自然也没任何意见。
然而定都天京后杨秀清所掌握的这项政治资源的威力逐渐表现出来：尽管理论上杨秀清是臣子，然而即使是贵为天子的洪秀全也得听天父上帝的吧？杨秀清在没”真神附体“时也的确是以臣子的面目出现，对洪秀全也保持着应有的尊重，然而只要洪秀全有令他不满的地方随时能以天父下凡的名义进行对抗。这时南王冯云山、西王萧朝贵已死，太平天国的首义六王已减员三分之一。
在太平军打进南京城的军事行动中东王杨秀清发挥了至关重要的作用，加之他又拥有代天父传旨这一特权，所以金田起义之时天王和五军主将共治的政治格局悄然转变为东王节制诸王、与天王共治的局面。杨秀清在太平天国内部特殊超然的地位由此形成。定都天京后杨秀清一面连骗带抢拿走了部分实权，另一方面热衷于宗教神权事务的洪秀全对政务的不上心也进一步使杨秀清得以实际执掌军政大权。
一开始洪秀全也并不觉得这有什么难以接受的，因为洪秀全本就对处理日常琐碎的政务没多大兴趣。天京事变后洪秀全曾对韦昌辉表示：“尔我非东王无以至此”。由此可见洪秀全对杨秀清的能力是认可的。杨秀清的专权一方面是自己有意揽权，另一方面也是洪秀全主动放权所致。然而随着时间的推移使拥有代天父传旨这一特权的杨秀清实际上已把自己的权力渗透到洪秀全视为禁脔的神权范围之内。
杨秀清甚至曾以天父下凡的名义公然杖责天王洪秀全，尽管由于韦昌辉、秦日纲等人的求情使洪秀全免于杖责，然而不用说这种公开的羞辱令身为一国之君的洪秀全有多难堪。如果说在此之前由着杨秀清实际掌握政务运作是洪秀全所能接受的，那么如今杨秀清以天父上帝的名义迫使自己屈居其下则令洪秀全难以接受了。不过如果杨秀清能在天父下凡一事上把握分寸，那么他和洪秀全的矛盾还不至于立刻爆发出来。
毕竟洪秀全之所以能顺利当上天王与当年杨秀清代天父传言证明他是上帝次子、耶稣胞弟是密不可分的。一开始杨秀清在天父下凡一事上还是注意分寸的：就在杖责事件两天后杨秀清就以臣子的身份登朝谢罪，尽管太平天国的实际军政事务完全由他负责，可他无论大事小情总是不厌其烦履行先请示洪秀全的程序。可随着军事形势的发展使杨秀清的权力越来越大，他在天父下凡一事上已开始有意无意忽视分寸。
这就令洪秀全不免担心起来。洪秀全尽管是拜上帝教的宗教领袖，可他也同样熟读《周礼》等传统典籍。《周礼》中提到了天子八项最重要的权柄：爵、禄、废、置、生、*、予、夺，也就是说用人权、提拔权、赏赐权、赦免权、废黜权、降职权、没收权、处死权这八项大权必须由决策者亲自掌握，其他的权力都可以放弃，然而如今这八项大权全都旁落东殿又怎不令洪秀全感觉芒刺在背？
在洪秀全和杨秀清的博弈格局中洪秀全所掌握的是教权——通过宣扬君权神授树立自己的绝对权威。古人是十分讲究尊卑君臣之道的，普通百姓与士兵均知道造反是大罪，所以轻易是不会去造反的。而在太平天国这种政教合一政权内部人们更是对洪秀全被赋予神性的绝对权威有一种天然的敬畏感，这是他得以和杨秀清抗衡的基础。当然杨秀清方面也有自己的优势。
在太平天国面临持续战斗的情况下作为军事领袖的杨秀清在太平天国内部拥有巨大的权力。然而太平天国并非只有洪、杨两个人，太平天国面临的持续战斗格局要求赋予主将临机决断的高度自主权，事实上韦昌辉、石达开、秦日纲、陈承镕等人也都有相当的权力。表面上看太平天国各路将佐都要奉东王号令，可实际上说到底各路官兵都直接听命于领兵大将：韦昌辉、石达开、秦日纲等人麾下都有规模不小的劲旅。
这些人中任何一个都不具备与洪、杨分庭抗礼的实力，但他们倒向任何一方都会深刻影响洪杨博弈的格局，而洪秀全所要做的就是争取这些人的支持从而实现借力打力。当时随着杨秀清权力的日益膨胀也变得越发骄横起来，这导致他实际上和各路将领的关系都比较紧张：韦昌辉、秦日纲、陈承镕等人都曾受过杨秀清的杖责。更令这些人感到恐怖的是：杨秀清几乎对他们的一举一动了如指掌。
很显然这不是因为杨秀清真有什么天父附体的神功，而是因为杨秀清针对他们编织了一张巨大的情报网络，使这些人时时刻刻处于如履薄冰的境地。至此扳倒杨秀清实际上已成为太平天国高层的一种共识，洪秀全只需要利用自己在太平天国政教合一体系中独特的号召力拉拢这些人将等于是将杨秀清置于太平天国所有高层将领的对立面，即使杨秀清再怎么大权在握也无法和如此庞大的一股力量抗衡。
1856年9月2日北王韦昌辉、燕王秦日纲乘夜率三千兵众突袭东王府，东王杨秀清及其家属、部众几乎尽遭屠戮。杨秀清的政治军事才能在太平天国领导层中的确是极为突出，甚至可以说太平天国在早期所取得的军事成就主要就是他的功劳，然而他低估了洪秀全在太平天国政教合一体系中的影响力。这种力量平时看不见摸不着，可一旦发挥起来就非同凡响。
加之杨秀清平时由骄横跋扈，不注意团结各路将领，最终使自己成为所有高层将领的眼中钉、肉中刺，这也就注定了他的悲剧命运。杨秀清的死使太平天国的政治格局经历了一次大洗牌：北王韦昌辉在*死东王杨秀清之后开始膨胀起来。韦昌辉被压抑已久的野心开始突然爆发：曾经谦恭拘谨的北王突然变成了比昔日的东王杨秀清更傲慢、更疯狂的*手。
韦昌辉在*死杨秀清的同时顺带屠*了杨秀清的家属和东殿的部属，闻讯赶来劝阻的石达开被逼出走，而石达开的家人则全部被韦昌辉所*害。这就引发了韦昌辉与石达开之间的矛盾。韦昌辉只有杨秀清的做派和野心，却没杨秀清的能力才干。杨秀清的权威一大半来自于自己，然而韦昌辉的政治能力、军事能力都不及杨秀清、石达开等人。韦昌辉完全是依赖天王洪秀全的授权背书才能借力打力除掉杨秀清。
韦昌辉就像是明末的魏忠贤、乾隆朝的和珅等人一样看起来显赫风光一时，然而他的权力其实完全来自于天王的授权背书。韦昌辉并没自己牢固的权力基础，然而他自己却并未意识到这点，甚至转而试图凌驾于授权于他的天王之上，殊不知只要一旦洪秀全取消对他的支持就会立刻使他成为众矢之的。事实上当韦昌辉作威作福之时洪秀全已在暗中联络天京城内的秦日纲、陈承镕和城外的石达开等人。
当韦昌辉发现这点后竟恼羞成怒围攻天王府，结果宫城城墙上打出了石达开的黄心蓝边旗，适才还不可一世的北王顿时众叛亲离、死于非命。至此太平天国的天王、东王、西王、南王、北王、翼王这六个金田起义时的早期王爵中已只剩下天王洪秀全和翼王石达开。被东王和北王弄怕了的洪秀全再也不敢信任异姓外臣：他分封自己的哥哥洪仁发、洪仁达为安王、福王，以分散石达开的权力。
石达开意识到洪秀全已对自己起了猜忌之心。1857年7月2日石达开率部出走。在此后的六年间石达开始终打着太平天国的旗号转战数省，直到最终在大渡河边全军覆没。尽管在这六年间石达开实际上已发展成为一股独当一面的势力，然而仍始终打着太平天国的旗号；而洪秀全尽管对他不喜不满，却也始终保留着翼王的职衔。君臣二人用这样一种既分家又不分家的方式实现了代价高昂的政治再平衡。
这高昂的代价就是最终被清军各个击破。自石达开出走后太平天国的早期人才几乎已全部凋零，由此形成了国中无人、朝中无将的局面。尽管洪秀全通过启用洪仁玕、陈玉成、李秀成等太平天国后期人才在一定程度上挽回了一下局面，然而最终还是没能挽救太平天国走向覆灭的命运。1864年8月太平天国的首都天京被湘军攻陷，太平天国政权就此覆亡。
