公元1368年，朱元璋建立大明，登基为帝，当年七月派徐达北伐，在徐达的带领下，各路大军沿运河直达天津，二十七日进占通州。八月，明军进逼大都，元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔（蒙古语意为“铁锅”）带领三宫后妃、皇太子等开健德门逃出大都，从居庸关逃奔上都。元朝从忽必烈定国号元开始历时经十五帝立国九十八年 。大元就此结束在中原的统治，丢失四百年的幽云十六州再次回归中土。1370年四月二十八日，元顺帝忧愤之下驾崩于应昌，享年五十一岁。庙号惠宗。太子爱猷识理达腊继位，史称昭宗。这时候的元朝就被称为北元了。（明朝称“鞑靼”）。
朱元璋在得知元顺帝驾崩以后，命右丞相徐达为征虏大将军，李文忠为左副将军，冯胜为右副将军，出兵进攻北元。 北元大败，昭宗爱猷识理达腊逃到漠北，其子买的里八剌等被俘。元朝虽败，但在蒙古的体系还在，残余势力在蒙古有着巨大军事实力和政治影响力，让元朝宗室觉得还有翻盘的可能性。当时元朝最大的军事集团就是王保保（赵敏哥哥）的三十万大军在山西。再就是李思齐、张思道有数万兵在陕西，在辽阳宗室佣兵十万之众，云南还在蒙古控制之下。实力确实不容小觑。
可惜，北元遇见的是一代雄主朱元璋，深谋远虑的朱元璋深知王保保一代骁将，必须及早除之，山西的王保保不除，元朝就有死灰复燃之日。于是，朱元璋命徐达、常遇春两人联手平定王保保。徐达、常遇春兵法大家，连续攻克晋城和长治，合围太原。
王保保在听说老巢被围，立刻回军救援。但为时已晚，王保保在半道得知明军已经拿下太原。王保保并不甘心，挑选精兵准备夺回太原，但徐达技高一筹。策反了王保保部将，当晚内外夹击连夜劫营。元军顿时前线惊溃，王保保根本没有想到会窝里反，惊慌中跳上一匹马就跑，狼狈得脚上只穿一只靴子。数万大军被徐达全部剿灭。王保保只身逃到宁夏。山西完全被徐达占据。然后就是徐达南下进兵西安，大将常遇春率军继续北进，常遇春连战皆捷，相继占领攻克会州（今辽宁平泉）、大宁州（今辽宁朝阳）。北元只得逃往应昌（今内蒙克什克腾旗）。
徐达大军直下奉元（今西安），元将张思道，李思齐虽有十万大军却是未战先逃，西奔临洮。在徐达军事和政治压力下，李思齐向明军投降。张思道跑的挺快，从西安往宁夏方向逃，到了宁夏张思道走投无路，只得投靠王保保。王保保看不起这个一仗不打就跑的长武将，非要宰了喂狗，在部属苦劝之下，才留了性命关进囚牢。张思道有个弟弟叫张良臣，驻守庆阳，张良臣假装诈降徐达，待明军继续前进以后立即“反正“。烧毁明军辎重。使得明军腹背受敌。结果使明军受降部队损失惨重。徐达闻讯大怒，一生征战沙场让你这个二百五摆了一道，徐达指挥四路大军围攻庆阳。元廷派出数道兵增援，皆被围城明军打败溃逃而去。坚守数日，庆阳城破。张良臣跳井未死，被明军捞出后皆剐切于军营之前。
王保保也非无能之辈，得知庆阳失陷后，便集结兵力猛攻兰州。要掐断徐达粮道。猛攻数日不克，徐达亲率援军直扑兰州，王保保认为徐达必走车道峪，于是也是亲自前往，可惜晚了一步。徐达率先占据定西车道峪，与王保保狭路相逢。
元、明两军中间隔一条深沟，徐达深沟高垒坚守不战，就是要打持久战，徐达兵精粮足，有持久战的本钱，王保保本钱不行消耗不起。正犹豫不决的时候，徐达使心理战，命令明军连续数天昼夜不停发动假攻击，使元军不得片刻休息，忽然一天明军闭营休整，王保保总算可以好好睡一觉。殊不知，大半夜间，徐达命明军全军发动攻击，有后退者*无赦。又累又乏的元军根本不敌，近十万将卒被生擒，王保保仅与妻儿数人北走黄河回应昌。又跑了，王保保不知道的是，徐达为救兰州，仅仅带领三万大军急行军占据车道峪。随后就是三万大军击败北元十万大军。可见明军战斗力之强悍。对比崇祯时候的明军。唉，一声叹息啊。这次，王保保基本上也把北元最大一份家底也赔光。
应昌方面城池完整，但最大的问题是粮草不足，难以拒守。王保保上书元昭宗爱猷识理达腊（元顺帝儿子），为保存实力全线撤退。就在犹豫之间，朱元璋的外甥李文忠已经统大军*来。（常遇春暴疾身亡，李文忠继任）李文忠能力丝毫不亚于常十万，一仗下来，李文忠*擒元军数万，并活捉了北元皇帝的皇后、嫔妃、宫女以及他的太子买的里八剌。“新帝与王保保跑最终逃往和林。公元1372年，朱元璋派徐达、李文忠等人大军统十五万精骑准备彻底消灭北元和王保保和爱猷识理达腊。但这一战由于轻敌被王保保*的大败，死了几万人（明朝自己说是一万多）。王保保一鼓作气攻克雁门关，北平震动。
实际上，朱元璋十分喜爱王保保，七次往王保保军营劝降，告诉王保保，只要投降一切皆可应，但王保保皆不应。最后，朱元璋派出元朝降将李思齐劝降王保保。王保保面对昔日老部下十分客气，但就是不降。数日之后，王保保礼送李思齐出境。行至两国交接界之处，有人对李思齐说：“大帅有命，请您留一物当做纪念。”李思齐道，王保保要何物？。”那人说：“希望您留下一臂以为离别之礼！”李思齐自知不免，只得自己抽刀切下一条胳膊交与王保保。几天之后李思齐就死了。
正因如此，朱元璋对王保保更是油然生敬。一日，他大会诸将宴饮，问：“天下奇男子，谁也？”大家皆回答：“常遇春所将不过万人，横行天下无敌手，足可称是真奇男子！”朱元璋摇头一笑：“常遇春虽人杰，我能得而臣之。天下奇男子，非王保保莫属！”实际上，朱元璋就是说的好听，王保保真的投降难免也是刀下之鬼。
公元1376年，徐达带领大军进犯北元，王保保抱病出征，但又败于老对头徐达之手，在在怀柔把他所率元军打得大败而去。几个月之后，正值壮年的王保保染疾而死，其妻毛氏自缢殉夫。洪武十一年，公元1379年，北元昭宗爱猷识理达腊病死。大臣并拥其弟弟脱古思帖木儿为帝。十年后，这位爷在捕鱼儿海（有说是贝加尔湖）被明朝大将蓝玉率十万大军前去攻击。明军*元军数千，生擒近八万人，皇后被蓝玉俘虏之后XX，皇后事后羞愤自*，也埋下蓝玉被*的起因。但脱古思帖木儿本人逃脱。但最后被叛臣也速迭儿缢死。
《明史》里面的“鞑靼”实际上就是北元。后世土木堡之变，堂堂大明英宗皇帝，从此以后大明边关再无宁日。公元1632年，女真鹊起，女真部落猛攻察哈尔，把蒙古最后一位大汗林丹汗打得大败，窜至大草滩急火攻心发痘而死。1636年，女真人建立的后金汗国征服了漠南蒙古。公元1644年，满清在北京坐稳龙庭后，把蒙古诸部划分成四十九个旗。蒙古各部至此永远丧失了崛起的可能性。可以说，满清对蒙古的策略是完全有效的。
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