故事讲述243年前，刚从青铜圣斗士上升为黄金圣斗士的年轻的童虎和史昂二人，得知冥王今世选中的肉体所在的地方，于是决定私自行动。
到达目的地时他们发现冥王选中的少年是一个喜爱绘画的少年·亚伦。正当童虎和史昂要袭击亚伦的时候，亚伦的挚友天马出现，不知圣斗士为何物的天马却穿上了天马星座的青铜圣衣，并向童虎和史昂挥拳相向。
但因为实力悬殊，天马被打倒在地。天马趁乱带亚伦逃走。这时，亚伦体内似乎有某种异样的东西在蠢蠢欲动。
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 (睡神修普诺斯) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘女性，自此亚伦的身体就开始发生了变化。
另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的青梅竹马萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。在两年之后，天马终于成为了天马星座的圣斗士。另外一方面，受到潘多拉引导的亚伦，体内的冥王哈迪斯的灵魂觉醒，并向圣域发动全面进攻……
