第二季《器灵》讲述了一种传说中的锻造技术，即将少女灵魂剥离于兵器之中。最高级别的器灵被称为七煌器灵，只有能够与之签订契约并驾驭它们的人才被称为御灵师。天公会是保护器灵和器灵师的组织，而九卿则是与之对立的御灵师集团。
莫明带着修复后的七煌器灵凝雨乘坐专机来到日本某岛屿，这里是九卿的总部。御管部门的江河也在这里，他告诉莫明，九卿总部有许多机枪手，需要制定详细的行动计划。然而，莫明没有耐心听完行动计划，直接从飞机上跳下去，降落在岛屿上。
莫明犹如战神一般，所向披靡，被修复后的宁宇幻化成人形，协助莫明打败了岛屿外围的第一位。莫明冲进九卿总部，一直找到血巢所在，那里有他需要的血清。空海悠也是一名七煌器灵御灵师（器灵搭档为断魂残雪），他带着新井参观血巢。新井被血巢和收藏在这里的血清所吸引，这时莫明闯了进来。莫明对空海悠不屑一顾，径直走向收藏血清的地方，直接动手去取。空海悠向莫明发动攻击，新井也出手相助，但都不是强大的莫明的对手。莫明放过空海悠和新井，直接拿着血清离开。莫明刚走到九卿总部大厅，便被人包围。就在危急时刻，林晨玉突然出现，救走了莫明，九卿御灵师宇多田（器灵搭档为长信宫灯）。
林晨玉告诉莫明，他已经找到了九卿头目徐福，徐福正在使用赤霄剑里的辛洞之穴修炼，并刚刚完成脱胎换骨。徐福称自己要闭关，将血清的事交给了宇多田去处理。天公会欺凌锻造势力，林晨玉正恢复体力。凝雨有些奇怪，林晨玉为什么会变得虚弱，林晨玉告诉他们，他和器灵雪月在一起了。莫明和凝雨都有些愕然。林晨玉告诉莫明，御灵师和器灵产生感情在一起会大大降低他们的力量。他劝莫明好好考虑和重黎的感情再决定要不要救她。林晨玉还告诉莫明，因为林母身体里有强大的灵力，所以被器灵反噬才没有丧命。御管部门负责人夏望冬告诫莫明，上次她和江河的行动中不听指挥擅自行动，以后必须引以为戒。莫明不屑地笑笑，没有计较。她现在只想着赶紧修复重黎。
莫明问夏望冬，现在血清也找到了，他们是否应该开始修复重黎。夏望冬却欲言又止地告诉莫明，器灵不应该存在于这个社会。等和九卿战斗结束后，她希望莫明能将重黎和凝雨一起交给国家。莫明有些愤然，夏望冬急忙安抚。狱虬反噬了白天洛的身体，她有信心再过几天白天洛的灵魂就抵抗不下去会死，到时候她就可以完全占据白天洛。这时宇多田找来狱虬告诉她，让她去S市重新建立基地而且去处理莫明母亲的事情。
狱虬领命而去。夏望冬召开会议介绍了目前存于世间的一千多件器灵的现状，她说现在绝大部分器灵都掌握在九卿手上。夏望冬担忧地称九卿现在研究出器灵反噬人类的血清，如果他们建立一支器灵的军队那这个世界将发生巨大改变，所以他希望林晨玉等人能加入到这个组织一起行动。
林晨玉表示自己守护天公会三百多年已经疲惫不堪，现在天公会被灭，自己也不想再参与行动，与会的天音也表示反对。她说除非修复小狐丸。苏夜在一旁开口称，像魂石受损的情况修复并不容易需要再等等。
莫明闻言急了，他急忙问苏夜重黎的修复怎么办？苏夜冷冷地称，自己并没说过想修复重黎，他说制造出这种弑主的器灵本就是自己家族的耻辱。现在重黎毁损也省得自己动手。莫明大怒，他突然朝苏夜动手。
天音拦住莫明称，小狐丸修复好以前她不能动苏夜，这在众人剑拔弩张时，夏知秋突然赶到叫住了莫明。
