封面神兽不同：心金是凤凰、魂银则是洛基亚；
对应版本PM限定不同：
心金限定：卡蒂狗、猴怪、阿利多斯、顿甲、阿扁鸟、天平偶、勾魂眼、天蝎；
魂银限定：六尾、瓢虫、信使鸟、钢鸟、圈圈熊、喵喵、布鲁、大嘴娃、溶食兽；
神兽剧情不同：心金：拉迪亚斯、海皇牙；魂银：拉迪奥斯、古拉顿。
心金魂银和金银区别
宝可梦心金魂银是宝可梦金银的重制版，游戏的设定与金银一样都是在城都地区和关都地区。
在游戏中，玩家将化身为一位年轻的训练家，在宝可梦火红·叶绿的故事发生3年后的城都地区以及邻近的关都地区进行冒险。
与原版相比，游戏引入了宝可梦皮卡丘中的宝可梦跟随系统，游戏新增了大量剧情以及角色，供玩家进行游玩。
