概念不同 。保密室是国家对武器装备科研生产单位的保密基本条件的评价和认可，是企事业单位承担涉密武器装备科研生产任务的必要条件；涉密室是从事涉及国家秘密的计算机信息系统集成业务的单位需要取得的，比如业务为软件开发、网站建设、安防监控、数据维护、运行维护等。
划分的类别不同 。保密室分为一级、二级、三级三个等级；涉密室分为甲级和乙级两个等级。
主管机构不同 。保密室由国家保密局、省（区、市）保密局、地（市）保密局主管；涉密室由国家保密局、省（区、市）保密局主管。
保密室是保管重要文件及重大涉及到国家及单位重要的文件及录音录像的材料房间里存放，涉密室是国家和单位在某个房间里谈不叫别人听到或看到的密密事情的房间里
