“始祖病毒”的研究工作在几年内一直进展缓慢，直到1977年，日渐疯狂的詹姆斯·马库斯博士尝试将“始祖病毒”的变异株与水蛭的DNA进行融合后得到了一定的效果，同时也将“威斯克计划”中阿尔伯特·威斯克和天才研究员威廉·柏金调往安布雷拉干部养成所进行培训，亲自教导他们关于病毒的理论和知识。
1978年，马库斯对病毒的研究终于有所成就，他研发出来一种全新的病毒，名为“T病毒”，T则是取自Tyrant一词的首字母。
也是同一年，马库斯之前曾私自使用公司学员作为人体实验样本的秘密被安布雷拉公司董事会得知，马库斯便因此被公司扫地出门，原先他所在的干部培养所也被撤除，所有研究资料以及数据都被转移到了阿克雷研究所，马库斯的两个学生，威廉·柏金和阿尔伯特·威斯克则成为了研究所的主任研究员。
由于之前爱德华·阿什福德的意外死亡，此时的斯宾塞在安布雷拉内部可谓是大权独握，被权力冲昏头脑的斯宾塞觉得马库斯的存在无异于一颗定时炸弹。于是在1988年的某一天，他派遣手下威廉·柏金，和当时已经成为浣熊市警察局卧底的阿尔伯特·威斯克一起，将马库斯秘密*死在他的家中，并弃尸下水道。
但是他们不知道的是，作为马库斯实验样本，感染了T病毒的水蛭女王在他们走后爬进了马库斯的嘴里……
不久后，接手“T病毒”研究工作的威廉·柏金，按照起初的构想，成功制造出一种超强生命体“Tyrant（暴君）”，暴君不同于普通被病毒感染的人类，它在生命力和攻击能力上都成倍的高于普通人类，强悍异常，缺点就是它只具有极低的智力，仅仅能完成简单的攻击命令，总得来说就是四肢发达头脑简单。
与此同时，安布雷拉法国分部正在开展一项名为“nemesis（复仇女神）”的研究计划，“nemesis”是一种通过基因改造的寄生体，它被植入大脑后能显著的强化宿主智力，但是绝大多数的生物无法承受“nemesis”的改造过程，短时间内就会死亡。威廉·柏金却在此看到了制造完美暴君的希望，在获得斯宾塞首肯后，威廉·柏金丧心病狂的将“T病毒”与“nemesis”同时注入大批实验样本体内，连洋馆设计师乔治·特雷沃的妻子和女儿莉莎也没能幸免。
实验最终以大面积实验体死亡而告终，而莉莎侥幸存活了下来，此前作为实验对象的她就已经被接种过“始祖病毒”，以至于基于“始祖病毒”开发的任何新型病毒都在在她身体里成功融合并且变异，她甚至将大脑内的“nemesis”也一并吸收，这一现象引起了威廉·柏金的注意，他提取了莉莎体内物质，从而研发了一种新的病毒“G病毒”。
1998年，已经死亡十年之久的马库斯借由“T病毒”和水蛭女王的寄生，以年轻时的形态得以复活，并发誓一定要狠狠报复安布雷拉。
他首先破坏了阿克雷研究所和浣熊市地下研究所的部分设施，造成了病毒泄露事故，无数的工作人员以及实验生物惨遭感染，一批B.O.W（Bio Organic Weapon有机生化兵器）地狱犬从阿克雷研究所所处的洋馆从逃出，在短时间内袭击并*死数名市民和游客。
原本看似平静的阿克雷山区便笼罩在一片疑云之下，《生化危机0》和《生化危机1》的故事由此展开。
