自来也在动漫中死于第353集“自来也之死”剧集中，由于晓组织大肆抓取尾兽，木叶高层为了打探晓组织的具体目的，切收集到足够多的晓组织情报，自来也孤身前往晓组织的根据地雨隐村，在雨隐，村见到了自己以前的弟子佩恩六道和小南，因为不熟悉佩恩六道的忍术，最终为了获取更多的情报而惨死在了佩恩六道的手中
353集
自来也为了调查晓组织，潜入雨隐村，遇见佩恩六道惨死。
这集自来也完成仙人模式后，便与三名培因陷入混战之中，虽然力量提升了，但忍术在轮回眼的监视下仍然无法发挥任何效用。
自来也虽然想出了一个对付培因的方法，却也因此牺牲了左手，而培因的数量也增加为六名，其中一人过去曾是自来也的徒弟之一弥彦，然而弥彦同样也拥有轮回眼这件事让自来也感到困惑。就是在这一集，自来也死在了佩恩六道的手上。
