大家还记得尼尔故事的结局吗？
在尼尔的世界里，人类因某种瘟疫而几乎全灭，随后外星人派出机械生命体入侵地球，在这场战争中失败的了的残存人类被迫撤离到月球基地。然而人类的历史并没能得到延续，在世界上最后一个人类死亡后，使命是保护人类的人造人士气大跌，为了重振士气，于是寄叶计划应运而生。
人造人把人类灭绝前的数据上传到位于月球的服务器，开始以"人类议会"的名义发送虚假的命令，又把外星人制造的机械生命体的核心"黑盒"用来制造了寄叶部队，和机械生命体展开了无休止的战斗。
在游戏中玩家会发现，入侵地球的外星人其实早已死亡，凶手正是在漫长的时光中产生了自我意识的机械生命体。而作为寄叶部队人造人们战斗理由的人类早已灭绝，整个故事就是一场没有意义、没有止境的战斗。
围绕着主角发生的故事同样让人唏嘘，作为最新版人造人的9S有着顶尖的情报搜集能力以及黑客技术，以至于他能黑进自家的数据库，从而发现整个事件的真相。所以玩家操纵的2B小姐姐的任务实际上就是一次又一次的处决触及了真相的9S，来确保这个弥天大谎不被揭露。
在游戏里人造人无数次喊过的口号"愿人类荣光永存"显得无比的讽刺可笑：整个游戏里没有一个人类，而机械生命们为了营造人类仍然存在的谎言而战斗不休。同时，虽然人类早已灭绝，但所留下名为斗争的"遗产"生根发芽，影响着地球成千上万年。
但是游戏的E结局打破了"第四面墙"，把游戏内外的人性之光诠释得淋漓尽致。在播放制作人员名单时，Pod-042和Pod-153进行多次机械式问答，突然Pod-042说"Pod-042通知153，在参考记录时，我的身体里产生了一份数据，我得到无法接受这个结果的结论。"这代表着辅助机器人也如同玩游戏的主角一般，因为产生了情感所以使得重复了无数次的命运轮回有了波澜。
随后两个辅助机器人开始以普通人类一般的口吻开始对话，Pod-042说："你其实也希望他们活下来吧？"，Pod-153回答到："我们没有这样的权限，而且这些规则由低等系统保护，抢救数据将伴随危险。即便如此，也希望他们存活吗"
随后玩家需要做出选择，如果是选"是"，就将真正地迎来"E结局"：玩家扮演辅助机，黑入自己的系统，面对整个游戏开发组的人员名单构成的弹幕攻击，孤身一人发起自*式冲锋。密集的弹幕源源不断的袭来，即使是十年东方老玩家也难以招架，绝望和无力感将游戏全员死亡的悲壮情绪烘托到了极致。
在玩家一次又一次的死亡后，系统会不断的发起提问，更是对玩家内心的拷问："你承认自己已经战败吗？"、"你要在这里放弃吗？"、"这只是游戏而已"……
玩家在不断的选择"否"后，会出现"接受救援"的字样。此时6架僚机出现，围绕着玩家，用身体挡下致命的弹幕攻击，每被摧毁一架，屏幕下方就会显示"XXX数据已丢失"的字样。
原来僚机就是其他玩家辛辛苦苦几十个小时打出的存档。在这场全游戏最艰难的战斗里，玩家并不是孤身一人和整个游戏开发组为敌，而是全世界玩家聚在一起为了延续主角的生命而努力。
在真正通关后，会出现提问"是否愿意帮助其他仍未通关的玩家"，玩到这里的每一个人都会毫不犹豫的选择"是"，把自己的存档化为照耀其他玩家打破主角悲壮命运轮回之路的明星。在这里，"愿人类荣光永存"呈现出了它真正的含义。
游戏里的机器人*死了自己的造物主外星人，人造人为了早已不存在的人类而战，它们都失去了自己存在的意义，而当存在的意义不存在时，存在的本身的意义在哪呢？得不到答案的BOSS亚当和夏娃选择毁灭，把意义的定义由人类转变为2B的9S，在失去了2B后同样走向了毁灭。
横尾太郎可能想让玩家明白，也许存在的本身没有意义，但是追寻意义的路上就是最大的意义。虽然游戏建立在末世破败的场景里，充斥着敌人，但是建筑的残垣断壁中长出的参天大树难抑掩茁壮的生机，都市的街道上，漫步着野生鹿群，有多少玩家在战斗中略微停下脚步，驻足于此欣赏过呢？正如2A所说："世界竟然如此美丽，我一直都没注意到"。
游戏给出了开放性的结局，主角的未来让玩家在留白中发挥自己的想象，而横尾太郎也表示尼尔机械纪元不会有后续的DLC更新，这可能让很多人都意犹未尽，然而最终幻想14和尼尔进行了梦幻联动，横尾太郎称自己会尝试一些前所未有过的东西，剧情也承接原作的E结局，展开新的故事，并且由横尾太郎亲自操刀设计的24人大型副本已接连更新，也许可以满足尼尔粉丝们的胃口。
在5.1版本更新的《寄叶秘闻-暗黑天启》中，矮人族意外的发现了2P的存在，随后又发现了神秘的机械生物复制工厂，过关斩将后发现操纵这些机械生命体的BOSS竟然是9S！
原来玩家通过牺牲存档让2B和9S重启后，机械生物的因为天性本能，通过计算得出2B战斗力最强，于是在复制工厂废墟中量产并测试2B，在互相残*的死斗中2P脱颖而出，9S发现了复制工厂的存在后，黑掉了诸多机械生命体并终止了复制2B的计划，重创2P，2P在某种巧合下意外逃到了诺弗兰德。
这个副本在MMORPG游戏里完美还原了作为动作游戏的尼尔中的各种元素:标志性的弹幕攻击、观察BOSS的抬手动作来针对性的回避技能、以及100%还原的角色形象。在通关副本后，玩家更是可以获得2B小姐姐的同款服装和Pod辅助机宠物。
在已经上线的最新版本5.3中，更新了尼尔联动第二弹副本"人偶军事基地"，这次的剧情更为大胆：寄叶部队司令部地堡发生爆炸，在月球轨道的基地砸向了地球。
玩家前往其中进行调查时，会遇到如同亚当夏娃那样由无数个人形合体的BOSS，这让幕后的真相变得更加扑朔迷离，只能等待下个版本，揭开谜题的答案。
正如尼尔机械纪元最后的字幕所说："The future is not given to you，it is something you must take it for yourself"。未来不是被给予的，而是需要自己去争取的。最终幻想14里玩家扮演的光之战士一直披荆斩棘，顽强拼搏，拯救世界于水火之中，希望玩家也能以这个身份，为2B和9S争取到一个真正的Happy End。
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