贝利哥专属。
故事开始，凯被困在沙漠里走不出去，而他看到了眼前的沙尘暴，以为那是海市蜃楼，但那是飞天海盗，也把凯抓了起来，还绑在了车子上。而飞天海盗也是在一旁烤火，而凯还在解开绳子，绳子也自己解开了。解救他的人是寇，并给了他一瓶水喝，并合力解决了飞天海盗。
而其中一个不想说，寇也是拿着刀威胁他，最后他还是说了，于是他们就要去找其他人。但凯被黑暗物质感染了，寇见状就尝试叫醒凯，而凯听到妮雅的时候就清醒了过来，而寇也明白他们离这越来越近了。而他们的车也净化成了新玩具，但前方出现了沙人的手，于是凯就击退了它，并自告奋勇去查看情况。
而这非常不妙，因为飞天海盗带着大量黑暗物质前来，于是凯就凭借着飞天旋转术的优势，不断占优势。而厄运堡垒号出现在他们的上空，而克劳斯也自信满满地表示，他觉得这一次的胜利是他的。随后他们就与飞天海盗展开了战斗，并击退了凯。
而猛壮美人也对上了妮雅，也从后面藏了刀子，妮雅也是发现了并踢飞了它。而克劳斯见状，就掀起沙尘暴来对付，于是忍者们就使用力量对抗，最后发生爆炸，而他们也没事。
时间过去了两个小时半，吴大师和忍者们已经来到了光明神殿，而克劳斯也完成了自己的目的，并召唤了影子军团，也感受着邪恶的力量从中释放出来。同时忍者国和黑暗之岛开始融合，世界末日也开始了，而他们也在爬山。
寇感觉到大地完全疯了，也不受其控制，而他们也救了不会飞的同伴，吴大师也拿出箱子，并让他们打开它。于是忍者们就与反派势力展开了最终决战。猛壮美人也是吐槽他们主角团的抵抗精神，妮雅表示她不会懂得。
寇也是打倒了火枪大副，而吴大师也驾驶着黄金机甲，破开了克劳斯的立场。于是克劳斯就集结黑暗，同时影子也消失了，组装了新玩具黑暗机甲，并与吴大师对抗。而吴大师一把捏碎他的剑，并释放剑身的光芒，驱散了一切的黑暗。而黑暗形成了漩涡，克劳斯也被即将卷入。吴大师也像当时救摩罗那样拯救他，但克劳斯选择了拒绝，并任由其漩涡放逐了他。
而世界的平衡也恢复了，飞天海盗们也选择投降，也是让他们把飞天海盗关进监狱。而克劳斯也被放逐到了地下世界，大部分的市民也不知道事情的经过，美莎子也是问他，黄金机甲已经在最后一战中被黑暗之主摧毁了。吴大师回答她，他在那次之后就把机甲交给了博格维修，也解释如果平衡一旦被打破，那黄金机甲就是唯一的希望。
而美沙子明白，他早就预感到平衡会被打破。吴大师也顿悟到，只有那样做才能拯救世界。而他则打算拆下厄运堡垒号的零件，修复命运坠机号。劳埃德也拒绝了他，也表示他们这次要庆祝一下，时间为七分钟。而海盗受不了这一幕，现在就要进监狱。美沙子也是感叹，他选择了忍者们，而这是吴大师做的最明智的选择。
以上就是黑暗三部曲的所有故事了，说实话，如果黑暗之主知道了这一设定，说不定会直接打破其平衡。而在这部漫画的后续，还有一本小说：盲者之眼的碎片。讲述了劳埃德因为摩罗被附身，所关于他的记忆不多，而去盲者之眼探险，也遇到了小清，还有一个陌生女人，以及全氏本人等等。同时也在分裂之日过后，就衔接上第七季的剧情。
下期视频更新加满都之书的故事，故事结束了。
