轨道交通的建设和运行通常涉及三项主要业务——基础建设、线路运营、资源开发，由于不同业务有其各自的开展时间与阶段，因此，在既定的管理模式下，轨道交通企业的组织模式演变通常也是与这三项主要业务的开展阶段密切相关的。
一、部分城市地铁运营公司组织架构分析
1、北京地铁
◇集地铁运营、资源开发和房地产开发为一体：国内大多数地铁运营公司只负责地铁运营，但北京地铁运营还下设房地产公司、建筑安装公司、监理公司等盈利性业务单元。
◇运营管理方面属于M型管理体制：北京地铁采取了一种集权和分权相结合的管理体制，设置了运营一公司、运营二公司、运营三公司、运营四公司、供电公司、通号公司、机电公司及线路公司；而行车指挥调度、安全监察、设备管理等业务及财务、人力资源、物资管理、行政、党群管理性工作仍集中在总公司。
2、上海地铁
上海地铁的管理体制属于M型管理体制，但与北京地铁相比，也有其自身特点，主要包括：
除安全监督职能保留在总部以外，生产性业务基本上由二级公司完成：如列车调度所、三个客运分公司、车辆分公司、通号分公司、工务分公司、监护分公司等，上海地铁的分权程度较北京地铁更高；
在总部强化新线路筹备和信息管理工作，以适应上海地铁未来发展的需要；对非核心业务（后勤、物流等）和部分管理工作（教育培训、人力资源等）成立专门的作业单位，如后勤分公司、物流中心、教育培训部、人力资源公司等，既可以将管理者的精力和工作重点放在地铁运营核心业务上，又便于核算和控制非核心业务的管理成本，为未来的非核心业务外包打下基础
3、广州地铁
◇典型的U型管理体制：总经理室下设车务部、车辆部、维修一部、维修二部、调度票务部、保卫部、综合部、营销调控部、人力资源部、技术部、安全稽查部、物资部、党群工作部、纪检监察室等13个职能部门，各部内设管理科室或作业分部。
◇具有U型管理模式在管理效率方面、管理幅度、资源共享性上的优势，但是相对于广州地铁的规模、线路、车辆规模而言，更加适合于采用M型管理模式
4、南京地铁
南京地铁运营的管理模式属于U型管理模式，主要是学习和借鉴香港、广州地铁运营机制，结合南京的特点，形成特色管理模式，采取模拟法人制，实行横向综合管理，设办公室、党群工作部、客运部、票卡清分部、车辆部、物资设施部、技术部、安全保卫部、劳动人事部、教育培训部、企业管理部、新线办、财务审计部等职能部门和一个综合办公室，负责生产计划调度、人、财、物、安全和票务等方面的管理及列车运行、设备维修、养护等运营生产的组织与调度等方面的工作。并且通过一定的委外管理，节约了大量人员，提高了工作效率，起到了高效精简、管理扁平、人员压缩的目的。
二、关于地铁运营管理体制基本模式及特点比较
如果不考虑地铁线路的多少、通车里程的长短、车站的数量、地铁系统设备的多少及技术差异、地铁系统信息化程度高低、客流量、员工数量等组织设计的权变因素，在同样情况下，M型管理体制和U型管理体制的特点比较如下：
在地铁线路较少、运营规模不大的情况下，更适合于采用U型管理体制；而当地铁线路较大、运营规模较大时，更适合于采用M型管理体制。此外，管理者的能力、素质以及企业信息化水平、业务委外情况也影响着管理体制的设计。
三、面向轨交行业网络化运行趋势，构建起矩阵化运营管理模式
面向未来轨交行业的网络化运行趋势，为提高地铁运营的专业度和工作效率，大多构建起矩阵化运营管理模式，但又会结合自身实际选择专业为主的矩阵模式或线路为主的矩阵模式。
（1）专业为主的矩阵模式
业务模块 专业中心：集团层面以业务模块为核心构建事业部/子公司，事业部/子公司下设若干专业中心，负责各条线路的统筹与管理工作；设立多条线路管理单元，仅保留线路运行的基本管理职能。
优点：专业聚合度较高，优势集中；整体业务区分明确，专业管理统一；
缺点：职能独立，容易增加线路内部的专业交接成本；专业所属独立，不同专业间的协作度降低。
（2）线路为主的矩阵模式
业务模块 线路中心：集团层面以业务模块为核心构建事业部/子公司，事业部/子公司下设若干线路管理单元，其下再设各专业中心，负责各线路的专业管理，统一调度由网络协调部门负责
优点：线路独立，便于内部协调，提高效率；责任明确，容易形成完整的管理闭环；
缺点：线路管理独立，对于专业人才需求较大；专业分散，容易提高资源调配的难度、
随着建设、运营、资源开发三大业务发展的规模不断增大，企业发展对于整体协同、资源节约、市场反应、运作效率的要求也日渐提高；由于业务体量已形成较大的规模，建设和运营形成网络化运转，企业的组织模式也开始在以事业部结构为主的基础上，逐步向以强调整体运营与调度，以及横向贯穿为主的矩阵式组织模式转变。
