忽必烈采用汉法建立了新的国家机构和职官制度，但同时，蒙古国原有的怯薛、札鲁花赤、达鲁花赤等机构和官职也在不程度上保留下来了。因此，元朝的国家机构和职官制度具有两重性，既沿袭中原的传统，又包含蒙古的因素。这种两重性在官员的任用方面也有明显的表现。
什么样的人通过什么途径可以在元代做官呢？做官的途径本上有三条：第一是“根脚”，第二是吏进，第三是儒士。
所谓“根脚”，就社会出身。中枢省府台部的高级官员和地方上路府州县的长官，都由皇帝任命勋臣、名门以及儒吏出身品资相当的人担任。其中，怯薛出身是“大根脚”。
从成吉思汗时起，怯薛是蒙古国家机构的核心，它既是可汗的护卫又是大中军，既照料可汗的家务又处理国家政事。忽必烈建立新的国家机构后，怯薛主要保存了护卫官城的职能，其他职能有所削弱，有的甚至失去了。但是，怯薛仍由皇帝直接掌握，享有许多特权。
1268年忽必烈又规定各族三品以上的文武官员遣子一名充当秃鲁花(质子)，秃鲁花军构成了怯薛的一部分。这样，怯薛就扩大成了由蒙古贵族、白身人以及各族高官子弟组成的队伍。据估计，怯薛出身的官员约占官员总数的十分之一，虽然比例不大，但他们往往担任要职。例如成吉思汗时代的四怯薛长，除赤老温无后外，木华黎、博尔术、博尔忽三大家族的子孙共八十四人，其中袭世爵的二十六人，任三品以上官职的三十九人。
可以这样说，怯薛是元朝高级官员的摇篮。怯薛成员在担任省院台部的官职以后，仍回怯薛值班。他们“昼出治事，夜入宿卫”。他们作为皇帝近侍，自然容易掌握更大的权力。
元代和前代一样在各级官府设吏，即办事人员。吏的名目很多，如吏部设蒙古必阇赤(文书)三人，令史二十五人，回回令史二人，怯里马赤(译史)一人，知印二人，奏差二人，蒙古书写二人，铨写五人，典史一十九人。又如上县设薄一人，尉一人，典史二人。
元代的特殊情况是由于汉族官员不全通蒙古语文，蒙古色目官员又往往不通汉语汉文，所以在多数官府增设了译史和通事。最低级的县以下巡尉司的吏从本地“耆老上户”中推举。各级吏的任用和迁升由省院合部、宣慰司、廉访司和路府州县的官员推举。
“吏道杂而多端”，有的出身于学校，有的征用于隐居，有的因技艺可使，有的赖捕盗叙功。想当官的人，往往设法先补用为吏，然后不断迁升，由吏而官，从下品到上品。自然，从刀笔小吏跻身于高官显爵之列的毕竟有限，但是由吏而进为一般官员的却占了官员总数的很大比例。
吏和由吏而进的官，为了保住已有的地位和继续晋升，往往讨好上级，彼此之间狼狈为奸，而对老百姓则百般诛求，贪婪狠毒。贪污贿赂成了元代的一大社会弊病。大德七年(1303年)一年间，七道地方所罢的贪官污吏竟达一万八千四百七十三人。
元代儒士做官，一是贡授，一是科举。
贡授是：国子学的生员学业好的，经过考试，举贡授官。蒙古授六品，色目授正七品，汉人授从七品。这样授官的人数很少，一年只有二人，后增到四人，六人，最多八人。
科举是唐宋以来的选士制度，但是自蒙古国时期窝阔台举行过一次考试选士后，元廷长期未予推行。直到延祐元年(1314年)，仁宗爱育黎拔力八达才开始实行，次年举行第一次会试。从这时起，科举维持到元末，中间停了十年，一共举行了十六次。每次选各地合格的举人三百名赴京会试，蒙古、色目、汉人、南人各七十五名。设的是德行明经科，额定会试取一百人，四个民族等级各二十五人。蒙古、色目发右榜，汉人、南人发左榜。一甲一名赐进士及第，从六品第二名以下及第二甲，正七品，第三甲，正八品。落榜的举人，年岁大的，授以教官职务。
所以，即使在推行科举制以后，汉人、南人由科举途径入仕的，毎三年也不超过五十人(每榜常不满额)。这个数字只占了官员总数的很小的比例。元代有人说，由儒入仕的，十分之一半(百分之五);由吏入仕的，十九有半(百分之九十五)。两者相比，儒只是吏的一个零数而已。
此外，还有承荫制度蒙古显贵是世袭的。其余各族官员，正一品官之子荫正五品，从一品官之子荫从五品，下至从三品官之子荫从七品其中，色目人优进一级。在地方上，蒙古、色目任达鲁花赤，父死，子降一格承荫，例如州达鲁花赤之子可袭为县达鲁花赤。武官也是世袭的，阵亡按原等，病故降二等在没有子弟承袭的情况下，以功选员授职。
第一，元代官员的出身基本上是蒙古贵族、色目上层以及汉人、南人的地主富豪。
第二，元代的高级官员大多出身于蒙古以及色目，低级官员大多出身于汉人以及南人。
第三，汉人、南人的官员大多由吏而进，由儒入仕的很少。
这第一点和第二点表现了元朝国家机构的封建的阶级压迫和民族歧视的性质。而第三点则表现了“吏道”在元代的重要性和特殊作用。“吏道”的盛行使元代的社会风气与宋代大不相同，求闻达的平民不以科举为进身之阶，而是转习刀笔以充胥吏，甚至执当仆役而事官僚，也有一部分去做了工匠和商贾。
“学者不必用，用者不必学。”这种“惟论根脚”、不讲才学的用人制度导致了官场的无能和社会风气的败坏。对此，在元代仍然拘泥于科举一途的儒士常常牢*满腹。下面摘引元人朱思本的一首《观猎诗》，可见其一斑(诗中“爱马”是蒙古语词，意为投下部)：
良家子弟尽骄悍，弯弓大叫随跳梁，
停鞭借问谁氏子，虎符世世绾银章。
或在鹰房久通籍，或属爱马从藩王，
生来一字都不识，割鲜豪饮须眉张。
夜归酣笑诧妻妾，鞍马累垂悬两狼，
古今治乱殊未省，岂有谋策输忠良。
一朝亲故相拔荐，起家执戟齐鸳行，
剖符作郡拥旄节，炙手可热势莫当。
儒生心事良独苦，皓首穷经何所补
胸中经国皆远谋，献纳何由达明主
猎徒一出专城居，慎勿平原轻猎徒！
