长期以来，村支“两委”关系是困扰中国乡村治理的一个难题。近几年，大部分的村庄又建立了村务监督委员会和集体经济组织，再加上各式各样的理事会、议事会、监事会，小小村庄叠床架屋，本已纠缠不清的“两委”关系更趋复杂。
当前村级治理的目标是党组织全面领导村庄各项工作，并分别通过领导村民自治组织和集体经济组织管理社会和经济事务。但按照目前法律，村民自治组织的功能几乎覆盖了全部村级事务，既制约了党的全面领导作用，也挤压了集体经济组织自主经营的空间。如果要实现乡村治理正规化的目标，必须对村民自治制度进行系统性变革。当然这是一个长期工作。
村民自治是一个历史范畴，认识本质必须回到本源。人民公社解体之后，生产大队和生产队功能失效，出现了“治理真空”。面对这一问题，一些地方组建了村民“自组织”处理部分公共事务，这是村民自治组织的雏形。为缓解基层组织财政供养压力，国家很快将村民自治加以制度化并在全国推广，这实际是古已有之的“大国末梢定理”再次启用。村民自治组织最初的任务其实是维护社会治安，但随着制度演化，今天村民自治的功能已经远远超过了初创时期。村民委员会的本质属性是“基层群众性自治组织”，从这一组织性质而言其并不必然是“政治自治”。
考虑乡村的分化，村民自治制度的改革可以有以下几种思路：
（1）如果一个村庄规模已经扩张到小城镇标准，完全可以转置为城市并建立城市治理体系，原有的村民自治将转型为城市居民自治。
（2）如果一个村庄已经收缩为只有几户专业农户的小型居民点，那么完全可以将其归并到周边城镇或村庄进行管理，而不必为这几户人家建立单独的自治体，更没有必要让少数人去搞选举。
（3）除去以上两类村庄，占当前乡村社会主体的是居于中间的不大不小的村庄。现代社会治理条件下这些村庄面临的情形是：大量的公共事务已经由政府承担，党组织在村庄管理中发挥领导核心作用，村庄经济活动交由集体经济组织承担。再考虑市场化条件下农村居民普遍去政治化的特征，村民自治的最佳选择恐怕不是强化所谓的“民主”（特别是“选举民主”），而是突出加强“自治”（特别是“生活自治”）。
