不在一起。
因为南京博物院和中山陵是两个独立的建筑，前者是一个综合性的博物馆，里面收藏有大量珍贵的文物和艺术品，是南京市内比较重要的文化场所；后者是中国现代著名的历史建筑，是中国国父孙中山的陵墓，位于南京市玄武区鸡鸣山上，是中国著名的旅游景点之一。
除了南京博物院和中山陵之外，在南京市还有其他许多知名的景点和文化遗址，如明孝陵、灵谷寺、夫子庙等等，这些地方有着丰富的历史文化积淀，值得游客前往一览。
不在一起，但相距不远。该院位于中山门以内，介于明故宫于中山门之间，是独立的游览地；而中山陵在苜蓿园大街附近，属城外，属钟山风景区之一。
