水质变清的池塘及时配合超能EM菌种肥水，保持池塘水体藻相和菌相的平衡。
对水质过浓，池底有机质含量过多的池塘，建议使用超能芽孢菌种和生态修复师等微生态制剂、底质改良剂。使用微生态制剂的同时，必须开动增氧机，避免缺氧。
有条件的养殖户推荐使用营养剂类产品（糖蜜、氨基酸等）进行肥水。营养剂的组成成分比较固定，含有单糖、多糖、氨基酸等成分，施入水体后，可以在益生菌的分解作用下供藻类生长利用，从而有效促进水体中藻类的生长与藻种的丰富。
通过营养剂肥水，硅藻与绿藻在水体中形成优势种群，一方面可以供水产动物食用并通过光合作用增加水体溶氧，另一方面，这些有益藻类对微囊藻、颤藻等蓝藻也可以起到生长抑制作用。
