在《魂斗罗1》和《魂斗罗2》中，外星人入侵的头领天王鬼龙神和天王鬼被先后打败，但是作为外来物种的他们，身体消亡并不意味着死亡，因为玩家自始至终也没有找到其真正的要害。直到《魂斗罗3》时期，玩家们才见识到天王鬼的本体
《魂斗罗3》发生的时间是在在2636年，外星人以复仇的方式回归，誓要取回被夺走的文明。因此，再次回归的外星人，第一件事就是轰炸整个城市以纪念他们的到来。
它们这次的“入侵”规模远远大于之前的规模，不再是以往的岛屿或军事基地，而是横跨各个地区，每个地区都有一个特别难缠的精英镇守。
因为时间线的问题，在美版中将原版的主角比尔和兰斯，换成了他们的后代Jimbo和Sully。其实仅仅是为了符合故事剧情而已。对于玩家们来说，这两位就是我们原来的主角。
在《魂斗罗》后期的作品中都会增加几种子弹，因为在这款游戏中红增加了H、C，以及燃烧弹。另外为主角配置了全屏攻击的炸弹。
Occupied City Street
小BOSS：炮墙
当年魂斗罗1的BOSS，到了这里甚至连BOSS都算不上
小BOSS：磁力重装甲車
在很多版本中都曾经出现过。在《超级魂斗罗》中是平面，到了三代成为横版，不知道大家还能不能看出来
BOSS：奴隶野兽 塔卡
没错，在后期的真魂斗罗中出现，出场就踩死小BOSS的那个庞然大物
The Destroyed Highway
BOSS：Bosco蜘蛛
BOSS看上去像是一种机甲状的巨大的蜘蛛，配有六个圆形大炮，分别安装在六条腿的每一端，还配有一个移动的激光射线枪作为尾巴，弱点是位于其正面的大红色核心。
BOSS体型比较大，在战斗中占据屏幕很大一块。它的主要攻击方法是向玩家推进时使用大炮射击。另外，还能从尾炮射出激光
The Factory Zone
小BOSS：Tri-Transforming Wall Walker
三段变形助行器
在游戏中，这个小BOSS会纠缠很久。在途中经过三次变形。它的弱点就是红点
小BOSS2：浮遊鳥巣
小BOSS3：Kenny兄弟
BOSS：Big Fuzz
Air Battle
小BOSS：忍者佐佐木
佐佐木是一个非常灵活的忍者机器人，背对着火箭弹飞行。他挥动着一个可伸缩的钩子，用它可以锁住物体并将自己拉向它们，在多个版本中出现
BOSS：Dodriguez
The Sheer Cliff
BOSS：極秘実験生物
坚硬的外壳中隐藏着的活脑组织，其顶部有一只眼睛作为弱点。
BOSS处于一个巨大的沙坑中，BOSS场景结构像一个巨大的蜈蚣巢穴
一旦BOSS的眼睛受到一定的伤害，就会将沙子开始旋转移动，并试图拖动玩家
Alien's Main Base
小BOSS：天王鬼龙神头部、心脏、阴兽、金属异形
BOSS：天王鬼、頭脳生命体
天王鬼的本体其实就是这个大脑，但是在之前的战役中大脑并没有出现，消灭的仅仅是肉身。因此在第三部中可以卷土重来。而这一次，大脑也被打爆，那天王鬼也就算是被彻底被消灭了。
但是天王鬼的细胞组织却被军方秘密保存了起来，并没有斩草除根，于是就有了后来的故事.....
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