在历代《合金弹头》中都会出现一些比较怪异的生物，这些怪物的肢体和形态表明他们曾经是人类的身份。很明显，“它们”是被某种基因改造之后的成果，而这一切的线索全都指向一群幕后的科学家。
从《合金弹头2》开始，游戏中经常都会出现一些看似科研人员的NPC。他们一般都是出现在一些实验室的门口。要么已经死亡、要么正在仓皇的逃跑，而这一切的迹象表明前面发生了什么不得了的事情。当玩家进入实验室之后，就会发现大量令人毛骨茸然的“怪物”。而这些扭曲的怪物拥有可怕的能力，超高的防御和超快的移动速度，甚至还会自爆和同化。
游戏中的各种实验室，曾经是多少玩家的阴影。没错，这一切的人伦惨剧都是一群科研人员造成的，事态的发展甚至超过了他们的控制范围。
那么，在历代《合金弹头》中这群科研人员到底干了些什么伤天害理的事呢？
“超级士兵计划”
战争似乎永远没有尽头，随着战事的进一步扩大，叛军的首领意识总有一天自己的军队将会消亡殆尽，于是接受了科学家们的提议，打造“超级士兵”进行作战。
“超级士兵计划”就是将残疾的士兵，或者已经失去战斗能力的人员进行人体改造，将他们的器官全都换成“机械化”，只要不击中头部就可以得到永生。而这一方案在叛军中得到了大规模的实施，让很多失去战斗能力的叛军，拥有了再次战斗的能力。
这本来是一件好事，对于那些残疾的士兵来说，总算有了心灵的慰藉。然而，人类的野心似乎并不仅限于此。
噩梦才刚刚开始.....
部分有理智的叛军开始怀疑这一计划，于是尝试潜入内部搜索相关资料。他们在实验室深处发现了隐藏的资料，上面记载了“超级士兵计划”的最终目的。原来这次的“超级士兵计划”并非仅限于让受伤的士兵再次上战场，而是另有内幕。其中相当一部分被带走的士兵已经被当成了试验品变成了怪物。
根据资料显示，身体改造计划仅仅是“超级士兵计划”的一小部分，计划的第二步就是“人类变种计划”。然而目前计划还处于实验阶段，通过将人类和动物的基因融合，打造出拥有动物本能和人类智慧的完美生物。
发现真相的叛军最终选择了逃亡之路，或许只有正规军才能阻止这个疯狂的计划。
然而某一天，实验室终于孕育出可以颠覆整个世界的“怪物”。“超级士兵计划”第二部分宣布成功，然而这群科学家们似乎低估了它们的能力，以目前的人类科技根本无法控制这群怪物。随之而来的则是怪物大规模的失控，整个实验室沦陷了。这就是《合金弹头2》地铁秘密实验室事件的源头。
“人类变种计划”
实验室被毁，科学家们几乎被屠戮殆尽，他们的尸体被这群饥饿的怪物分食。部分逃出来的科学家终于关上了实验室的铁门，然而受伤沉重的他们最终还是暴毙而亡，没有一个人活了下来。
是的！没有人知道这里到底发生了什么！
不过，根据逃亡的叛军口述：在废弃的地铁通道中正在秘密的进行某种实验，实验一旦成功将会成为世界的灾难。而根据正规军情报部门得出的调查结果：在多次战役中发现，部分实验成品已经被叛军运用于战场上。
正规军高层发现事态已经非常严重，这或许将演化成为人类的浩劫。于是，高层调回了已经递交退休申请的马克和塔尔玛，并让情报部分的英里和菲奥协助，提供详细的资料。
于是，一场关系着人类命运的战斗开启了。
“基因改造计划”
“超级士兵计划”的第二部分获得了成功，然而实验对象却失去了理智，无法继续实施。于是“超级士兵计划”第三部分：“基因改造计划”启动，多年来一直都在秘密的进行。然而普通人的体质都承受不住药物的摧残，实验期间的所有人几乎都被药力致命。
在多次的战争中，叛军俘获了不少的正规军士兵，都被秘密送往实验基地。当正规军们将实验基地攻占下来之后，却发现这里只有一群“猴子”，而之前被俘虏的人早已不知所踪。在科研人员眼中，拥有超强体质的马克和塔尔玛才是最佳的试验对象。因此捕捉两人也被列入了“基因改造计划”之中。科研人员的原计划是利用马克和塔尔玛的体质，打造出拥有翅膀可以喷火的怪物。
不过在剧情中马克和塔尔玛并没有被捕获。
在游戏中，只要是马克和塔尔玛上场，科学家们就会变得相当的活跃，而且有可能一次性出现2-3个人，同时射击带有血清的针管。一旦中招就会变成猴子。
有意思的是，玩家要是近距离靠近这群科学家，他们就会抽出针管。玩家马上闪开的话他们就会扎到自己，然后变成一只猴子。而玩家吃到猴子的话，就可以得到1000分。
但是看看这只猴子的形态，是不是从合金弹头2代开始就一直出现呢！那么我们是不是可以这么理解，我们在游戏中吃到的奖分猴子和跟班猴子都是人类变成的呢？
“病毒研究计划”
火星人的最终目的就是将地球变成宜居的环境。于是在《合金弹头2》时期就选择和叛军合作，并在多处场景中进行秘密的实验，而这一切得到了叛军的支持。随着《合金弹头2》剧情的深入，我们才发现叛军被火星人摆了一道，看来它们的野心并不仅限于局部。叛军的首领摩登在《合金弹头2》时期被抓走之后一直没有得到释放，而结局中救回来的仅仅是火星人假扮的摩登。到了《合金弹头3》时期，我们才发现，原来这一切的计划都是由假摩登来实施的。一关的辐射生物、四关的异形虫子都是来自火星人的殖民计划。
另一边，摩罗十诫被火星人召唤，出现在一个小镇上并散播丧尸病毒，实行人类清除计划。在这之前，摩罗十诫在下降的过程中击中了一家飞机，并让飞机上所有的乘客变成了失去理智的怪物，成为第一批病原体。
叛军方面为了获取丧尸的详细资料，曾派遣军队进行驻守，并安排科研人员进入获取病毒基因。
然而，当科研人员到达之后才发现，这里的局势早已失控。包括驻守的军队全都沦陷，士兵们变成了狰狞的丧尸。发现真相的科研人员四散而逃，可惜真正逃出来的屈指可数。
于是在第二关的开场我们看到了大量惊慌失措的科学家们。
在病毒源的深处，玩家们发现了大量的丧尸，其中包括：落难的乘客、驾驶员（胖子）、士兵和科学家，全都变成了没有理智的丧尸，皮糙肉厚甚至连子弹都不怕。
而那些丧尸化的科学家甚至将肠子拔出来进行攻击，玩家一旦沾上就会被感染。游戏中唯一能抵抗丧尸病毒的只有山洞中的雪怪，它们虽然没有变成了丧尸，但是却被丧尸们消灭殆尽。
正规军方面也注意到了小镇存在某种变故，于是派遣了马克、塔尔玛、英里和菲奥潜入调查。这犹如炼狱般的场景，甚至让久经沙场的四人都感到胆寒。在小镇的尽头，主角们找到了散播病毒的摩罗十诫，并和它的守护者莫罗之眼展开了激战。这就是游戏中的二关BOSS。在玩家击败它之后就宣布了火星人本次“人类灭绝计划”的*。然而，在不为人知的另一边，部分不怕死的野心科学家们收集到了丧尸病毒，以及可以对抗丧尸病毒的血清：雪怪之血。
火星人的计划失败了，而叛军的“病毒研究计划”却悄然开启。
到了《合金弹头4》时期，四关的游乐场突然发生*乱。有人在这里投放丧尸病毒和木乃伊气息，试图将整个游乐场打造成为地狱。（之前已经介绍过了，《合金弹头2》中出现的木乃伊就是远古时期火星人遗留下来的病毒造成的，只要进入其中的人都会被同化，目的是为了保护外星遗址。后期叛军和火星人合作之后，遗址中的神兵被叛军挖了出来。）
正规军们来到这里的时候，已经出现了大量的丧尸和木乃伊。玩家要是走上层的话就会面对各种丧尸的围攻。
而玩家要是走下层的话，就会出现大量的木乃伊。随着场景的深入，终于发现了正在投放木乃伊气息的科学家，他们带上了防护罩，将自己包裹得严严实实。而木乃伊并没有攻击他们的意思，看得出来已经已经拥有控制木乃伊的技术了。
没错，科学家们已经完全掌握了丧尸病毒和木乃伊气息，并且已经拥有了可以解毒的血清，一切都在控制范围之内。玩家在关底见到了BOSS，它仍然在尝试散播病毒，玩家要是被击中同样会被变成丧尸。然而玩家变成的丧尸在他们眼中并不是无敌的，可以通过特殊的攻击方式*死。
此时，正规军终于发现了这群科学家的幕后首脑，他就是阿马迪乌斯，也就是《合金弹头4》的最终BOSS。实验室最终被瓦解、“病毒研究计划”也宣布完结，然而BOSS阿马迪乌斯却逃之夭夭。或许在未来某一天他还会出现，那时候不知道他又会打造出什么丧心病狂的计划。
对于玩家们来说，这群科学家们仅仅是背景人物，然而《合金弹头》系列的很多主线、支线都是和他们息息相关的。SNK游戏对细节的把握，真的已经到了丧心病狂的地步了！
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