如何使用GenGIS绘制单倍型地理分布图（像素吃鸡躺平发育）

GenGIS是一款非常简便容易上手的生物地理学软件，可以用来绘制单倍型地理分布图等。下面我们就来介绍一下GenGIS的使用方法。

安装GenGIS

进入C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\i386，把所有dll文件拷到上一层目录

点击我的电脑，右键进入属性
点击高级系统设置

点击环境变量

添加环境变量R_HOME，变量值C:\Program Files\R\R-3.1.2\，并添加到下面的path中

添加环境变量R_USER，变量值C:\Users\user\Documents\，并添加到下面的path中

按照下面的顺序导入数据地图、地点、序列、树或地图、位置、树
1、地图：地图可以是栅格数据，也可以是矢量数据，栅格数据用tiff，矢量数据用shp格式。当使用栅格数据时，要配一个同名的tfw格式文件，来定义它的范围。

编辑tfw格式文件
A 【X方向上的象素分辨素】D 【X方向的旋转系数】B 【Y方向的旋转系数】E 【Y方向上的象素分辨率】C 【栅格地图左上角象素中心X坐标】F 【栅格地图左上角象素中心Y坐标】

2、地点：做一个excel表，包含Site Id，Latitude与Longitude，保存为csv格式

3、序列：新建一个excel表，包含Site Id与Sequence Id，Count，Class,Count为个体数，Class为单倍型类型，保存为csv格式

4、树文件：树文件要用newick格式，分支的名字要用Site Id或Sequence Id，后缀改为gtm。需要用建树的软件生成。

打开软件。

导入地图
导入位置
导入序列
导入树
基本的图做好了
在location site处右键，选择properties
选择charts,勾上show charts，勾上create，选择count.可以更改为喜欢的配色方案。
单倍型分布图做好了，鼠标可以拖动
拖动完的效果
按这个改变为立体视角
滚轮放大缩小，旁边的罗盘可以旋转
切换为顶部视图
点这个牵一条线出来
牵好了
右键tree，选择properties
改为2D系统发育图

完成
此外，可以调整线段，文字，改变图像形状与颜色，在此不一一详述。

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