《源代码》讲述的是已经去世的男主进入由源代码创造出来的世界，从曾经发生过的事情中找到*人凶手而避免下一次恐怖袭击，最终男主顺利完成任务并且继续生活下去的故事。 在阿富汗执行任务的美国空军飞行员科特史蒂文斯上尉突然惊醒，发现自己在一辆高速行驶的列车上，而他的身边坐着一个素不相识的女子克里斯蒂安正在与自己讲话。科尔不知自己为什么会在这辆车上，而且他发现自己居然是以另一个人的身份存在，正当他迷惑不解的时候，列车上忽然发生爆炸……科特又一次惊醒，发现自己身处一个密闭的太空仓里，有一位女军官古德温正在通过视频和自己对话，并要求自己报告列车上发生的事情。一头雾水的科特还没搞明白是怎么回事时，他又一次被送上那辆列车。这次之后，科特终于明白自己在执行一件任务，负责调查芝加哥火车爆炸案找到恐怖份子并查出他的下一个目标。
源代码，利用人脑死亡后，去替代另一个在某个事件中也已经死亡的相同相似染色体的人的身份，利用这个特殊替代者的能力，利用死后大脑短暂记忆，貌似穿越的回到死之前那个片段，去还原并捕捉那个事件里点点滴滴的碎片，从而寻找到真相，也是为了更好的预测和规划未来。
如同电影里说的，源代码，不是为了穿越回过去，而是为了更好地规划未来。以源代码为控制的那些还原场景，则不仅是简单对过去已经发生事情的重温，而是利用替代者对已经发生过的事情给了种机会去弥补和改变，虽然那也只能在一个虚幻的平行世界里，再怎么改变也无法更改已经发生的事实。但电影里的源代码给了人一种，可以去减少，降低，甚至擦去悔恨，遗憾，悲伤的可能和向往，虽然那是在另一个世界里抛却故事中侵犯人权的资本力量与强大的科技，影片中浮现的是人性的善良与美好。
善良的Goodwin勇敢地帮助Colter获得自由，热情的Cristina带给Colter温暖。Colter虽然在源代码的世界里多次经历死亡的痛苦，醒来也是在冰冷的机舱里，隔着屏幕面对冷漠且莫名其妙的陌生人。但在一次次的穿越中，他用勇气与智慧查明了自己已经死亡的状况，也找到了案件的凶手。经历了焦虑、痛苦与绝望，他接受了已死的自己，也接受了车上已死的其他乘客，明知这只是一段代码，但是他在最后的8分钟，拼尽全力，阻止犯人，尝试给Goodwin透露消息，和父亲说话，让车上的人都欢畅大笑，并在最后一刻吻上了一直关心着他的Cristina。
本以为故事以这样一个浪漫的吻告终，但最后的反转却是源代码的世界是另一个活生生的平行世界，至此庆幸Colter一直努力挽救“已故之人”，他用热爱为战死的自己创造了一个美好的余生，虽然是以Sean的身份，但在8分钟后，大家看到的只是Colter的灵魂，他用自己的善良让自己重生。悬疑烧脑的背后，故事告诉我们生命有多珍贵，人性有多温暖。只愿大家能珍惜生命的每一分钟，哪怕充满痛苦，因为“Every thing will be OK.”。
源代码是一个桥梁，一个通向相同起始点的不同选择的平行空间的桥梁。也有人说主角最后其实是活在源代码这个虚拟空间中，这不太准确，这是一种猜想，因为你也不能证明我们是否在一个虚拟空间中，我们有五感，时间线在正常的流动，主角的新世界同样拥有这些，同样拥有一个地球上的所有人。 一串代码，创造一个平行世界，一个电源键，让平行世界脱离真实世界的控制，成为另一个崭新的真实世界，不失浪漫。源代码创造了无数个平行世界，而不仅是对死者死前八分钟的追溯。
不同的平行世界的时间不是同步的，假设现实世界执行一次任务，就会产生一个以肖恩死前八分钟为起点的新平行世界。“现实世界”只是无数个平行世界的一个，你生活在哪个世界，对于你来说就是现实世界。每次柯尔特穿越到火车上，他就成了带着全部柯尔特记忆的新·肖恩。他以肖恩的身份为不同的平行世界创造的不同的结局，最后一个平行世界的结局是火车没有爆炸，皆大欢喜。
在最后一个平行世界，柯尔特以肖恩的身份给古德温发的消息，让她为这个世界的柯尔特提供帮助。因此这个世界存在两个柯尔特，只是一个变成了肖恩，并且希望古德温在今后的某次任务中帮助实验室的柯尔特，让他有机会用“肖恩“的方式成为其他平行世界的另外一个人。许多人貌似都认为影片应该定格在男主死的那一瞬间。列车上的人们永远的停留在了欢笑的那一刻。这样的结尾似乎也不错，后面的那几分钟有些人觉得编剧是强行给了男主一个happy ending，破坏了设定让世界观不严谨，或者套路化，把整部片子的格调拉低了。
